More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6152 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6152  type IV secretion system protein VirB11  100 
 
 		 346 aa  706    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8218  type IV secretion system protein VirB11  81.34 
 
 		 344 aa  575  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.662964  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3530  type IV secretion system protein VirB11  63.45 
 
 		 355 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0248  Type IV secretory pathway AvhB11 protein  44.62 
 
 		 343 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.776231 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4369  type II secretion system protein E  42.35 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.957498 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5078  P-type DNA transfer ATPase VirB11  42.06 
 
 		 337 aa  239  5.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.382056 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0685  P-type DNA transfer ATPase VirB11  39.44 
 
 		 333 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4338  type II secretion system protein E  40.37 
 
 		 344 aa  230  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553621  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5001  P-type DNA transfer ATPase VirB11  38.63 
 
 		 334 aa  220  3e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.547731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6397  P-type DNA transfer ATPase VirB11  33.84 
 
 		 342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5822  P-type DNA transfer ATPase VirB11  37.42 
 
 		 382 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1678  type IV secretory pathway, VirB11 component  36.13 
 
 		 361 aa  195  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.247964 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2445  P-type DNA transfer ATPase VirB11  34.5 
 
 		 347 aa  193  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.938664 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9811  type IV secretion protein AvhB11  32.93 
 
 		 340 aa  192  6e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4555  P-type DNA transfer ATPase VirB11  32.51 
 
 		 343 aa  187  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.303267  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0863  P-type DNA transfer ATPase VirB11  35.14 
 
 		 368 aa  186  4e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.349465 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6497  P-type DNA transfer ATPase VirB11  35.23 
 
 		 372 aa  186  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4170  type II secretion system protein E  33.44 
 
 		 343 aa  184  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1762  putative type IV secretion system protein VirB11  34.93 
 
 		 372 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0170  P-type DNA transfer ATPase VirB11  35.78 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.178356 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08204  type II secretion system protein E  37 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.291523  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1145  P-type DNA transfer ATPase VirB11  34.89 
 
 		 355 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2649  putative type IV secretion system protein VirB11  35.26 
 
 		 372 aa  179  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.788763  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0059  type IV secretion system protein VirB11  33.43 
 
 		 361 aa  177  3e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0016  P-type DNA transfer ATPase VirB11  34.38 
 
 		 339 aa  176  8e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0054  P-type DNA transfer ATPase VirB11  33.13 
 
 		 362 aa  175  9e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0740  type IV secretion system ATPase VirB11  32.63 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.252836  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0024  P-type DNA transfer ATPase VirB11  35.1 
 
 		 353 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0046  P-type DNA transfer ATPase VirB11  33.44 
 
 		 342 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1479  Sigma 54 interacting domain protein  33.66 
 
 		 338 aa  171  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.856165  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0456  putative type IV secretion system protein VirB11  35.41 
 
 		 379 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0019  type IV secretion system ATPase VirB11  30.06 
 
 		 332 aa  169  9e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0988827  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5020  type II secretion system protein E  34.93 
 
 		 347 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4437  type II secretion system protein E  33.01 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6333  P-type DNA transfer ATPase VirB11  35.42 
 
 		 357 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0161  hypothetical protein  31.56 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0041  type IV secretion system ATPase VirB11  29.57 
 
 		 332 aa  162  8.000000000000001e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6214  P-type DNA transfer ATPase VirB11  31.55 
 
 		 349 aa  162  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.263277 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7526  P-type DNA transfer ATPase VirB11  31.31 
 
 		 345 aa  162  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0812069 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0116  P-type DNA transfer ATPase VirB11  32.57 
 
 		 349 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.165684  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0179  hypothetical protein  31.25 
 
 		 334 aa  161  2e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0007  type IV secretion system ATPase VirB11  30.34 
 
 		 330 aa  159  5e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0478715  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4194  P-type DNA transfer ATPase VirB11  32.38 
 
 		 383 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877168  normal  1 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a019  conjugal transfer protein VirB11  28.62 
 
 		 333 aa  159  1e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0039  cmgB11  28.86 
 
 		 330 aa  150  5e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4845  type II secretion system protein E  32.78 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3321  ATP/GTP-binding motif-containing protein  32.78 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0172  P-type DNA transfer ATPase VirB11  27.91 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0899621  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0247  type II secretion system protein E  32.48 
 
 		 639 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.68853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  31.73 
 
 		 444 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1876  type II secretion system protein E  32.78 
 
 		 477 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3241  type II secretion system protein E  32.12 
 
 		 478 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1019  type II secretion system protein E  32.69 
 
 		 472 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1756  type II secretion system protein E  31.29 
 
 		 430 aa  127  2.0000000000000002e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.154  normal  0.161423 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2507  type II secretion system protein E  31.46 
 
 		 513 aa  126  6e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000823712  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1339  type II secretion system protein E  31.44 
 
 		 412 aa  126  6e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0856  type II secretion system protein E  28.52 
 
 		 411 aa  125  7e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0383004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5411  type II secretion system protein E  32.45 
 
 		 440 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0593921  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7353  type II secretion system protein E  29.91 
 
 		 391 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0424132  normal  0.297904 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2116  FHA domain containing protein  31.6 
 
 		 594 aa  124  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2569  type II secretion system protein E  29.84 
 
 		 463 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3656  type II/IV secretion system protein, ATPase domain-containing protein  33 
 
 		 438 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3116  type II secretion system protein E  30.48 
 
 		 491 aa  122  8e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761799  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2694  type II secretion system protein E  30.69 
 
 		 474 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00162868  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0882  type II secretion system protein E  31.58 
 
 		 446 aa  122  9.999999999999999e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0503  type II secretion system protein E  30.29 
 
 		 411 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.731601  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10320  Flp pilus assembly protein, ATPase CpaF  28.7 
 
 		 430 aa  121  1.9999999999999998e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00794081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3009  type II secretion system protein E  29.91 
 
 		 445 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1161  type II secretion system protein E  29.62 
 
 		 469 aa  120  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3512  type II secretion system protein E  31.5 
 
 		 449 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.657436  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2982  type II secretion system protein E  29.24 
 
 		 487 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330952  hitchhiker  0.00479532 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1085  secretion ATPase protein  32.34 
 
 		 450 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1918  type II secretion system protein E  30.26 
 
 		 442 aa  119  9.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.250738  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2070  type II secretion system protein E  32.47 
 
 		 440 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  0.86382 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3210  type II secretion system protein E  28.95 
 
 		 463 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.532215 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1852  type II secretion system protein E  33.55 
 
 		 470 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00303958  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5630  type II secretion system protein E  32.52 
 
 		 380 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00466879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4869  putative type II secretion system protein  32.82 
 
 		 421 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.192053  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1640  type II secretion system protein E  30.72 
 
 		 417 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.75229  normal  0.33759 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  29.07 
 
 		 473 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4447  type II secretion system protein E  32.03 
 
 		 438 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2044  component of type IV pilus  31.77 
 
 		 521 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.101478  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2456  component of type IV pilus  31.77 
 
 		 515 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.080834  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1876  type IV pilus assembly protein  31.77 
 
 		 523 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.483104  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5482  conjugal transfer protein TrbB  29.43 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0032  type II secretion system protein E  31.17 
 
 		 404 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0828  CpaF  31.77 
 
 		 520 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.13968  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1888  type IV pilus assembly protein  31.77 
 
 		 523 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.414931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1677  CpaF  31.77 
 
 		 520 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.521474  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0333  CpaF  31.77 
 
 		 520 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0947071  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9269  conjugal transfer protein TrbB  30.09 
 
 		 323 aa  116  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2540  type II/IV secretion system protein  31.37 
 
 		 446 aa  116  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.511754  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2488  type II secretion system protein E  31.39 
 
 		 451 aa  116  6e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000273965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4393  type II secretion system protein E  32.92 
 
 		 418 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2160  type II secretion system protein E  30.92 
 
 		 438 aa  115  7.999999999999999e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0397447  normal  0.0352451 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  30.52 
 
 		 468 aa  115  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1752  Flp pilus assembly ATPase CpaF  29.62 
 
 		 451 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3782  type II secretion system protein E  33.44 
 
 		 473 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0846  type II secretion system protein E  32.57 
 
 		 418 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0641  type II secretion system protein E  31.19 
 
 		 456 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.677023  normal  0.303221 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>