More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1886 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2156  alpha amylase family protein  59.61 
 
 		 673 aa  784    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2206  alpha amylase catalytic region  65.23 
 
 		 668 aa  818    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.370981  hitchhiker  0.00000519248 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1900  alpha amylase catalytic region  56.66 
 
 		 581 aa  686    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0705121  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2082  alpha amylase catalytic region  57.32 
 
 		 766 aa  794    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.241843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01887  putative glycosidase  61.94 
 
 		 630 aa  777    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0556  alpha amylase domain-containing protein  62.84 
 
 		 624 aa  775    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.120773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2032  alpha amylase, catalytic region  60.03 
 
 		 653 aa  758    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.324011  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2303  alpha amylase catalytic region  57.58 
 
 		 761 aa  785    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.283065  normal  0.0722079 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2340  alpha amylase, catalytic region  58.04 
 
 		 650 aa  791    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2035  alpha amylase catalytic region  58.95 
 
 		 736 aa  798    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2136  alpha amylase, catalytic region  58.65 
 
 		 704 aa  793    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2212  alpha amylase, catalytic region  58.31 
 
 		 709 aa  796    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.636451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1784  alpha amylase, catalytic region  63.43 
 
 		 676 aa  842    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519611  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2593  alpha amylase, catalytic region  57.64 
 
 		 610 aa  736    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.143238  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2314  alpha amylase, catalytic region  58.16 
 
 		 709 aa  793    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.169067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2290  alpha amylase catalytic region  58.31 
 
 		 715 aa  791    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1886  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 667 aa  1377    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1659  glycosidase  57.35 
 
 		 626 aa  560  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.763441 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2758  alpha amylase catalytic region  47.61 
 
 		 579 aa  485  1e-135  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.435679  normal  0.479819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2884  alpha amylase catalytic region  45.08 
 
 		 565 aa  479  1e-134  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0897  alpha-amylase family protein  41.03 
 
 		 534 aa  392  1e-107  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1637  alpha amylase catalytic region  33.54 
 
 		 574 aa  252  1e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  24.05 
 
 		 459 aa  100  9e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  26.83 
 
 		 2068 aa  76.6  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23200  alpha amylase  22.13 
 
 		 654 aa  73.6  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000149088  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0544  alpha amylase catalytic region  24.75 
 
 		 758 aa  72.8  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1504  alpha amylase catalytic region  28.95 
 
 		 728 aa  72.8  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.496352 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0347  alpha amylase catalytic region  22.41 
 
 		 522 aa  68.6  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.242051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3333  alpha amylase, catalytic region  30.21 
 
 		 434 aa  68.2  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.320284  normal  0.0371883 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0869  alpha amylase catalytic region  33.33 
 
 		 459 aa  67.4  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1675  alpha amylase catalytic region  20.99 
 
 		 499 aa  65.9  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2798  alpha amylase, catalytic region  32.76 
 
 		 433 aa  65.1  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.242606  normal  0.972653 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01125  alpha-amylase, putative  35.51 
 
 		 434 aa  65.1  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2278  alpha amylase catalytic region  21.7 
 
 		 1307 aa  64.7  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.792883  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1998  alpha amylase catalytic region  22.3 
 
 		 481 aa  64.3  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.722533  normal  0.515841 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1712  alpha amylase, catalytic region  22.16 
 
 		 481 aa  64.3  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3059  alpha amylase, catalytic region  30.41 
 
 		 434 aa  64.3  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50616 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2771  alpha amylase, catalytic region  32.5 
 
 		 433 aa  63.9  0.000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.473519  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2815  alpha amylase, catalytic region  32.5 
 
 		 433 aa  63.9  0.000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.896664  normal  0.115274 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2521  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  24.21 
 
 		 1975 aa  63.9  0.000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1856  Alpha amylase, catalytic region  24.38 
 
 		 586 aa  63.9  0.000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2916  Alpha-amylase  30.99 
 
 		 472 aa  63.5  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4392  alpha amylase, catalytic region  25.27 
 
 		 493 aa  63.2  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.47907 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1849  alpha-amylase  24.71 
 
 		 524 aa  62.8  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0795  alpha amylase, catalytic region  23.18 
 
 		 575 aa  63.2  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1431  alpha amylase catalytic region  26.29 
 
 		 663 aa  62.4  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.246388  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2017  Alpha amylase, catalytic region  26.32 
 
 		 488 aa  61.2  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00107336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4343  alpha amylase catalytic region  23.08 
 
 		 481 aa  61.2  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3073  alpha amylase catalytic region  24.05 
 
 		 477 aa  61.6  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09700  alpha amylase  30.71 
 
 		 426 aa  61.6  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4625  alpha amylase catalytic region  25.36 
 
 		 481 aa  60.5  0.00000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1458  alpha amylase, catalytic region  31.82 
 
 		 644 aa  60.8  0.00000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.628846  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  22.03 
 
 		 1891 aa  60.1  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  23.14 
 
 		 1855 aa  59.7  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0143  alpha amylase catalytic sub domain protein  25.26 
 
 		 692 aa  59.3  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0052779  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21691  glycoside hydrolase family protein  30.22 
 
 		 483 aa  59.7  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0470032 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1713  alpha amylase catalytic region  31.06 
 
 		 426 aa  58.9  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0746329  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3419  hypothetical protein  28.57 
 
 		 481 aa  58.9  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4336  alpha amylase catalytic region  23.1 
 
 		 914 aa  58.5  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16160  alpha amylase catalytic region  24.32 
 
 		 582 aa  58.9  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.135656  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1613  alpha amylase, catalytic region  21.1 
 
 		 589 aa  58.5  0.0000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.050548  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24550  glycosidase  30.95 
 
 		 464 aa  58.5  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.665242 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2810  alpha amylase, catalytic region  25.83 
 
 		 450 aa  58.2  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2452  alpha amylase, catalytic region  20.88 
 
 		 1401 aa  57.8  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0187956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1529  alpha amylase catalytic region  28.12 
 
 		 593 aa  57.8  0.0000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.331611  normal  0.956497 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5097  alpha amylase catalytic region  30.77 
 
 		 1074 aa  57.4  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.511822  normal  0.0191149 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5382  alpha amylase catalytic region  29.09 
 
 		 1075 aa  57.4  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1179  alpha amylase catalytic region  27.61 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08330  sucrose isomerase  28.25 
 
 		 600 aa  57.4  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0867  alpha amylase catalytic region  30.71 
 
 		 558 aa  56.6  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1323  alpha-amylase  30.3 
 
 		 604 aa  57  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4031  alpha amylase catalytic region  29.24 
 
 		 413 aa  57  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0833  alpha-glucosidase  28.5 
 
 		 544 aa  56.6  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1738  alpha amylase domain-containing protein  24.4 
 
 		 1148 aa  56.2  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257385  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08990  glycosidase  21.27 
 
 		 570 aa  56.2  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.134217  normal  0.0194138 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8729  alpha amylase catalytic region  26.5 
 
 		 441 aa  56.2  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.150253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1599  alpha amylase catalytic region  33.7 
 
 		 1126 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863275  hitchhiker  0.00182412 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1141  alpha amylase, catalytic region  27.61 
 
 		 422 aa  56.2  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0868  pullulanase, extracellular  28.77 
 
 		 776 aa  56.2  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0540  alpha amylase catalytic region  24.79 
 
 		 1037 aa  56.2  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0480393 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0018  alpha amylase catalytic region  22.3 
 
 		 485 aa  56.2  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1341  alpha amylase family protein  24.4 
 
 		 1136 aa  56.2  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0533  alpha amylase family protein  24.4 
 
 		 1115 aa  56.2  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1545  alpha amylase family protein  24.4 
 
 		 1115 aa  55.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1568  glycosy hydrolase family protein  24.4 
 
 		 1115 aa  56.2  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0622  alpha amylase family protein  24.4 
 
 		 1115 aa  56.2  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05105  alpha-amylase, putative  32.45 
 
 		 478 aa  55.5  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.289074  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28010  family 13 glycosyl hydrolase  29.09 
 
 		 667 aa  55.1  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4258  alpha amylase catalytic region  26.05 
 
 		 541 aa  55.1  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.256991  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4280  alpha amylase catalytic region  30.73 
 
 		 541 aa  55.1  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0331  alpha amylase catalytic region  31.87 
 
 		 652 aa  55.1  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2679  alpha amylase, catalytic region  27.47 
 
 		 671 aa  55.1  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0647  glycosidase  22.88 
 
 		 427 aa  55.1  0.000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.701769  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0775  alpha amylase, catalytic region  27.27 
 
 		 534 aa  55.1  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2425  alpha amylase catalytic region  23.1 
 
 		 509 aa  54.7  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144227  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2176  alpha amylase catalytic region  29.08 
 
 		 567 aa  55.1  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.374326  normal  0.160369 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2939  alpha amylase catalytic region  32.61 
 
 		 1124 aa  54.7  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000998182 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0523  trehalose-6-phosphate hydrolase  25.34 
 
 		 560 aa  54.7  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2712  alpha amylase catalytic region  32.61 
 
 		 1124 aa  55.1  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576573  normal  0.0633095 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0965  alpha amylase, catalytic region  26.06 
 
 		 555 aa  54.7  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000585421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>