More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2136 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2156  alpha amylase family protein  82.77 
 
 		 673 aa  1173    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01887  putative glycosidase  53.82 
 
 		 630 aa  693    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0556  alpha amylase domain-containing protein  55.78 
 
 		 624 aa  744    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.120773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2032  alpha amylase, catalytic region  60.52 
 
 		 653 aa  758    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.324011  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2206  alpha amylase catalytic region  59.75 
 
 		 668 aa  768    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.370981  hitchhiker  0.00000519248 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2340  alpha amylase, catalytic region  59.05 
 
 		 650 aa  763    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2035  alpha amylase catalytic region  70.01 
 
 		 736 aa  1016    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2136  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 704 aa  1465    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2212  alpha amylase, catalytic region  94.92 
 
 		 709 aa  1401    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.636451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1784  alpha amylase, catalytic region  63.2 
 
 		 676 aa  833    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519611  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2303  alpha amylase catalytic region  74.81 
 
 		 761 aa  1005    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.283065  normal  0.0722079 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1900  alpha amylase catalytic region  54.26 
 
 		 581 aa  652    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0705121  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2314  alpha amylase, catalytic region  92.24 
 
 		 709 aa  1360    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.169067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2082  alpha amylase catalytic region  74.39 
 
 		 766 aa  1011    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.241843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2290  alpha amylase catalytic region  70.92 
 
 		 715 aa  1017    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1886  alpha amylase, catalytic region  58.65 
 
 		 667 aa  793    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2593  alpha amylase, catalytic region  56.76 
 
 		 610 aa  739    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.143238  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1659  glycosidase  53.42 
 
 		 626 aa  529  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.763441 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2758  alpha amylase catalytic region  44.79 
 
 		 579 aa  498  1e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.435679  normal  0.479819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2884  alpha amylase catalytic region  42.27 
 
 		 565 aa  465  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0897  alpha-amylase family protein  37.33 
 
 		 534 aa  355  1e-96  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1637  alpha amylase catalytic region  30.77 
 
 		 574 aa  243  6e-63  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  25.37 
 
 		 459 aa  84.3  0.000000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01125  alpha-amylase, putative  36.36 
 
 		 434 aa  64.3  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2108  alpha amylase catalytic region  24.05 
 
 		 493 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2152  alpha amylase catalytic region  24.05 
 
 		 493 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.866439 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2771  alpha amylase, catalytic region  29.52 
 
 		 433 aa  62.8  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.473519  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24550  glycosidase  29.55 
 
 		 464 aa  62.8  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.665242 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2815  alpha amylase, catalytic region  29.52 
 
 		 433 aa  62.8  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.896664  normal  0.115274 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3333  alpha amylase, catalytic region  29.44 
 
 		 434 aa  63.2  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.320284  normal  0.0371883 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23200  alpha amylase  23.21 
 
 		 654 aa  62.4  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000149088  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4463  alpha amylase catalytic region  27.09 
 
 		 442 aa  62  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.469495 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2798  alpha amylase, catalytic region  29.52 
 
 		 433 aa  62  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.242606  normal  0.972653 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1713  alpha amylase catalytic region  33.83 
 
 		 426 aa  61.6  0.00000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0746329  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4392  alpha amylase, catalytic region  28.26 
 
 		 493 aa  61.6  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.47907 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1431  alpha amylase catalytic region  27.6 
 
 		 663 aa  61.2  0.00000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.246388  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1944  alpha amylase catalytic region  22.16 
 
 		 486 aa  60.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1458  alpha amylase, catalytic region  27.27 
 
 		 644 aa  59.3  0.0000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.628846  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1210  alpha amylase, catalytic region  48.39 
 
 		 460 aa  59.3  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0833  alpha-glucosidase  25.25 
 
 		 544 aa  58.9  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3059  alpha amylase, catalytic region  27.53 
 
 		 434 aa  58.9  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50616 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  22.42 
 
 		 1855 aa  58.5  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0695  alpha amylase catalytic region  25.26 
 
 		 533 aa  58.2  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.497083 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4031  alpha amylase catalytic region  27.52 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2541  alpha amylase catalytic region  23.72 
 
 		 467 aa  57.8  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0134925 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3146  alpha amylase catalytic region  26.55 
 
 		 622 aa  57.8  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.476414 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05105  alpha-amylase, putative  29.01 
 
 		 478 aa  57.8  0.0000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.289074  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5491  alpha amylase catalytic region  30.53 
 
 		 1131 aa  57.4  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105634 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  28.08 
 
 		 532 aa  56.6  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1604  Alpha amylase, catalytic region  29.31 
 
 		 688 aa  56.6  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1856  Alpha amylase, catalytic region  27.43 
 
 		 586 aa  57.4  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0568  alpha amylase catalytic region  21.82 
 
 		 441 aa  57  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.489897  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0159  hypothetical protein  23.76 
 
 		 637 aa  56.6  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00185609  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2425  alpha amylase catalytic region  21.62 
 
 		 509 aa  57  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21691  glycoside hydrolase family protein  46 
 
 		 483 aa  57  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0470032 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0161  alpha amylase, catalytic region  23.76 
 
 		 637 aa  56.6  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00960046  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3302  alpha amylase catalytic region  30 
 
 		 566 aa  56.6  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.15105  normal  0.0149256 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09700  alpha amylase  35.11 
 
 		 426 aa  56.6  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1330  alpha amylase, catalytic region  29.71 
 
 		 1130 aa  56.2  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.460745  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0869  alpha amylase catalytic region  29.19 
 
 		 459 aa  55.8  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0554  alpha amylase, catalytic region  22.27 
 
 		 441 aa  56.2  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0002426  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1727  alpha amylase catalytic region  24.26 
 
 		 493 aa  55.8  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0789  cymH protein  27.03 
 
 		 610 aa  55.8  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6499  alpha amylase, catalytic region  28.36 
 
 		 1130 aa  55.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.145776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6088  alpha amylase catalytic region  28.36 
 
 		 1130 aa  55.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984614  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28010  family 13 glycosyl hydrolase  30.63 
 
 		 667 aa  55.5  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0775  alpha amylase, catalytic region  25.71 
 
 		 534 aa  55.1  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3342  conserved hypothetical protein; K01187 alpha- glucosidase  26.49 
 
 		 538 aa  54.7  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.292623  normal  0.0532512 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1599  alpha amylase catalytic region  30.77 
 
 		 1126 aa  55.1  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863275  hitchhiker  0.00182412 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  24.18 
 
 		 1942 aa  55.1  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2295  alpha amylase, catalytic region  29.73 
 
 		 660 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0369553  hitchhiker  0.000002386 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0802  glycosy hydrolase family protein  26.49 
 
 		 610 aa  54.7  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.124248  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0540  alpha amylase catalytic region  30.36 
 
 		 1037 aa  54.3  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0480393 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2712  alpha amylase catalytic region  29.67 
 
 		 1124 aa  53.9  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576573  normal  0.0633095 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1738  alpha amylase domain-containing protein  28.04 
 
 		 1148 aa  53.9  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257385  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8729  alpha amylase catalytic region  25.73 
 
 		 441 aa  53.9  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.150253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1341  alpha amylase family protein  28.04 
 
 		 1136 aa  53.9  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0533  alpha amylase family protein  28.04 
 
 		 1115 aa  53.9  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1545  alpha amylase family protein  28.04 
 
 		 1115 aa  53.9  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0622  alpha amylase family protein  28.04 
 
 		 1115 aa  53.9  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1971  alpha amylase catalytic region  25 
 
 		 486 aa  53.9  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0248141  normal  0.0160527 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2760  alpha-amylase family protein  29.73 
 
 		 672 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302132  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0421  pullulanase, type I  28.57 
 
 		 601 aa  53.9  0.00001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2017  Alpha amylase, catalytic region  25.64 
 
 		 488 aa  53.5  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00107336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7034  Alpha amylase like protein  29.47 
 
 		 1130 aa  53.9  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.673665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1834  alpha amylase domain-containing protein  29.03 
 
 		 480 aa  53.5  0.00001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.108338  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3365  pullulanase, type I  36.97 
 
 		 712 aa  53.5  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0143  alpha amylase catalytic sub domain protein  24.11 
 
 		 692 aa  53.5  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0052779  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1323  alpha-amylase  29.55 
 
 		 604 aa  53.9  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4625  alpha amylase catalytic region  25.68 
 
 		 481 aa  53.5  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2939  alpha amylase catalytic region  28.16 
 
 		 1124 aa  53.9  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000998182 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1568  glycosy hydrolase family protein  28.04 
 
 		 1115 aa  53.9  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5097  alpha amylase catalytic region  28.18 
 
 		 1074 aa  53.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.511822  normal  0.0191149 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3180  alpha amylase catalytic region  26.84 
 
 		 635 aa  53.1  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000161809  normal  0.231974 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0867  alpha amylase catalytic region  25.9 
 
 		 558 aa  53.1  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6320  alpha amylase catalytic region  28.42 
 
 		 1133 aa  52.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330794  normal  0.20234 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4343  alpha amylase catalytic region  25.87 
 
 		 481 aa  53.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5590  alpha amylase, catalytic region  28.42 
 
 		 1136 aa  52.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4814  putative pullulanase  35.09 
 
 		 713 aa  53.1  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1109  alpha amylase, catalytic region  28.04 
 
 		 715 aa  52.8  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573693  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>