More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0305 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0305  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
678 aa  1371    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001297  EAL domain protein  60.18 
 
 
681 aa  767    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05166  hypothetical protein  60.57 
 
 
696 aa  818    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05168  cellobiose-specific phosphotransferase system enzyme IIC  32.93 
 
 
661 aa  357  5e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2762  putative diguanylate phosphodiesterase  28.12 
 
 
678 aa  229  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.317441  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3357  diguanylate phosphodiesterase  32.24 
 
 
610 aa  227  4e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0769  diguanylate phosphodiesterase  32.01 
 
 
671 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3254  diguanylate phosphodiesterase  32.01 
 
 
671 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2104  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  28.8 
 
 
718 aa  207  6e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000044126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1051  diguanylate phosphodiesterase  30.88 
 
 
671 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0919  diguanylate phosphodiesterase  32.62 
 
 
707 aa  200  7.999999999999999e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.788628 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3992  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  31.51 
 
 
723 aa  193  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.197427  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3879  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  31.51 
 
 
723 aa  193  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.877502 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2234  EAL domain-containing protein  28.6 
 
 
702 aa  182  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0208  EAL domain protein  28.97 
 
 
762 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043954 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0832  hypothetical protein  26.88 
 
 
704 aa  174  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0236981  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 
772 aa  134  7.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.185981  normal  0.624417 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.05 
 
 
780 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.494922 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.92 
 
 
813 aa  132  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000504339  normal  0.176333 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  30.92 
 
 
785 aa  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.29 
 
 
533 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0439369  normal  0.12147 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.6 
 
 
826 aa  131  5.0000000000000004e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.396242  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5797  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.38 
 
 
466 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4149  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.31 
 
 
680 aa  130  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.498458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  30.77 
 
 
726 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5602  GGDEF family protein  31.75 
 
 
656 aa  129  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0627  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 
678 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02626  GGDEF/EAL domain protein  31.51 
 
 
684 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0230406  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3182  GGDEF domain-containing protein  33.62 
 
 
754 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.78 
 
 
1050 aa  127  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.03 
 
 
754 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  30.6 
 
 
754 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  31.36 
 
 
1129 aa  126  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.53 
 
 
627 aa  125  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.533344  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.4 
 
 
990 aa  125  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  29.89 
 
 
571 aa  125  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1218  diguanylate cyclase  29.06 
 
 
803 aa  124  4e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.705324 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.73 
 
 
620 aa  124  5e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.77 
 
 
775 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.08 
 
 
658 aa  124  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.26 
 
 
917 aa  124  7e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1858  PTS system lactose/cellobiose family IIC subunit  32.19 
 
 
453 aa  124  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3098  diguanylate phosphodiesterase  30.2 
 
 
453 aa  123  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.905617  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3599  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.71 
 
 
944 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.477673  normal  0.896375 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.1 
 
 
1016 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3469  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  31.84 
 
 
445 aa  123  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.868513  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000489  sensory box/GGDEF family protein  31.58 
 
 
763 aa  123  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.14 
 
 
693 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.309228 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4895  PTS system, cellobiose-specific IIC component  33.33 
 
 
433 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4908  PTS system, cellobiose-specific IIC component  33.33 
 
 
433 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5304  PTS system, cellobiose-specific IIC component  33.33 
 
 
433 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000552598 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.45 
 
 
1034 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.82 
 
 
760 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1996  GGDEF domain-containing protein  32.6 
 
 
855 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.473093  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.65 
 
 
593 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5063  PTS system cellobiose-specific transporter subunit IIC  33.33 
 
 
433 aa  122  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 
685 aa  122  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5448  PTS system cellobiose-specific transporter subunit IIC  33.33 
 
 
433 aa  122  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.54 
 
 
754 aa  122  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.56 
 
 
709 aa  121  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.8 
 
 
1108 aa  122  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0221086  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1344  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.58 
 
 
836 aa  122  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.492796  normal  0.0418259 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5624  PTS system, cellobiose-specific IIC component  33.33 
 
 
433 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000179415 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 
775 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472335  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.33 
 
 
692 aa  121  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.352586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
775 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 
846 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.946946  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8068  GGDEF family protein  32.92 
 
 
542 aa  121  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1545  hypothetical protein  30.42 
 
 
776 aa  121  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.150564 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5382  PTS system, cellobiose-specific IIC component  32.43 
 
 
433 aa  121  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06253  sensory transduction protein kinase  31.03 
 
 
763 aa  120  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2981  PTS system lactose/cellobiose family IIC subunit  36.51 
 
 
439 aa  120  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.299528  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5006  PTS system lactose/cellobiose family IIC subunit  33.33 
 
 
433 aa  120  7e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.51 
 
 
703 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5285  RNase II stability modulator  30.64 
 
 
667 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.445502  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0736  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  34.65 
 
 
448 aa  120  9e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.67403  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.2 
 
 
905 aa  120  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.000234438  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.49 
 
 
891 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.63 
 
 
833 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5335  PTS system, cellobiose-specific IIC component  32.85 
 
 
433 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5325  PTS system, cellobiose-specific IIC component  33.33 
 
 
433 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.79 
 
 
1093 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0756  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  31.02 
 
 
446 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4011  diguanylate cyclase  28.02 
 
 
817 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.237804  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00058  C-di-GMP phosphodiesterase A  29.92 
 
 
747 aa  119  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0145768  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2699  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  27.82 
 
 
819 aa  118  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182626  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.17 
 
 
1413 aa  118  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1827  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.89 
 
 
569 aa  118  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.161362  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0608  putative signaling membrane protein  32.52 
 
 
516 aa  119  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.201434  normal  0.689714 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.96 
 
 
724 aa  118  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4259  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.06 
 
 
819 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.784351  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0172  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.39 
 
 
685 aa  118  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.03 
 
 
797 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450628 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6470  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.4 
 
 
584 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.527259 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  33.19 
 
 
712 aa  117  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1747  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.16 
 
 
792 aa  117  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.68507  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.86 
 
 
920 aa  117  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0269119  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 
726 aa  117  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3569  sensory box protein  30.8 
 
 
1071 aa  117  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.18 
 
 
1076 aa  117  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>