More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp1085 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp1085  secretion ATPase protein  100 
 
 
450 aa  902    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5411  type II secretion system protein E  83.78 
 
 
440 aa  746    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0593921  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1730  type II secretion system protein E  80.65 
 
 
447 aa  720    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000224608 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1944  type II/IV secretion system protein  80.05 
 
 
447 aa  713    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000254156  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4663  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  80.28 
 
 
447 aa  721    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0858858  decreased coverage  0.000709192 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2540  type II/IV secretion system protein  79.81 
 
 
446 aa  715    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.511754  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1655  type II secretion system protein E  79.01 
 
 
469 aa  716    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.591506 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1445  type II secretion system protein E  80.51 
 
 
455 aa  717    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.314248  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2796  putative type II/IV secretion ATPase protein, TadA  80.51 
 
 
469 aa  716    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178047  normal  0.242978 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3656  type II/IV secretion system protein, ATPase domain-containing protein  86.31 
 
 
438 aa  744    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1043  type II secretion system protein E  79.81 
 
 
450 aa  718    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.994378  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1791  type II/IV secretion system protein  80.05 
 
 
447 aa  713    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.24079  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4360  type II secretion system protein E  95.59 
 
 
451 aa  844    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1405  type II secretion system protein E  79.81 
 
 
454 aa  712    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1523  type II secretion system protein E  79.81 
 
 
450 aa  718    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.68059  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1499  type II secretion system protein E  79.81 
 
 
450 aa  718    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000031609 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4447  type II secretion system protein E  74.01 
 
 
438 aa  664    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1770  type II/IV secretion system protein  80.05 
 
 
447 aa  713    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4250  type II secretion system protein E  95.59 
 
 
451 aa  844    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.558641  normal  0.482793 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2070  type II secretion system protein E  70.21 
 
 
440 aa  631  1e-180  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  0.86382 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2323  type II secretion system protein E  63.57 
 
 
449 aa  555  1e-157  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.935094 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1776  tight adherence protein TadA  83.17 
 
 
335 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.515803  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0119  secretion system protein, putaive  83.17 
 
 
335 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0220928  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2702  tight adherence protein TadA  56.69 
 
 
444 aa  491  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.585164  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2324  type II secretion system protein E  56.69 
 
 
444 aa  491  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1640  type II secretion system protein E  49.39 
 
 
417 aa  413  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.75229  normal  0.33759 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2738  type II secretion system protein E  50 
 
 
624 aa  394  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2363  type II/IV secretion system protein  54.96 
 
 
560 aa  382  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.158902  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  46.63 
 
 
464 aa  383  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2160  type II secretion system protein E  51.47 
 
 
438 aa  383  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0397447  normal  0.0352451 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2825  type II secretion system protein E  47.51 
 
 
450 aa  379  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5324  type II secretion system protein E  46.17 
 
 
462 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  decreased coverage  0.000466022 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2913  type II secretion system protein E  45.56 
 
 
452 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1109  type II secretion system protein E  50.9 
 
 
608 aa  379  1e-104  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.280352  normal  0.0921606 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1752  Flp pilus assembly ATPase CpaF  45.86 
 
 
451 aa  375  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0652  secretion ATPase protein  47.15 
 
 
453 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.199713 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  48.54 
 
 
444 aa  375  1e-102  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0655  type II secretion system protein  46.73 
 
 
479 aa  374  1e-102  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.181528 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3009  type II secretion system protein E  47.55 
 
 
445 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6366  type II secretion system protein E  45.11 
 
 
454 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  45.41 
 
 
455 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0795  type II secretion system protein  46.7 
 
 
472 aa  369  1e-101  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2274  type II secretion system protein  45.67 
 
 
455 aa  369  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0588  type II secretion system protein E  44.61 
 
 
454 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106283  normal  0.228191 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2966  type II/IV secretion system protein  45.43 
 
 
455 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.265625  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0641  type II secretion system protein E  45.58 
 
 
456 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.677023  normal  0.303221 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0545  type II secretion system protein E  45 
 
 
454 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.732692 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5492  type II secretion system protein E  45.11 
 
 
454 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0157969  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  45.11 
 
 
454 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  51.56 
 
 
468 aa  372  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3091  type II/IV secretion system protein  45.43 
 
 
455 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  45.59 
 
 
473 aa  365  1e-100  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4853  type II/IV secretion system protein, putative  47.71 
 
 
418 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1161  type II secretion system protein E  50.41 
 
 
469 aa  367  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2647  type II secretion system protein E  45.64 
 
 
459 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1316  type II secretion system protein  45.43 
 
 
455 aa  368  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4396  type II secretion system protein E  50.13 
 
 
481 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2569  type II secretion system protein E  50 
 
 
463 aa  368  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  46.5 
 
 
441 aa  367  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1528  type II secretion system protein E  46.89 
 
 
457 aa  368  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6298  type II secretion system protein E  44.29 
 
 
455 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3512  type II secretion system protein E  47.51 
 
 
449 aa  367  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.657436  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6002  type II secretion system protein E  44.29 
 
 
455 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.661496  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4617  type II secretion system protein E  46.35 
 
 
460 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.511137 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0072  type II secretion system protein E  47.24 
 
 
408 aa  364  2e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.928138  normal  0.608061 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  47.53 
 
 
442 aa  363  4e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1522  type II secretion system protein E  46.09 
 
 
467 aa  363  4e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3966  type II secretion system protein E  44.92 
 
 
449 aa  362  5.0000000000000005e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.406102 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4393  type II secretion system protein E  48.21 
 
 
418 aa  362  6e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0799  type II secretion system protein E  46.36 
 
 
452 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55890  putative type II secretion system protein  49.36 
 
 
421 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4869  putative type II secretion system protein  49.36 
 
 
421 aa  360  3e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.192053  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2316  type II secretion system protein E  45.79 
 
 
677 aa  359  5e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2354  type II secretion system protein E  46.67 
 
 
452 aa  358  1.9999999999999998e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6876  FHA domain containing protein  48.97 
 
 
634 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4951  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3210  type II secretion system protein E  46.83 
 
 
463 aa  356  5e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.532215 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0726  type II secretion system protein E  44.39 
 
 
492 aa  356  5e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50497  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0846  type II secretion system protein E  50 
 
 
418 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0309  type II secretion system protein E  45.94 
 
 
455 aa  355  1e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4000  type II secretion system protein E  46.86 
 
 
500 aa  354  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.737782  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1815  type II secretion system protein E  49.86 
 
 
449 aa  353  5e-96  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1725  type II secretion system protein E  51.69 
 
 
465 aa  352  7e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2700  type II secretion system protein E  46.48 
 
 
437 aa  351  1e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0372  type II/IV secretion system protein, ATP binding domain  47.16 
 
 
428 aa  350  2e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00402347  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2921  type II/IV secretion system protein E  49.69 
 
 
638 aa  349  7e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1019  type II secretion system protein E  53.12 
 
 
472 aa  348  8e-95  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1682  type II secretion system protein E  48.01 
 
 
465 aa  348  1e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000847512 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4346  FHA domain-containing protein  51.55 
 
 
563 aa  348  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.077355  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1274  type II secretion system protein E  49.7 
 
 
463 aa  347  3e-94  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1876  type II secretion system protein E  47.7 
 
 
477 aa  347  3e-94  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0748  FHA domain-containing protein  47.7 
 
 
572 aa  346  4e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4479  type II secretion system protein E  43.57 
 
 
491 aa  346  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2290  type II secretion system protein E  44.12 
 
 
498 aa  346  4e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4191  type II secretion system protein E  44.1 
 
 
491 aa  345  8e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3355  type II secretion system protein E  46.67 
 
 
488 aa  345  8e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2982  type II secretion system protein E  44.95 
 
 
487 aa  345  1e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330952  hitchhiker  0.00479532 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3241  type II secretion system protein E  49.7 
 
 
478 aa  343  2.9999999999999997e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1856  type II secretion system protein E  43 
 
 
521 aa  342  8e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808966  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2349  type II secretion system protein E  49.15 
 
 
485 aa  342  8e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.413673 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7034  putative secretory protein kinase, cpaF-like gene  48.16 
 
 
433 aa  342  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.473497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>