More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1041 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
318 aa  664    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.77 
 
 
314 aa  363  2e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.58 
 
 
316 aa  358  5e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.633837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.94 
 
 
316 aa  355  5e-97  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.26 
 
 
316 aa  355  7.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2127  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.31 
 
 
314 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.5 
 
 
335 aa  335  9e-91  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.920861  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.65 
 
 
312 aa  328  5.0000000000000004e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3544  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.65 
 
 
312 aa  328  5.0000000000000004e-89  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2096  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  48.38 
 
 
314 aa  315  6e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.644928  hitchhiker  0.0000124933 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.05 
 
 
314 aa  311  1e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.467345  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3396  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.91 
 
 
312 aa  310  1e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.312565 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.45 
 
 
314 aa  308  9e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.118371 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.88 
 
 
314 aa  306  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.198534  normal  0.135614 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.61 
 
 
320 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1700  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  40.91 
 
 
314 aa  243  3e-63  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231068  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.68 
 
 
321 aa  239  5e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.757489 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2842  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.61 
 
 
324 aa  238  9e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2666  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.01 
 
 
321 aa  235  7e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.350076 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2233  GDP-L-fucose synthetase  41.9 
 
 
321 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.487603  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0035  GDP-fucose synthetase  39.48 
 
 
312 aa  235  9e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0178713 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2341  GDP-L-fucose synthetase  41.27 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2334  GDP-L-fucose synthetase  41.27 
 
 
321 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371509 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2290  GDP-L-fucose synthetase  41.59 
 
 
321 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.711318  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2448  GDP-L-fucose synthetase  41.27 
 
 
321 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0192641 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.26 
 
 
317 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1235  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.88 
 
 
320 aa  231  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.38 
 
 
311 aa  230  2e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0386838  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2350  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.39 
 
 
312 aa  230  3e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2345  GDP-L-fucose synthetase  40 
 
 
321 aa  229  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.83 
 
 
323 aa  229  4e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.669415 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01958  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/ GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  40.32 
 
 
321 aa  229  7e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.881949  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.32 
 
 
321 aa  229  7e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.171954  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01947  hypothetical protein  40.32 
 
 
321 aa  229  7e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2987  GDP-L-fucose synthetase  40 
 
 
321 aa  228  9e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201772 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1010  GDP-L-fucose synthetase  40 
 
 
321 aa  228  9e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0619  GDP-fucose synthetase  37.99 
 
 
308 aa  228  9e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.01 
 
 
324 aa  228  9e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1864  GDP-L-fucose synthetase  42.43 
 
 
319 aa  228  1e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5711  GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase /GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  38.34 
 
 
316 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.61 
 
 
326 aa  228  1e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00285763  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1147  GDP-L-fucose synthetase  39.87 
 
 
322 aa  227  2e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1828  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.27 
 
 
306 aa  227  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0122431 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.69 
 
 
324 aa  227  3e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.721722  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.4 
 
 
309 aa  226  3e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.043091  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
314 aa  226  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3040  GDP-L-fucose synthetase  39.05 
 
 
321 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.05 
 
 
321 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.092333  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1180  GDP-L-fucose synthetase  39.68 
 
 
321 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.68 
 
 
321 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1253  GDP-L-fucose synthetase  39.05 
 
 
321 aa  226  6e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000974466  hitchhiker  0.000000000000993367 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1282  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.68 
 
 
320 aa  225  7e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2092  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.81 
 
 
322 aa  225  7e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.11 
 
 
376 aa  225  8e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000078339  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5859  bifunctional GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  41.16 
 
 
333 aa  225  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0425  GDP-fucose synthetase  37.43 
 
 
346 aa  223  2e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.33 
 
 
308 aa  224  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0771  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase and GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  40.45 
 
 
322 aa  224  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0933619 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1764  GDP-fucose synthetase  34.19 
 
 
353 aa  223  4e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.50784  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.07 
 
 
308 aa  223  4e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00578096  normal  0.490082 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.23 
 
 
325 aa  223  4e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.6044  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2695  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.07 
 
 
321 aa  222  6e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0303782 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0651  GDP-L-fucose synthetase  39.94 
 
 
323 aa  222  7e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.193687  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5688  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.75 
 
 
313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.11 
 
 
321 aa  220  3e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.384606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.26 
 
 
316 aa  220  3e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.73165  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0060  GDP-fucose synthetase  36.88 
 
 
308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.396896  normal  0.0281476 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0944  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.22 
 
 
324 aa  219  6e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221885  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.22 
 
 
324 aa  219  6e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.913976 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.93 
 
 
314 aa  219  7e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.660712  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3862  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  39.93 
 
 
319 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4753  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.16 
 
 
324 aa  218  1e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1313  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.62 
 
 
320 aa  217  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4108  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  37.46 
 
 
320 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.353388  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0747  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.19 
 
 
311 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.01 
 
 
322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4219  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
309 aa  216  4e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.946237  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.21 
 
 
337 aa  216  4e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.878977  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14001  putative fucose synthetase  33.44 
 
 
322 aa  216  4e-55  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.881279  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14451  putative fucose synthetase  37.93 
 
 
337 aa  216  4e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0254  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.64 
 
 
329 aa  216  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.33 
 
 
331 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.482517 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.75 
 
 
316 aa  215  8e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1091  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.92 
 
 
309 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.61 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.881493 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.21 
 
 
318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1084  putative GDP-fucose synthetase  37.75 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.07 
 
 
312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11546  nucleotide-sugar epimerase epiA  37.46 
 
 
322 aa  212  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2967  GDP-L-fucose synthetase  38.1 
 
 
321 aa  212  7e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000296227 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1775  GDP-L-fucose synthetase  37.9 
 
 
327 aa  212  9e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
326 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3191  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.19 
 
 
324 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26933  normal  0.010449 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1315  NAD dependent epimerase/dehydratase  35.44 
 
 
332 aa  210  3e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3442  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.31 
 
 
310 aa  210  3e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.26 
 
 
319 aa  209  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2900  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  37.97 
 
 
311 aa  208  8e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.11 
 
 
316 aa  208  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.23 
 
 
335 aa  207  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13691  putative fucose synthetase  35.47 
 
 
332 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>