More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4856 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
278 aa  567  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  94.96 
 
 
278 aa  542  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75 
 
 
271 aa  419  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.04 
 
 
295 aa  324  8.000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.44 
 
 
268 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.4 
 
 
274 aa  225  7e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.58 
 
 
275 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  46.09 
 
 
282 aa  223  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.71 
 
 
281 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.71 
 
 
281 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  42.25 
 
 
275 aa  217  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  42.64 
 
 
275 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  43.89 
 
 
280 aa  216  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.56 
 
 
280 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.47 
 
 
277 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.63 
 
 
277 aa  211  7.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.19 
 
 
268 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.97 
 
 
277 aa  208  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.45 
 
 
276 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.47 
 
 
279 aa  207  2e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.8 
 
 
268 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.8 
 
 
268 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.58 
 
 
278 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.86 
 
 
282 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.8 
 
 
278 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.06 
 
 
266 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.8 
 
 
278 aa  202  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.41 
 
 
268 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.41 
 
 
278 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.41 
 
 
278 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.54 
 
 
279 aa  199  3.9999999999999996e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.79 
 
 
265 aa  196  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.41 
 
 
269 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.69 
 
 
269 aa  195  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  45.13 
 
 
244 aa  195  7e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  49.23 
 
 
311 aa  194  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.23 
 
 
267 aa  193  3e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.67 
 
 
274 aa  192  5e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.73 
 
 
274 aa  192  6e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.08 
 
 
261 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.47 
 
 
273 aa  191  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.15 
 
 
261 aa  190  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.25 
 
 
275 aa  190  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.47 
 
 
272 aa  190  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.27 
 
 
267 aa  185  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.26 
 
 
273 aa  179  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.91 
 
 
274 aa  176  5e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  45.19 
 
 
270 aa  175  6e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.74 
 
 
273 aa  169  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  38.76 
 
 
273 aa  168  8e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  38.72 
 
 
267 aa  167  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.44 
 
 
278 aa  161  9e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  38.14 
 
 
255 aa  158  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.19 
 
 
277 aa  155  6e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.34 
 
 
276 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.07 
 
 
278 aa  149  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
276 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.22 
 
 
252 aa  145  9e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.02 
 
 
277 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 
560 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.19 
 
 
272 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
247 aa  121  9.999999999999999e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.62 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  34.47 
 
 
263 aa  112  6e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
252 aa  106  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
255 aa  105  7e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.53 
 
 
290 aa  103  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
249 aa  100  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.18 
 
 
257 aa  97.1  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
299 aa  94.7  1e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
278 aa  88.2  1e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.64 
 
 
256 aa  85.5  9e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.45 
 
 
283 aa  82.8  0.000000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 
256 aa  80.1  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.41 
 
 
322 aa  74.7  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.73 
 
 
283 aa  73.2  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.2 
 
 
297 aa  73.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0103868 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.2 
 
 
297 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0188901  normal  0.208154 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
309 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4358  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.54 
 
 
327 aa  68.9  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.8 
 
 
297 aa  68.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
303 aa  68.6  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.02 
 
 
309 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.18 
 
 
302 aa  67.8  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.94 
 
 
306 aa  68.2  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
309 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
308 aa  67  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.23 
 
 
301 aa  67  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.73675  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.18 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.86 
 
 
326 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.12 
 
 
310 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
308 aa  66.6  0.0000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.59 
 
 
313 aa  66.2  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
314 aa  65.9  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
332 aa  66.2  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.07 
 
 
302 aa  65.9  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1950  UDP-glucose 4-epimerase  32.56 
 
 
328 aa  65.9  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00010158  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
312 aa  65.5  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.37 
 
 
331 aa  64.3  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>