More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3839 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
305 aa  621  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.511377  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3839  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
305 aa  621  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.184937  normal  0.641211 
 
 
-
 
NC_003296  RS02194  putative oxidoreductase protein  87.04 
 
 
305 aa  543  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.415405  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.68 
 
 
277 aa  93.6  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.76 
 
 
256 aa  86.3  5e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
298 aa  84  0.000000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
283 aa  82.8  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.05 
 
 
263 aa  82.4  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
272 aa  82  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.99 
 
 
255 aa  79.3  0.00000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 
274 aa  78.6  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 
267 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.15 
 
 
290 aa  75.9  0.0000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.17 
 
 
256 aa  75.5  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 
268 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 
249 aa  75.5  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.91 
 
 
273 aa  73.9  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
247 aa  73.6  0.000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
279 aa  73.2  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.35 
 
 
273 aa  72.8  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 
282 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.83 
 
 
278 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.83 
 
 
278 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.64 
 
 
276 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.96 
 
 
274 aa  71.6  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
277 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 
277 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
278 aa  70.1  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.32 
 
 
302 aa  69.7  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  33.33 
 
 
267 aa  69.3  0.00000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.1 
 
 
283 aa  68.9  0.00000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
278 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  26.87 
 
 
275 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.38 
 
 
274 aa  67.4  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
278 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.08 
 
 
277 aa  67  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
278 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 
274 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.27 
 
 
270 aa  65.9  0.0000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.69 
 
 
268 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
299 aa  64.7  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 
276 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.79 
 
 
273 aa  64.7  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
281 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
281 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  26.53 
 
 
275 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 
269 aa  63.5  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
280 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
268 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  34.16 
 
 
280 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.96 
 
 
268 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 
268 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
334 aa  62  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.0018885  normal  0.965057 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  27.62 
 
 
282 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.37 
 
 
273 aa  61.2  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 
326 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
279 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.35 
 
 
302 aa  60.5  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.53 
 
 
269 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
275 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.74 
 
 
261 aa  60.5  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.11 
 
 
318 aa  60.1  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.18 
 
 
272 aa  58.9  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 
249 aa  58.5  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  34.85 
 
 
323 aa  58.9  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
303 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.25 
 
 
252 aa  57.8  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.49 
 
 
257 aa  58.2  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
261 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.74 
 
 
318 aa  57.4  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
276 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.91 
 
 
265 aa  57  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.84 
 
 
323 aa  56.6  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  29.29 
 
 
343 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.94 
 
 
560 aa  56.6  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.67 
 
 
343 aa  56.2  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.33 
 
 
324 aa  55.8  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.39 
 
 
267 aa  55.8  0.0000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.09 
 
 
327 aa  55.8  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.047646  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
277 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.93 
 
 
266 aa  55.5  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0908  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.87 
 
 
314 aa  55.5  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0682781  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.61 
 
 
282 aa  55.5  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  31.91 
 
 
244 aa  54.3  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.5 
 
 
303 aa  54.7  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2465  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  29.92 
 
 
724 aa  54.3  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.24 
 
 
317 aa  53.5  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3358  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.57 
 
 
342 aa  53.1  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.89 
 
 
320 aa  52.8  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
308 aa  52.8  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0248885  hitchhiker  0.0015787 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 
351 aa  52.8  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.11 
 
 
322 aa  52.8  0.000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00013526  normal  0.0975355 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  28.28 
 
 
318 aa  52.4  0.000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.01 
 
 
292 aa  52.4  0.000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11480  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.19 
 
 
354 aa  52.4  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
313 aa  52  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.43 
 
 
466 aa  52  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5210  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.92 
 
 
341 aa  52  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.43 
 
 
466 aa  52  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.566087 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.81 
 
 
314 aa  52  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>