More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001297 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_001297  EAL domain protein  100 
 
 
681 aa  1389    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0305  diguanylate phosphodiesterase  60.18 
 
 
678 aa  789    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05166  hypothetical protein  69.85 
 
 
696 aa  955    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05168  cellobiose-specific phosphotransferase system enzyme IIC  34.14 
 
 
661 aa  384  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0769  diguanylate phosphodiesterase  35.06 
 
 
671 aa  244  3e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3254  diguanylate phosphodiesterase  35.06 
 
 
671 aa  244  3e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3357  diguanylate phosphodiesterase  35.53 
 
 
610 aa  240  5e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2762  putative diguanylate phosphodiesterase  28.89 
 
 
678 aa  235  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.317441  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0919  diguanylate phosphodiesterase  34.48 
 
 
707 aa  225  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.788628 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1051  diguanylate phosphodiesterase  32.03 
 
 
671 aa  217  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0832  hypothetical protein  29.69 
 
 
704 aa  216  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0236981  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2104  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  29.44 
 
 
718 aa  192  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000044126  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3992  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  27.88 
 
 
723 aa  188  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.197427  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3879  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  27.88 
 
 
723 aa  188  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.877502 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2234  EAL domain-containing protein  28.57 
 
 
702 aa  186  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0208  EAL domain protein  29.68 
 
 
762 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043954 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5263  GGDEF domain-containing protein  34.51 
 
 
555 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.98 
 
 
554 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0426224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5518  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.98 
 
 
556 aa  140  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.486048 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5315  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.51 
 
 
554 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.146003 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.12 
 
 
555 aa  140  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.209922 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4373  GGDEF/EAL domain-containing protein  32.38 
 
 
672 aa  137  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6068  hypothetical protein  34.6 
 
 
550 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.32 
 
 
772 aa  137  8e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.185981  normal  0.624417 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1795  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.39 
 
 
714 aa  136  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0771751  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0254  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.43 
 
 
557 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69900  hypothetical protein  35.29 
 
 
558 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
813 aa  135  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000504339  normal  0.176333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.51 
 
 
760 aa  135  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1545  hypothetical protein  33.77 
 
 
776 aa  135  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.150564 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.92 
 
 
826 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.396242  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1367  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.74 
 
 
905 aa  134  5e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0722784  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3098  diguanylate phosphodiesterase  32.02 
 
 
453 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.905617  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2031  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.74 
 
 
569 aa  133  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.538954  normal  0.171579 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
724 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0114  GGDEF domain/EAL domain protein  33.2 
 
 
554 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0161  EAL domain-containing protein Urf2  34.18 
 
 
329 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.127293  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0074  GGDEF  33.2 
 
 
554 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.47 
 
 
827 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00530  hypothetical protein with two C-terminal GGDEF motifs  34.02 
 
 
719 aa  132  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.409537  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4790  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.86 
 
 
807 aa  132  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3182  GGDEF domain-containing protein  34.25 
 
 
754 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.54 
 
 
780 aa  131  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.494922 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.12 
 
 
960 aa  130  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5325  PTS system, cellobiose-specific IIC component  37.88 
 
 
433 aa  130  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.25 
 
 
775 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.89 
 
 
833 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.92 
 
 
726 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5304  PTS system, cellobiose-specific IIC component  37.88 
 
 
433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000552598 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5063  PTS system cellobiose-specific transporter subunit IIC  37.88 
 
 
433 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4895  PTS system, cellobiose-specific IIC component  37.88 
 
 
433 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4908  PTS system, cellobiose-specific IIC component  37.88 
 
 
433 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.52 
 
 
797 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450628 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5448  PTS system cellobiose-specific transporter subunit IIC  37.88 
 
 
433 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.78 
 
 
533 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0439369  normal  0.12147 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  30.42 
 
 
785 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.4 
 
 
721 aa  129  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.616361 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.64 
 
 
754 aa  128  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.09 
 
 
1107 aa  128  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.43 
 
 
1050 aa  128  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.61 
 
 
1413 aa  129  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5382  PTS system, cellobiose-specific IIC component  37.37 
 
 
433 aa  128  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.98 
 
 
593 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5624  PTS system, cellobiose-specific IIC component  37.37 
 
 
433 aa  127  5e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000179415 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0343  cellobiose-specific PTS system IIC component  33.84 
 
 
433 aa  127  5e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000855206  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.54 
 
 
775 aa  127  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472335  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4412  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.17 
 
 
574 aa  127  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0317543  normal  0.165306 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.06 
 
 
692 aa  127  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.352586 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.65 
 
 
713 aa  127  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6470  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
584 aa  127  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.527259 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5006  PTS system lactose/cellobiose family IIC subunit  37.37 
 
 
433 aa  127  7e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1002  diguanylate cyclase  34.9 
 
 
697 aa  127  7e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0965  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.9 
 
 
668 aa  127  8.000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.54558 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0627  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.9 
 
 
678 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  34.58 
 
 
921 aa  126  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1218  diguanylate cyclase  31.38 
 
 
803 aa  126  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.705324 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.46 
 
 
692 aa  127  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4149  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 
680 aa  126  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.498458 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 
658 aa  126  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1452  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.27 
 
 
894 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.957264  normal  0.595774 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1271  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.18 
 
 
649 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2981  PTS system lactose/cellobiose family IIC subunit  35.98 
 
 
439 aa  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.299528  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5335  PTS system, cellobiose-specific IIC component  36.87 
 
 
433 aa  125  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.9 
 
 
789 aa  125  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.574707 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.62 
 
 
685 aa  124  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3569  sensory box protein  31.25 
 
 
1071 aa  124  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5602  GGDEF family protein  31.37 
 
 
656 aa  125  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.18 
 
 
929 aa  124  4e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3221  sensory box-containing diguanylate cyclase  32.37 
 
 
858 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1007  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.78 
 
 
853 aa  124  4e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  28.52 
 
 
1141 aa  124  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4011  diguanylate cyclase  30.68 
 
 
817 aa  124  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.237804  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.78 
 
 
805 aa  124  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.85 
 
 
782 aa  124  5e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.20667  normal  0.271629 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.05 
 
 
1066 aa  124  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6186  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
329 aa  124  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0493195  hitchhiker  0.0000013471 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15435  hypothetical protein  33.33 
 
 
329 aa  124  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000348381  unclonable  1.07175e-21 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  30.8 
 
 
965 aa  124  7e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.2 
 
 
890 aa  124  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.71 
 
 
855 aa  124  7e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>