More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3587 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 326 aa  662    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 		 375 aa  325  5e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 		 309 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  29.17 
 
 		 328 aa  106  6e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.85 
 
 		 310 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  28.02 
 
 		 332 aa  105  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.16 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8174  UDP-glucose 4-epimerase  29.79 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1957  UDP-galactose 4-epimerase  28.61 
 
 		 332 aa  100  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.880811  normal  0.626313 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  30.03 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0040  UDP-glucose 4-epimerase  30.56 
 
 		 330 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1776  UDP-glucose 4-epimerase  29.72 
 
 		 330 aa  97.8  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.098997  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4242  UDP-glucose 4-epimerase  28.2 
 
 		 332 aa  97.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  31.86 
 
 		 319 aa  97.1  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0043  UDP-glucose 4-epimerase  29.03 
 
 		 337 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1261  UDP-glucose 4-epimerase  31.14 
 
 		 321 aa  96.7  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.992711 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  27.86 
 
 		 320 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0163  UDP-galactose 4-epimerase  29.65 
 
 		 331 aa  96.3  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.73 
 
 		 368 aa  95.9  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.850115  normal  0.207226 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.65 
 
 		 303 aa  95.9  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0041  UDP-glucose 4-epimerase  28.74 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0320  UDP-galactose 4-epimerase  28.36 
 
 		 332 aa  94.7  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1662  UDP-glucose 4-epimerase  27.7 
 
 		 330 aa  94.4  3e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 		 285 aa  94  4e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4279  UDP-galactose 4-epimerase  25.66 
 
 		 333 aa  93.6  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.277879  normal  0.0248708 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 		 328 aa  93.2  5e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1324  UDP-glucose 4-epimerase  27.35 
 
 		 330 aa  93.2  5e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1555  UDP-glucose 4-epimerase  27.35 
 
 		 330 aa  93.2  5e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1293  UDP-glucose 4-epimerase  28.57 
 
 		 336 aa  93.2  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.606002  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1065  UDP-glucose 4-epimerase  28.53 
 
 		 336 aa  92.8  8e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 		 292 aa  92.4  8e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1172  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 		 331 aa  92.4  9e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3795  UDP-glucose 4-epimerase  28.1 
 
 		 353 aa  92.4  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1175  UDP-glucose 4-epimerase  29.12 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2339  UDP-glucose 4-epimerase  26.81 
 
 		 338 aa  92  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000378791  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0420  UDP-glucose 4-epimerase  36.67 
 
 		 328 aa  91.7  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1427  UDP-glucose 4-epimerase  27.7 
 
 		 337 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.60129 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.89 
 
 		 322 aa  91.7  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1769  UDP-glucose 4-epimerase  29.88 
 
 		 320 aa  92  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.818465  normal  0.0921457 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2586  UDP-glucose 4-epimerase  34.07 
 
 		 321 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.05 
 
 		 329 aa  90.5  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4205  UDP-glucose 4-epimerase  29.13 
 
 		 318 aa  90.9  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3129  UDP-glucose 4-epimerase  34.07 
 
 		 321 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1702  UDP-galactose 4-epimerase  29.94 
 
 		 331 aa  90.5  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.32 
 
 		 309 aa  89.7  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3215  UDP-glucose 4-epimerase  28.99 
 
 		 329 aa  90.1  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00104083  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.12 
 
 		 333 aa  90.1  5e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2726  UDP-glucose 4-epimerase  32.97 
 
 		 324 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00760058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1708  UDP-glucose 4-epimerase  28.65 
 
 		 331 aa  89.7  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.380668  normal  0.432414 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4827  UDP-glucose 4-epimerase  27.76 
 
 		 329 aa  89.4  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.321852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3768  UDP-glucose 4-epimerase  38.2 
 
 		 329 aa  89.4  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0160561 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2509  UDP-glucose 4-epimerase  27.51 
 
 		 329 aa  89.7  7e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 		 296 aa  89.7  7e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 		 302 aa  89.4  8e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1711  UDP-glucose 4-epimerase  27.65 
 
 		 329 aa  89.4  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0857741  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.52 
 
 		 312 aa  89  9e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4141  UDP-glucose 4-epimerase  25.96 
 
 		 332 aa  89.4  9e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2187  UDP-galactose 4-epimerase  29.53 
 
 		 327 aa  89  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4181  UDP-glucose 4-epimerase  26.25 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1559  UDP-glucose 4-epimerase  39.13 
 
 		 338 aa  89  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0142095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.5 
 
 		 312 aa  88.6  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2493  UDP-glucose 4-epimerase  27.57 
 
 		 350 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0418  UDP-glucose 4-epimerase  25.23 
 
 		 326 aa  88.6  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.72 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2654  UDP-glucose 4-epimerase  27.65 
 
 		 329 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.933262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1597  UDP-glucose 4-epimerase  34.24 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.903427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0119  UDP-glucose 4-epimerase  27.06 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.500269  hitchhiker  0.00370533 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1866  UDP-glucose 4-epimerase  31.15 
 
 		 330 aa  87.4  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0186  UDP-galactose 4-epimerase  27.88 
 
 		 354 aa  87.4  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.347724  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.19 
 
 		 373 aa  87  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1048  UDP-glucose 4-epimerase  28.7 
 
 		 329 aa  87  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034868 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3597  UDP-glucose 4-epimerase  28.74 
 
 		 330 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.55309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  32.86 
 
 		 332 aa  86.7  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5674  UDP-galactose 4-epimerase  33.7 
 
 		 337 aa  86.7  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.304425 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0431  UDP-glucose 4-epimerase  28.95 
 
 		 325 aa  86.3  6e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1228  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 		 325 aa  86.7  6e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1509  UDP-glucose 4-epimerase  27.86 
 
 		 326 aa  86.3  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0386563  normal  0.0493544 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 		 324 aa  86.3  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 		 377 aa  86.3  7e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.77 
 
 		 306 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 		 368 aa  85.9  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0828492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3471  UDP-glucose 4-epimerase  28.74 
 
 		 330 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3273  UDP-glucose 4-epimerase  28.74 
 
 		 330 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.779876  normal  0.995045 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2250  UDP-glucose 4-epimerase  34.64 
 
 		 321 aa  85.9  9e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  27.7 
 
 		 329 aa  85.9  9e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.92 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4306  UDP-glucose 4-epimerase  28.19 
 
 		 324 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0064009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.92 
 
 		 318 aa  85.5  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2329  UDP-galactose 4-epimerase  37.85 
 
 		 335 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00335064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0777  UDP-galactose 4-epimerase  27.33 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107594  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4513  UDP-glucose 4-epimerase  27.65 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.173775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>