More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3000 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
330 aa  687    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3525  NAD-dependent epimerase/dehydratase  82.04 
 
 
326 aa  562  1.0000000000000001e-159  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.783462 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0900  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  83.28 
 
 
326 aa  558  1e-158  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.425817  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3393  dTDP-glucose 4,6-dehydratase, NAD-dependent epimerase/dehydratase-related protein  83.6 
 
 
326 aa  559  1e-158  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.229105  normal  0.0838562 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.83 
 
 
329 aa  548  1e-155  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.34994  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.22 
 
 
327 aa  545  1e-154  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.83 
 
 
329 aa  547  1e-154  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.228757  normal  0.0226045 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.24 
 
 
316 aa  518  1e-146  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02955  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  75.16 
 
 
339 aa  518  1e-146  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.79 
 
 
318 aa  472  1e-132  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.19 
 
 
317 aa  452  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.19 
 
 
317 aa  449  1e-125  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307285  normal  0.160905 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.95 
 
 
316 aa  444  1.0000000000000001e-124  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.556452  hitchhiker  0.000650625 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.16 
 
 
313 aa  439  9.999999999999999e-123  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.09 
 
 
318 aa  439  9.999999999999999e-123  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.25 
 
 
322 aa  432  1e-120  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.91 
 
 
313 aa  403  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.186347 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.44 
 
 
325 aa  397  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.63 
 
 
312 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0395145  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.63 
 
 
312 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0684106  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.2 
 
 
316 aa  394  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.228313 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2009  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.63 
 
 
312 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3805  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.54 
 
 
314 aa  389  1e-107  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.387069 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.48 
 
 
319 aa  387  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2307  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.88 
 
 
311 aa  382  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00124145  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1611  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.68 
 
 
313 aa  381  1e-105  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.709629  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.93 
 
 
318 aa  381  1e-105  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1937  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.96 
 
 
311 aa  379  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5517  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.55 
 
 
315 aa  376  1e-103  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.63 
 
 
311 aa  375  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.366265  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1140  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.47 
 
 
312 aa  372  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.193248  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.47 
 
 
313 aa  372  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000855956  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.72 
 
 
329 aa  370  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.33 
 
 
311 aa  369  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0132998  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1815  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  56.17 
 
 
311 aa  365  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.437537  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.55 
 
 
315 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.99 
 
 
318 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.7 
 
 
323 aa  366  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0431145  normal  0.15102 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.1 
 
 
312 aa  367  1e-100  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.07 
 
 
360 aa  364  1e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26434  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3791  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.39 
 
 
313 aa  362  4e-99  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3556  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.81 
 
 
321 aa  362  5.0000000000000005e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.35 
 
 
309 aa  362  7.0000000000000005e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0261  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.98 
 
 
311 aa  361  1e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.370218  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.72 
 
 
318 aa  360  2e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4391  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.59 
 
 
350 aa  359  4e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.626317  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.1 
 
 
310 aa  358  6e-98  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.453654  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.82 
 
 
314 aa  358  6e-98  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.167111  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1165  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  57.74 
 
 
320 aa  358  9e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0499982  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.89 
 
 
330 aa  357  9.999999999999999e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000230956 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0129  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.45 
 
 
322 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0262  sugar nucleotide dehydratase  55.16 
 
 
317 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.129808  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.97 
 
 
324 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.21 
 
 
308 aa  355  3.9999999999999996e-97  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4588  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  55.08 
 
 
311 aa  355  3.9999999999999996e-97  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.57 
 
 
311 aa  355  5.999999999999999e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.33 
 
 
319 aa  354  8.999999999999999e-97  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.31 
 
 
318 aa  354  1e-96  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000151711  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.72 
 
 
347 aa  354  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.84 
 
 
318 aa  354  1e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954538 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0542  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  56.03 
 
 
337 aa  353  2e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.84 
 
 
315 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.710301 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  56.03 
 
 
337 aa  353  2e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.16 
 
 
315 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.380397  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.55 
 
 
316 aa  352  5e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301245  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.46 
 
 
336 aa  351  1e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.4 
 
 
313 aa  350  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.69 
 
 
342 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0024  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.95 
 
 
326 aa  350  2e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235622  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.41 
 
 
321 aa  349  3e-95  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3252  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.69 
 
 
314 aa  350  3e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0363049  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.07 
 
 
346 aa  349  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.544479  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.49 
 
 
318 aa  348  6e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3245  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.25 
 
 
331 aa  348  7e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.221391 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0162  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.07 
 
 
313 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.12 
 
 
341 aa  347  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3060  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  53.11 
 
 
331 aa  346  4e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0392933  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.84 
 
 
320 aa  345  5e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.579578  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.55 
 
 
340 aa  345  7e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0814825 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.55 
 
 
340 aa  345  7e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1566  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.17 
 
 
319 aa  345  8.999999999999999e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13324  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0782  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.19 
 
 
316 aa  343  2e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182086  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14221  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  54.1 
 
 
311 aa  343  2e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.84912  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2802  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.87 
 
 
317 aa  343  2.9999999999999997e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.31 
 
 
343 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0230856  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.7 
 
 
348 aa  342  4e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0212169 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.11 
 
 
309 aa  341  1e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.37 
 
 
313 aa  341  1e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.376158  normal  0.0242286 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.4 
 
 
348 aa  338  5e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120111  normal  0.224068 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1149  dTDP-glucose 46-dehydratase  54.07 
 
 
325 aa  337  9.999999999999999e-92  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.985297 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11280  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  53.25 
 
 
329 aa  338  9.999999999999999e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883785  normal  0.146231 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.64 
 
 
330 aa  337  9.999999999999999e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.46913  normal  0.0352982 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.23 
 
 
333 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.134293 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.23 
 
 
333 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29801  predicted protein  53.07 
 
 
340 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5784  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.72 
 
 
319 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.667939  normal  0.0304013 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33309  predicted protein  53.07 
 
 
340 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0893  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.29 
 
 
308 aa  335  5e-91  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0919  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.29 
 
 
308 aa  335  7e-91  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0917118  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0189  putative nucleoside-diphosphate sugar epimerase  53.4 
 
 
316 aa  335  7.999999999999999e-91  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.496773  decreased coverage  0.00806939 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>