More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2386 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008752  Aave_3965  protease Do  66.15 
 
 
514 aa  652    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.938465  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3822  peptidase S1C, Do  68.66 
 
 
501 aa  671    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2386  protease Do  100 
 
 
491 aa  973    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.444921  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3107  protease Do  69.12 
 
 
504 aa  632  1e-180  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.202807  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3676  peptidase S1C, Do  65.14 
 
 
503 aa  614  9.999999999999999e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.769411  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1594  protease Do  63.86 
 
 
520 aa  603  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5561  peptidase S1C, Do  60.27 
 
 
488 aa  512  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3784  protease Do  57.14 
 
 
492 aa  508  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4861  protease Do  57.14 
 
 
492 aa  508  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.837631 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3620  multifunctional serine-type endopeptidase /oxidoreductase  57.63 
 
 
487 aa  509  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02108  protease signal peptide protein  59.19 
 
 
490 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1900  peptidase S1C, Do  55.68 
 
 
489 aa  496  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0274  protease Do  57.93 
 
 
509 aa  493  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.408213 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1599  serine protease, MucD, putative  54.4 
 
 
504 aa  491  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.210077  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0053  serine protease  54.05 
 
 
483 aa  478  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0848  serine protease  54.05 
 
 
495 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.580249  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0682  protease Do  54.07 
 
 
494 aa  475  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.160737  normal  0.370456 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0310  serine protease  54.05 
 
 
495 aa  477  1e-133  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.636573  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1012  serine protease  54.05 
 
 
495 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0605  serine protease  54.05 
 
 
483 aa  478  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0853  serine protease  54.05 
 
 
495 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2439  serine protease  54.05 
 
 
483 aa  478  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2616  protease Do  53.85 
 
 
493 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2663  protease Do  53.85 
 
 
494 aa  471  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2645  protease Do  53.85 
 
 
493 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5947  peptidase S1C, Do  53.17 
 
 
494 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.314622 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2536  protease Do  53.39 
 
 
494 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.483569  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0675  serine protease  53.15 
 
 
495 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2006  peptidase S1C, Do  53.62 
 
 
493 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0701  serine protease  52.44 
 
 
503 aa  462  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3265  protease Do  51.88 
 
 
504 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0471  protease Do  53.01 
 
 
500 aa  457  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0438945 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1749  peptidase S1C, Do  49.67 
 
 
473 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2091  peptidase S1C, Do  51.58 
 
 
464 aa  444  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2024  peptidase S1C, Do  50.34 
 
 
473 aa  440  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115837  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0859  peptidase S1C, Do  49.67 
 
 
477 aa  427  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.078917  normal  0.0183856 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1003  peptidase S1C, Do  49.67 
 
 
477 aa  427  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0749587  normal  0.0653423 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2470  serine protease, MucD  46.89 
 
 
502 aa  422  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2811  serine protease, MucD  46.89 
 
 
502 aa  422  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1793  serine protease, MucD  46.89 
 
 
502 aa  422  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.455589  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0539  serine protease, MucD  48.37 
 
 
461 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.794345  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0105  protease Do  50.87 
 
 
489 aa  417  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2783  Do family protease  48.35 
 
 
502 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.96749  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2898  peptidase  48.35 
 
 
485 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1726  serine protease, MucD  48.58 
 
 
485 aa  413  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2845  Do family protease  48.35 
 
 
502 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1097  peptidase S1C, Do  46.25 
 
 
479 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.676957  normal  0.0936478 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4753  serine protease MucD precursor  49.03 
 
 
474 aa  411  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.249411  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54390  serine protease MucD precursor  48.6 
 
 
474 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1088  protease Do  46.86 
 
 
498 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.648763  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1130  protease Do  46.86 
 
 
498 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1010  protease Do  47.08 
 
 
499 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.644369  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4242  peptidase S1C, Do  46.35 
 
 
500 aa  402  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0650  peptidase S1C, Do  46.86 
 
 
498 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1070  protease Do  47.24 
 
 
479 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2174  protease Do  48.14 
 
 
490 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.281026 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1006  protease Do  47.08 
 
 
499 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.836835  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1430  protease Do  47.06 
 
 
492 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2317  protease Do  47.51 
 
 
487 aa  397  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4291  protease Do  47.23 
 
 
477 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4221  serine protease, MucD  47.07 
 
 
479 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.560498  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1471  protease Do  46.48 
 
 
474 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0837  protease Do  45.77 
 
 
502 aa  395  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4377  protease Do  46.34 
 
 
477 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.937074  normal  0.327825 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2903  protease Do  45.28 
 
 
505 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.580104  normal  0.459508 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3955  peptidase S1, chymotrypsin:PDZ/DHR/GLGF  46.87 
 
 
481 aa  391  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0602  protease Do  47.51 
 
 
516 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000166487 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1192  protease Do  45.16 
 
 
493 aa  389  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0123913  normal  0.0156708 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0988  protease Do  45.15 
 
 
503 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0294533 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0923  protease Do  46.03 
 
 
503 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.123789 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3065  protease Do  47.03 
 
 
491 aa  388  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1365  peptidase S1C, Do  45.47 
 
 
482 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0859447  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0645  peptidase  44.49 
 
 
509 aa  385  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.146477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1081  hypothetical protein  44.59 
 
 
507 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0410  protease Do  46.83 
 
 
474 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.134213  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0403  protease Do  47.2 
 
 
483 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.149111  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3640  peptidase S1C, Do  46.57 
 
 
487 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.316615  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5265  protease Do  47.22 
 
 
498 aa  380  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1467  serine protease, MucD  45.47 
 
 
473 aa  378  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.627151  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1058  periplasmic protease signal peptide protein  44.3 
 
 
505 aa  375  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.200885  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0040  protease Do  45.93 
 
 
484 aa  377  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13730  HtrA serine protease  46.24 
 
 
473 aa  377  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2624  protease Do  44.33 
 
 
490 aa  375  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0731  peptidase S1C, Do  45.25 
 
 
467 aa  373  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000553018  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1102  protease Do  44.86 
 
 
469 aa  373  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.432426  normal  0.334771 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3271  protease Do  45.87 
 
 
476 aa  374  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.168434 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3243  protease Do  46.68 
 
 
488 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0128556 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2422  peptidase S1C, Do  44.21 
 
 
501 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2256  peptidase S1C, Do  43.31 
 
 
498 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1628  peptidase S1C, Do  45.37 
 
 
478 aa  365  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1087  protease Do  44.81 
 
 
477 aa  368  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.386741  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1739  peptidase S1C, Do  43.08 
 
 
493 aa  363  3e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0778272  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1952  protease Do  44.4 
 
 
473 aa  362  7.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.151255  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1398  protease Do  45.02 
 
 
496 aa  360  3e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2462  peptidase S1C, Do  43.18 
 
 
471 aa  359  6e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1343  protease Do  43.27 
 
 
481 aa  358  9.999999999999999e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.139056  normal  0.641282 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2259  protease Do  45.56 
 
 
492 aa  347  2e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.661037  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1440  periplasmic protease  42.94 
 
 
514 aa  344  2e-93  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.511031  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1371  protease Do  42.02 
 
 
514 aa  343  5.999999999999999e-93  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.909738  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0037  protease Do  42 
 
 
489 aa  339  7e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>