More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0971 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
297 aa  613  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0103868 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  89.56 
 
 
297 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0188901  normal  0.208154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  88.55 
 
 
297 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.85 
 
 
298 aa  441  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.642611  normal  0.440352 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.04 
 
 
302 aa  440  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.05 
 
 
301 aa  439  9.999999999999999e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.73675  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1610  putative UDP-glucose 4-epimerase  70.41 
 
 
299 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5547  UDP-glucose 4-epimerase  69.49 
 
 
297 aa  430  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.87 
 
 
296 aa  341  1e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0283  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.88 
 
 
299 aa  332  4e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.285129 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.85 
 
 
305 aa  300  2e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.125961 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.4 
 
 
282 aa  233  3e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.61 
 
 
279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  41.98 
 
 
292 aa  202  5e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.89 
 
 
295 aa  193  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.419634 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.24 
 
 
290 aa  186  5e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 
295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0478634 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.1 
 
 
290 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117314  hitchhiker  0.00259288 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.37 
 
 
292 aa  162  8.000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.06 
 
 
292 aa  152  7e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1709  UDP-glucose-4-epimerase  32.69 
 
 
313 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.22 
 
 
302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2418  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.56 
 
 
296 aa  139  7.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.92 
 
 
315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.248411  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1499  UDP-galactose 4-epimerase  33.23 
 
 
293 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.5 
 
 
321 aa  123  5e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.480465 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 
300 aa  117  3e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.386325 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3338  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 
322 aa  112  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0467071  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06398  UDP-galactose 4-epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00360)  27.97 
 
 
280 aa  104  1e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0550101 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
279 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.532841  normal  0.819978 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
327 aa  103  5e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0451692 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
315 aa  103  5e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
303 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.51 
 
 
283 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.4 
 
 
298 aa  87.4  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0908  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
314 aa  87.8  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0682781  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.03 
 
 
308 aa  86.7  4e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
292 aa  86.3  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.799707  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  30.99 
 
 
267 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
312 aa  83.6  0.000000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 
560 aa  80.9  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.86 
 
 
303 aa  80.9  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
268 aa  80.1  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
290 aa  79.7  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.49 
 
 
313 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.61 
 
 
292 aa  79.7  0.00000000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.16 
 
 
312 aa  79.3  0.00000000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.41 
 
 
273 aa  79  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.54 
 
 
320 aa  79  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.974335  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1563  UDP-glucose 4-epimerase  31.41 
 
 
337 aa  77  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.03 
 
 
324 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.2 
 
 
311 aa  76.3  0.0000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.02 
 
 
278 aa  75.9  0.0000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
292 aa  75.9  0.0000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
274 aa  75.9  0.0000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3129  UDP-glucose 4-epimerase  30.05 
 
 
321 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.18 
 
 
267 aa  75.1  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.97 
 
 
325 aa  75.5  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2586  UDP-glucose 4-epimerase  30.05 
 
 
321 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4242  UDP-glucose 4-epimerase  32.09 
 
 
332 aa  74.7  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1447  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.71 
 
 
329 aa  74.7  0.000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
326 aa  75.1  0.000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.2 
 
 
278 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1848  UDP-glucose 4-epimerase  30.73 
 
 
337 aa  73.9  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1657  UDP-glucose 4-epimerase  34.41 
 
 
322 aa  73.6  0.000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.408778  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0710  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.34 
 
 
337 aa  73.6  0.000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18870  UDP-galactose 4-epimerase  31.09 
 
 
337 aa  73.2  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.69 
 
 
333 aa  73.2  0.000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.65 
 
 
314 aa  73.2  0.000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  27.17 
 
 
278 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.18 
 
 
261 aa  72.8  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0040  UDP-glucose 4-epimerase  29.59 
 
 
330 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
301 aa  72.8  0.000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
316 aa  72.8  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325743  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0489  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.75 
 
 
311 aa  72.4  0.000000000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000122092 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
305 aa  72.4  0.000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0187  UDP-galactose 4-epimerase  27.32 
 
 
344 aa  72  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.611091  decreased coverage  0.00729822 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.23 
 
 
306 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
278 aa  71.6  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2726  UDP-glucose 4-epimerase  28.96 
 
 
324 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00760058  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.34 
 
 
320 aa  71.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 
310 aa  71.6  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.949606  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.71 
 
 
273 aa  70.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4827  UDP-glucose 4-epimerase  31.35 
 
 
329 aa  70.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.321852  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 
299 aa  70.5  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG04680  hypothetical protein  26.81 
 
 
299 aa  70.5  0.00000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338174  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.45 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.04 
 
 
353 aa  70.5  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  30.16 
 
 
337 aa  70.5  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.47 
 
 
325 aa  70.5  0.00000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.39 
 
 
346 aa  70.5  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0492299  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  26.79 
 
 
307 aa  70.5  0.00000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
310 aa  70.1  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.23 
 
 
280 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08350  conserved hypothetical protein  26.43 
 
 
295 aa  70.5  0.00000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6416  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
323 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.955033  normal  0.769273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>