More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02194 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS02194  putative oxidoreductase protein  100 
 
 
305 aa  616  1e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.415405  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  87.04 
 
 
305 aa  543  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.511377  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3839  NAD-dependent epimerase/dehydratase  87.04 
 
 
305 aa  543  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.184937  normal  0.641211 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.11 
 
 
277 aa  95.1  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
256 aa  85.9  7e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.45 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
256 aa  84.3  0.000000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
298 aa  82.8  0.000000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
283 aa  82.4  0.000000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.72 
 
 
263 aa  81.3  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.9 
 
 
272 aa  80.5  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.13 
 
 
268 aa  79.3  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.99 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.93 
 
 
274 aa  77  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28 
 
 
290 aa  77.4  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.56 
 
 
267 aa  76.3  0.0000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
279 aa  75.9  0.0000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.9 
 
 
273 aa  75.9  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.3 
 
 
274 aa  75.1  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  31.62 
 
 
267 aa  73.2  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
249 aa  73.2  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
276 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.3 
 
 
274 aa  70.5  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
302 aa  70.5  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  27.46 
 
 
275 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.92 
 
 
282 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.93 
 
 
273 aa  70.5  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
257 aa  70.5  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.07 
 
 
270 aa  69.7  0.00000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
281 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.71 
 
 
278 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
281 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
280 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  27.12 
 
 
275 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.71 
 
 
278 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.24 
 
 
278 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 
277 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
275 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
279 aa  66.6  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
277 aa  66.2  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.39 
 
 
268 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
276 aa  65.9  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  28.82 
 
 
280 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
278 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
278 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.61 
 
 
268 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.12 
 
 
274 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.71 
 
 
273 aa  63.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.97 
 
 
273 aa  63.9  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
299 aa  63.9  0.000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.28 
 
 
283 aa  63.2  0.000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.09 
 
 
268 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.89 
 
 
269 aa  62.8  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.86 
 
 
268 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  30.5 
 
 
282 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.74 
 
 
269 aa  61.6  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.16 
 
 
323 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  30.16 
 
 
343 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.1 
 
 
278 aa  60.1  0.00000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
261 aa  60.1  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.53 
 
 
276 aa  59.3  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
560 aa  59.3  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
272 aa  58.9  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
343 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11480  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.67 
 
 
354 aa  57.8  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.85 
 
 
295 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
303 aa  57.4  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.52 
 
 
249 aa  57  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.49 
 
 
275 aa  56.6  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  32.62 
 
 
244 aa  56.2  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
261 aa  56.2  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.26 
 
 
252 aa  56.2  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.95 
 
 
334 aa  55.8  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.0018885  normal  0.965057 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.19 
 
 
318 aa  55.8  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.17 
 
 
324 aa  55.8  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3221  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.81 
 
 
335 aa  55.8  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0908  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.68 
 
 
314 aa  55.8  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0682781  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
326 aa  55.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  30.15 
 
 
323 aa  55.1  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.26 
 
 
265 aa  54.7  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.53 
 
 
277 aa  54.7  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0458  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.24 
 
 
342 aa  54.3  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  32.29 
 
 
255 aa  55.1  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3502  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.62 
 
 
347 aa  54.3  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
297 aa  53.9  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0103868 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
327 aa  53.5  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.047646  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
303 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1563  UDP-glucose 4-epimerase  29.02 
 
 
337 aa  53.5  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.02 
 
 
343 aa  53.1  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674809  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.86 
 
 
349 aa  53.1  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
297 aa  53.1  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5808  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
330 aa  53.1  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
290 aa  52.8  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117314  hitchhiker  0.00259288 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1753  UDP-glucose 4-epimerase  27.78 
 
 
339 aa  52.8  0.000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0261532  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.48 
 
 
341 aa  52.8  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.14 
 
 
318 aa  52.8  0.000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.14 
 
 
306 aa  52.8  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
297 aa  52.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0188901  normal  0.208154 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06398  UDP-galactose 4-epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00360)  31.58 
 
 
280 aa  51.6  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0550101 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>