More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0556 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2156  alpha amylase family protein  57.92 
 
 		 673 aa  739    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2035  alpha amylase catalytic region  57.18 
 
 		 736 aa  758    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2082  alpha amylase catalytic region  57.4 
 
 		 766 aa  751    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.241843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2303  alpha amylase catalytic region  57.99 
 
 		 761 aa  746    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.283065  normal  0.0722079 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0556  alpha amylase domain-containing protein  100 
 
 		 624 aa  1303    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.120773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2032  alpha amylase, catalytic region  58.28 
 
 		 653 aa  721    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.324011  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2206  alpha amylase catalytic region  60.13 
 
 		 668 aa  736    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.370981  hitchhiker  0.00000519248 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1900  alpha amylase catalytic region  57.22 
 
 		 581 aa  681    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0705121  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2340  alpha amylase, catalytic region  58.74 
 
 		 650 aa  754    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2136  alpha amylase, catalytic region  55.78 
 
 		 704 aa  744    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2212  alpha amylase, catalytic region  58.06 
 
 		 709 aa  748    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.636451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1784  alpha amylase, catalytic region  58.15 
 
 		 676 aa  756    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519611  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2314  alpha amylase, catalytic region  58.17 
 
 		 709 aa  750    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.169067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2290  alpha amylase catalytic region  56.48 
 
 		 715 aa  758    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01887  putative glycosidase  58.56 
 
 		 630 aa  739    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1886  alpha amylase, catalytic region  62.84 
 
 		 667 aa  775    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2593  alpha amylase, catalytic region  57.93 
 
 		 610 aa  759    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.143238  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1659  glycosidase  49.73 
 
 		 626 aa  533  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.763441 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2758  alpha amylase catalytic region  47.82 
 
 		 579 aa  491  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.435679  normal  0.479819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2884  alpha amylase catalytic region  44.02 
 
 		 565 aa  461  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0897  alpha-amylase family protein  39.64 
 
 		 534 aa  381  1e-104  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1637  alpha amylase catalytic region  30.36 
 
 		 574 aa  239  1e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4079  alpha amylase  23.1 
 
 		 513 aa  87.4  8e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.348017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  23.01 
 
 		 459 aa  77  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2152  alpha amylase catalytic region  22.56 
 
 		 493 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.866439 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2108  alpha amylase catalytic region  22.56 
 
 		 493 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23200  alpha amylase  23.22 
 
 		 654 aa  74.3  0.000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000149088  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0256  alpha amylase, catalytic region  25.35 
 
 		 1005 aa  74.3  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4090  alpha amylase catalytic region  22.77 
 
 		 614 aa  71.2  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.904888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4336  alpha amylase catalytic region  21.75 
 
 		 914 aa  68.2  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1675  alpha amylase catalytic region  25.35 
 
 		 499 aa  68.6  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0523  trehalose-6-phosphate hydrolase  23.88 
 
 		 560 aa  66.6  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2916  Alpha-amylase  24.56 
 
 		 472 aa  66.6  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3300  alpha amylase catalytic region  25.57 
 
 		 560 aa  65.9  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.522775  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0869  alpha amylase catalytic region  27.49 
 
 		 459 aa  64.3  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2521  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  23.78 
 
 		 1975 aa  64.3  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1944  alpha amylase catalytic region  19.83 
 
 		 486 aa  63.9  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4343  alpha amylase catalytic region  20.82 
 
 		 481 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  21.75 
 
 		 545 aa  62.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0534  alpha amylase catalytic region  22.53 
 
 		 487 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.595542  normal  0.941542 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0695  alpha amylase catalytic region  24.57 
 
 		 533 aa  62.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.497083 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2593  alpha amylase catalytic region  24.47 
 
 		 258 aa  63.2  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000191559  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  22.79 
 
 		 1891 aa  62.4  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  22.65 
 
 		 525 aa  62  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0833  alpha-glucosidase  24.31 
 
 		 544 aa  61.6  0.00000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12496  alpha-glucosidase aglA (maltase)  23.7 
 
 		 546 aa  61.6  0.00000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.447411  normal  0.123805 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  22.89 
 
 		 1942 aa  61.2  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1504  alpha amylase catalytic region  26.47 
 
 		 728 aa  61.2  0.00000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.496352 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5859  alpha amylase catalytic region  25.86 
 
 		 558 aa  61.2  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.63248 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1890  alpha amylase, catalytic region  23.17 
 
 		 609 aa  60.8  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7356  conserved hypothetical protein; K01187 alpha- glucosidase  24.04 
 
 		 511 aa  60.8  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0407  alpha amylase, catalytic region  24.41 
 
 		 492 aa  60.5  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  22.65 
 
 		 2068 aa  60.1  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3659  alpha amylase catalytic region  33.33 
 
 		 672 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0914458  hitchhiker  0.00000417514 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2435  alpha amylase catalytic region  28.93 
 
 		 451 aa  59.7  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0480  alpha amylase catalytic region  24.68 
 
 		 1017 aa  59.7  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21691  glycoside hydrolase family protein  26.7 
 
 		 483 aa  59.3  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0470032 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1738  alpha amylase domain-containing protein  29.01 
 
 		 1148 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257385  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3603  alpha amylase catalytic region  24.75 
 
 		 572 aa  58.9  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1458  alpha amylase, catalytic region  27.98 
 
 		 644 aa  58.9  0.0000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.628846  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1341  alpha amylase family protein  29.01 
 
 		 1136 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0533  alpha amylase family protein  29.01 
 
 		 1115 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1545  alpha amylase family protein  29.01 
 
 		 1115 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1568  glycosy hydrolase family protein  29.01 
 
 		 1115 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0622  alpha amylase family protein  29.01 
 
 		 1115 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5491  alpha amylase catalytic region  29.01 
 
 		 1131 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2445  putative Alpha amylase  32.69 
 
 		 734 aa  58.2  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  20.79 
 
 		 547 aa  58.2  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1109  alpha amylase, catalytic region  32.69 
 
 		 715 aa  58.2  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0801  alpha amylase, catalytic region  23.51 
 
 		 543 aa  58.5  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.235668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0433  trehalose-6-phosphate hydrolase  22.57 
 
 		 562 aa  58.2  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000180763  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1849  alpha-amylase  22.83 
 
 		 524 aa  57.4  0.0000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8467  alpha amylase catalytic region  25.52 
 
 		 544 aa  57.4  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0947398 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0018  alpha amylase catalytic region  22.41 
 
 		 485 aa  57.4  0.0000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01206  hypothetical protein  22.15 
 
 		 561 aa  57  0.0000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  21.96 
 
 		 538 aa  57.4  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2158  alpha amylase catalytic region  25 
 
 		 542 aa  57  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0622  alpha amylase catalytic region  22.51 
 
 		 609 aa  56.6  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.653551 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5382  alpha amylase catalytic region  30.34 
 
 		 1075 aa  56.6  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5097  alpha amylase catalytic region  30.34 
 
 		 1074 aa  57  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.511822  normal  0.0191149 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51470  Alpha-glucosidase  22.53 
 
 		 565 aa  56.2  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24550  glycosidase  28.66 
 
 		 464 aa  56.2  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.665242 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01125  alpha-amylase, putative  32.58 
 
 		 434 aa  55.8  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6821  alpha amylase catalytic region  26.9 
 
 		 1151 aa  55.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.137668  normal  0.518409 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13840  glycosidase  23.26 
 
 		 605 aa  55.5  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6320  alpha amylase catalytic region  30.43 
 
 		 1133 aa  55.5  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330794  normal  0.20234 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2534  Alpha amylase, catalytic region  31.48 
 
 		 664 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2652  alpha amylase catalytic region  25.2 
 
 		 682 aa  55.8  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004234  trehalose-6-phosphate hydrolase  22.15 
 
 		 561 aa  55.8  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0161937  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2176  alpha amylase catalytic region  24.83 
 
 		 567 aa  55.5  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.374326  normal  0.160369 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1330  alpha amylase, catalytic region  28.97 
 
 		 1130 aa  55.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.460745  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5590  alpha amylase, catalytic region  30.43 
 
 		 1136 aa  55.5  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0412  alpha amylase, catalytic region  22.3 
 
 		 640 aa  55.5  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3038  alpha amylase, catalytic region  24.16 
 
 		 568 aa  55.5  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6499  alpha amylase, catalytic region  30.43 
 
 		 1130 aa  55.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.145776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11590  glycosidase  23 
 
 		 522 aa  55.5  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6088  alpha amylase catalytic region  30.43 
 
 		 1130 aa  55.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984614  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05182  putative alpha-amylase-related protein  25.81 
 
 		 1201 aa  55.1  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00237217  normal  0.176867 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002001  periplasmic alpha-amylase  19.46 
 
 		 694 aa  54.7  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1727  alpha amylase catalytic region  22.95 
 
 		 493 aa  55.1  0.000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>