More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6397 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6397  P-type DNA transfer ATPase VirB11  100 
 
 		 342 aa  700    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9811  type IV secretion protein AvhB11  83.87 
 
 		 340 aa  596  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4555  P-type DNA transfer ATPase VirB11  84.36 
 
 		 343 aa  570  1e-161  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.303267  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4170  type II secretion system protein E  75.29 
 
 		 343 aa  526  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4437  type II secretion system protein E  57.59 
 
 		 349 aa  376  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6214  P-type DNA transfer ATPase VirB11  46.15 
 
 		 349 aa  286  5e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.263277 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0019  type IV secretion system ATPase VirB11  47.22 
 
 		 332 aa  279  6e-74  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0988827  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0007  type IV secretion system ATPase VirB11  47.22 
 
 		 330 aa  276  5e-73  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0478715  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0740  type IV secretion system ATPase VirB11  47.69 
 
 		 331 aa  275  8e-73  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.252836  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0041  type IV secretion system ATPase VirB11  46.6 
 
 		 332 aa  263  4.999999999999999e-69  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4369  type II secretion system protein E  40.74 
 
 		 342 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.957498 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0685  P-type DNA transfer ATPase VirB11  39.12 
 
 		 333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4338  type II secretion system protein E  39.12 
 
 		 344 aa  229  7e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553621  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1678  type IV secretory pathway, VirB11 component  38.51 
 
 		 361 aa  229  7e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.247964 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0248  Type IV secretory pathway AvhB11 protein  38.79 
 
 		 343 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.776231 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2445  P-type DNA transfer ATPase VirB11  37.54 
 
 		 347 aa  226  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.938664 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5001  P-type DNA transfer ATPase VirB11  37.5 
 
 		 334 aa  225  8e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.547731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5078  P-type DNA transfer ATPase VirB11  39.24 
 
 		 337 aa  225  8e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.382056 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0863  P-type DNA transfer ATPase VirB11  38.84 
 
 		 368 aa  224  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.349465 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0161  hypothetical protein  37.07 
 
 		 334 aa  210  3e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0179  hypothetical protein  36.76 
 
 		 334 aa  208  9e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6152  type IV secretion system protein VirB11  33.84 
 
 		 346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5822  P-type DNA transfer ATPase VirB11  39.12 
 
 		 382 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0059  type IV secretion system protein VirB11  38.16 
 
 		 361 aa  191  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0054  P-type DNA transfer ATPase VirB11  37.81 
 
 		 362 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2456  component of type IV pilus  37.86 
 
 		 515 aa  186  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.080834  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0828  CpaF  37.86 
 
 		 520 aa  186  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.13968  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1888  type IV pilus assembly protein  37.86 
 
 		 523 aa  186  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.414931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1677  CpaF  37.86 
 
 		 520 aa  186  7e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.521474  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0333  CpaF  37.86 
 
 		 520 aa  186  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0947071  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1876  type IV pilus assembly protein  37.86 
 
 		 523 aa  186  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.483104  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2044  component of type IV pilus  37.86 
 
 		 521 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.101478  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4194  P-type DNA transfer ATPase VirB11  33.04 
 
 		 383 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3812  type II secretion system protein E  37.3 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.38086 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6497  P-type DNA transfer ATPase VirB11  35.52 
 
 		 372 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3983  type II secretion system protein E  36.59 
 
 		 328 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3424  type II secretion system protein E  35.92 
 
 		 472 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.546087  normal  0.677685 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3648  type II secretion system protein E  36.98 
 
 		 328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0223544 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3931  type II secretion system protein E  35.92 
 
 		 472 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0856952  normal  0.304546 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0309  type II secretion system protein E  34.94 
 
 		 455 aa  179  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8218  type IV secretion system protein VirB11  30.75 
 
 		 344 aa  179  7e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.662964  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1762  putative type IV secretion system protein VirB11  35.22 
 
 		 372 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2045  type II secretion system protein E  34.81 
 
 		 458 aa  177  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0948744  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0599  type II/IV secretion system protein  35.03 
 
 		 428 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0260  type II/IV secretion system protein  35.03 
 
 		 428 aa  177  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000662566  hitchhiker  0.0000000763288 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0682  type II secretion system protein E  35.03 
 
 		 428 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.667296  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2649  putative type IV secretion system protein VirB11  35.01 
 
 		 372 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.788763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2054  type II secretion system protein E  35.28 
 
 		 474 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00068555  normal  0.102531 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0670  type II secretion system protein E  35.26 
 
 		 466 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.811515  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5411  type II secretion system protein E  37.06 
 
 		 440 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0593921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0898  type II secretion system protein E  34.94 
 
 		 467 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6333  P-type DNA transfer ATPase VirB11  36.56 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2160  type II secretion system protein E  34.38 
 
 		 438 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0397447  normal  0.0352451 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0170  P-type DNA transfer ATPase VirB11  34.52 
 
 		 375 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.178356 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4845  type II secretion system protein E  33.53 
 
 		 352 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3321  ATP/GTP-binding motif-containing protein  33.53 
 
 		 352 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3241  type II secretion system protein E  35.67 
 
 		 478 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0046  P-type DNA transfer ATPase VirB11  33.54 
 
 		 342 aa  172  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a019  conjugal transfer protein VirB11  30.97 
 
 		 333 aa  171  1e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4617  type II secretion system protein E  35.45 
 
 		 460 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.511137 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1856  type II secretion system protein E  32 
 
 		 521 aa  170  3e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808966  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1876  type II secretion system protein E  35.03 
 
 		 477 aa  170  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5324  type II secretion system protein E  36.24 
 
 		 462 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  decreased coverage  0.000466022 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1085  secretion ATPase protein  38.31 
 
 		 450 aa  169  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  37.14 
 
 		 444 aa  169  7e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  35.76 
 
 		 468 aa  169  8e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  34.81 
 
 		 441 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2982  type II secretion system protein E  35.03 
 
 		 487 aa  168  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330952  hitchhiker  0.00479532 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3656  type II/IV secretion system protein, ATPase domain-containing protein  36.1 
 
 		 438 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3530  type IV secretion system protein VirB11  30.96 
 
 		 355 aa  168  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4360  type II secretion system protein E  37.38 
 
 		 451 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4447  type II secretion system protein E  35.58 
 
 		 438 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0545  type II secretion system protein E  34.77 
 
 		 454 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.732692 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2018  type II secretion system protein E  35.18 
 
 		 445 aa  168  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4250  type II secretion system protein E  37.38 
 
 		 451 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.558641  normal  0.482793 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0537  type II secretion system protein E  35.56 
 
 		 440 aa  167  2.9999999999999998e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.590174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3490  type II secretion system protein E  33.97 
 
 		 478 aa  167  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.057514 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1515  secretory protein kinase, cpaF  35.97 
 
 		 432 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0638595  normal  0.0739759 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5621  type II secretion system protein E  35.85 
 
 		 632 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  33.86 
 
 		 442 aa  165  9e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2569  type II secretion system protein E  34.39 
 
 		 463 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0748  FHA domain-containing protein  34.17 
 
 		 572 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7220  type II secretion system protein E  35.53 
 
 		 632 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177916  normal  0.420932 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0456  putative type IV secretion system protein VirB11  33.33 
 
 		 379 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4396  type II secretion system protein E  34.92 
 
 		 481 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4869  putative type II secretion system protein  37.07 
 
 		 421 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.192053  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5870  type II secretion system protein E  32.09 
 
 		 387 aa  163  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000410078  normal  0.124998 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6876  FHA domain containing protein  35.02 
 
 		 634 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4951  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0477  type II secretion system protein E  35.05 
 
 		 396 aa  163  5.0000000000000005e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0012388  normal  0.0255206 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06193  flp pilus assembly ATPase CpaF  34.74 
 
 		 423 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0372  type II/IV secretion system protein, ATP binding domain  35.94 
 
 		 428 aa  162  8.000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00402347  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0016  P-type DNA transfer ATPase VirB11  32.9 
 
 		 339 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3009  type II secretion system protein E  32.81 
 
 		 445 aa  162  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2567  type II secretion system protein E  33.44 
 
 		 469 aa  161  1e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.368822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2290  type II secretion system protein E  31.36 
 
 		 498 aa  161  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3512  type II secretion system protein E  34.17 
 
 		 449 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.657436  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0247  type II secretion system protein E  33.75 
 
 		 639 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.68853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1019  type II secretion system protein E  30.85 
 
 		 472 aa  161  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2274  type II secretion system protein  33.86 
 
 		 455 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2738  type II secretion system protein E  35.74 
 
 		 624 aa  161  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>