More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4131 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_4499  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
333 aa  694    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.181285 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
333 aa  694    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8814  normal  0.864818 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  93.99 
 
 
332 aa  655    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5604  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.75 
 
 
332 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1172  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.98 
 
 
331 aa  397  1e-109  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.23 
 
 
338 aa  375  1e-103  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000813821  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3571  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.77 
 
 
321 aa  343  2e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0455537  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4358  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.16 
 
 
327 aa  335  7.999999999999999e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3678  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.15 
 
 
329 aa  311  1e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_18701  predicted protein  45.54 
 
 
376 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00776601 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45434  nad-dependent epimerase/dehydratase  47.15 
 
 
364 aa  292  6e-78  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.172272  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1677  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.12 
 
 
336 aa  176  6e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2127  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.37 
 
 
314 aa  157  3e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
314 aa  152  7e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.118371 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3396  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
312 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.312565 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
314 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.198534  normal  0.135614 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3544  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.11 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.11 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2096  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.65 
 
 
314 aa  139  6e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.644928  hitchhiker  0.0000124933 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.33 
 
 
335 aa  136  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.920861  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
314 aa  136  5e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.467345  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.45 
 
 
314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
318 aa  135  9.999999999999999e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0035  GDP-fucose synthetase  32.82 
 
 
312 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0178713 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1147  GDP-L-fucose synthetase  30.09 
 
 
322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.07 
 
 
360 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26434  normal 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 
317 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.36 
 
 
314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.660712  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.52 
 
 
329 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.228757  normal  0.0226045 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.52 
 
 
329 aa  129  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.34994  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 
335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1313  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
320 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0060  GDP-fucose synthetase  29.03 
 
 
308 aa  127  3e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.396896  normal  0.0281476 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
308 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4108  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  30.27 
 
 
320 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.353388  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0778  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
316 aa  125  9e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00475764  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
330 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1864  GDP-L-fucose synthetase  29.54 
 
 
319 aa  125  1e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
321 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.757489 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
316 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2350  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.74 
 
 
312 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
322 aa  125  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 
334 aa  125  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.49 
 
 
318 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.14 
 
 
321 aa  124  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6434  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.25 
 
 
345 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.141904 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.75 
 
 
323 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4620  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
312 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.38 
 
 
310 aa  124  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.85 
 
 
337 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
312 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.144888  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1180  GDP-L-fucose synthetase  30.42 
 
 
321 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
312 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0684106  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1178  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.5 
 
 
317 aa  123  4e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0253268  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2345  GDP-L-fucose synthetase  29 
 
 
321 aa  123  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
321 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3393  dTDP-glucose 4,6-dehydratase, NAD-dependent epimerase/dehydratase-related protein  29.94 
 
 
326 aa  123  5e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.229105  normal  0.0838562 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01958  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/ GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  30.42 
 
 
321 aa  123  6e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.881949  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
321 aa  123  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.171954  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2987  GDP-L-fucose synthetase  30.42 
 
 
321 aa  122  6e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201772 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01947  hypothetical protein  30.42 
 
 
321 aa  123  6e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.2 
 
 
305 aa  122  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1010  GDP-L-fucose synthetase  30.42 
 
 
321 aa  123  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.58 
 
 
308 aa  122  7e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00578096  normal  0.490082 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3862  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  29.5 
 
 
319 aa  122  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0900  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.72 
 
 
326 aa  122  7e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.425817  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2092  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.61 
 
 
322 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
328 aa  122  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0254  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.85 
 
 
329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2967  GDP-L-fucose synthetase  31.14 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000296227 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.633837  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2334  GDP-L-fucose synthetase  29.64 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371509 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.27 
 
 
324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0627  GDP-fucose synthetase  31.64 
 
 
314 aa  120  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
319 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
314 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.96 
 
 
313 aa  120  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
309 aa  120  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.043091  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.74 
 
 
316 aa  120  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.228313 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.98 
 
 
335 aa  120  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 
313 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.186347 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.39 
 
 
312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.94 
 
 
313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000746713  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
317 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.9 
 
 
346 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.784993 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2666  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
321 aa  120  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.350076 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.96 
 
 
329 aa  119  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000513582  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.45 
 
 
306 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.881493 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.06 
 
 
318 aa  119  4.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.76 
 
 
365 aa  119  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.561113  normal  0.0105388 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2341  GDP-L-fucose synthetase  29.34 
 
 
321 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.68 
 
 
321 aa  119  6e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.384606 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4588  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.86 
 
 
311 aa  119  7e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
313 aa  119  7e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.9 
 
 
305 aa  119  7e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>