More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05166 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_001297  EAL domain protein  69.85 
 
 
681 aa  938    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0305  diguanylate phosphodiesterase  60.57 
 
 
678 aa  825    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05166  hypothetical protein  100 
 
 
696 aa  1417    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05168  cellobiose-specific phosphotransferase system enzyme IIC  32.68 
 
 
661 aa  365  2e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2762  putative diguanylate phosphodiesterase  26.37 
 
 
678 aa  224  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.317441  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0769  diguanylate phosphodiesterase  33.1 
 
 
671 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3254  diguanylate phosphodiesterase  33.1 
 
 
671 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3357  diguanylate phosphodiesterase  33.81 
 
 
610 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0919  diguanylate phosphodiesterase  31.86 
 
 
707 aa  210  6e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.788628 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1051  diguanylate phosphodiesterase  31 
 
 
671 aa  204  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2104  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  30.91 
 
 
718 aa  204  6e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000044126  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3992  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  30.88 
 
 
723 aa  203  7e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.197427  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3879  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  30.88 
 
 
723 aa  203  7e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.877502 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0208  EAL domain protein  31.08 
 
 
762 aa  195  2e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043954 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0832  hypothetical protein  26.85 
 
 
704 aa  188  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0236981  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2234  EAL domain-containing protein  29.18 
 
 
702 aa  184  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.25 
 
 
772 aa  145  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.185981  normal  0.624417 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5602  GGDEF family protein  33.97 
 
 
656 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.42 
 
 
813 aa  139  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000504339  normal  0.176333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5518  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.78 
 
 
556 aa  138  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.486048 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.71 
 
 
766 aa  135  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3098  diguanylate phosphodiesterase  29.59 
 
 
453 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.905617  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.9 
 
 
842 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0664928  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
826 aa  132  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.396242  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
715 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.24 
 
 
533 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0439369  normal  0.12147 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4149  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.04 
 
 
680 aa  130  9.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.498458 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.96 
 
 
760 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4790  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.45 
 
 
807 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.23 
 
 
777 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  29.58 
 
 
785 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1545  hypothetical protein  29.88 
 
 
776 aa  128  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.150564 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.07 
 
 
775 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  39.87 
 
 
921 aa  128  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5741  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.97 
 
 
774 aa  128  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.961978  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5304  PTS system, cellobiose-specific IIC component  36.55 
 
 
433 aa  127  6e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000552598 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0627  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
678 aa  127  6e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5063  PTS system cellobiose-specific transporter subunit IIC  36.55 
 
 
433 aa  127  7e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4895  PTS system, cellobiose-specific IIC component  36.55 
 
 
433 aa  127  7e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4908  PTS system, cellobiose-specific IIC component  36.55 
 
 
433 aa  127  7e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5448  PTS system cellobiose-specific transporter subunit IIC  36.55 
 
 
433 aa  127  7e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.92 
 
 
573 aa  127  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0969202  normal  0.0933815 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.14 
 
 
775 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.37 
 
 
920 aa  127  8.000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0269119  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1847  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.76 
 
 
648 aa  126  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34 
 
 
833 aa  126  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.26 
 
 
780 aa  126  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.494922 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.6 
 
 
754 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0172  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.43 
 
 
685 aa  126  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5382  PTS system, cellobiose-specific IIC component  36.04 
 
 
433 aa  126  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34 
 
 
833 aa  126  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0467119  normal  0.0611646 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.85 
 
 
733 aa  127  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.24261  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  31.51 
 
 
763 aa  126  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1218  diguanylate cyclase  31.36 
 
 
803 aa  125  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.705324 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.65 
 
 
684 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0363  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.18 
 
 
677 aa  126  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.327078  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5624  PTS system, cellobiose-specific IIC component  36.04 
 
 
433 aa  125  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000179415 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.21 
 
 
832 aa  126  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.425647  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8068  GGDEF family protein  31.07 
 
 
542 aa  125  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.91 
 
 
658 aa  125  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  34.5 
 
 
803 aa  125  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32 
 
 
823 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.655002 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3498  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  32.64 
 
 
794 aa  125  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4259  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.56 
 
 
819 aa  125  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.784351  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.71 
 
 
739 aa  124  4e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1600  GGDEF family protein  33.92 
 
 
594 aa  125  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723611  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  31.25 
 
 
571 aa  124  4e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.5 
 
 
805 aa  124  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.080516  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5006  PTS system lactose/cellobiose family IIC subunit  36.04 
 
 
433 aa  124  5e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.94 
 
 
685 aa  124  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  31.06 
 
 
756 aa  124  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.47 
 
 
1040 aa  124  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6068  hypothetical protein  31.82 
 
 
550 aa  124  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3955  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
895 aa  124  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.82 
 
 
833 aa  124  6e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.6 
 
 
960 aa  124  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.08 
 
 
593 aa  124  7e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.51 
 
 
726 aa  124  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5325  PTS system, cellobiose-specific IIC component  36.04 
 
 
433 aa  124  8e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02533  putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2 (EAL)  31.47 
 
 
573 aa  123  9e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.99 
 
 
801 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.25 
 
 
830 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.153099 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.38 
 
 
891 aa  123  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5335  PTS system, cellobiose-specific IIC component  35.53 
 
 
433 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1288  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.57 
 
 
604 aa  123  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.34 
 
 
890 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.91 
 
 
818 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.376785  normal  0.0371729 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1429  GGDEF domain-containing protein  29.27 
 
 
894 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0869668  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2189  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.86 
 
 
729 aa  123  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.4 
 
 
527 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.749602  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01685  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  30.47 
 
 
729 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3182  GGDEF domain-containing protein  32.11 
 
 
754 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4373  GGDEF/EAL domain-containing protein  32.37 
 
 
672 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4011  diguanylate cyclase  28.05 
 
 
817 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.237804  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
724 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02626  GGDEF/EAL domain protein  30.64 
 
 
684 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0230406  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.82 
 
 
774 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.449187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69900  hypothetical protein  31.5 
 
 
558 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30 
 
 
1107 aa  122  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.03 
 
 
1036 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>