More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0347 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0347  cytochrome c assembly protein  100 
 
 
663 aa  1332    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0481  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.31 
 
 
656 aa  635    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0488  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.67 
 
 
679 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.03 
 
 
658 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4003  cytochrome c nitrate reductase biogenesis protein NrfE  51.82 
 
 
691 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.1 
 
 
660 aa  597  1e-169  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0487  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.66 
 
 
679 aa  586  1e-166  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.15 
 
 
685 aa  579  1e-164  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3543  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.37 
 
 
679 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3878  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.44 
 
 
688 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3365  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.2 
 
 
709 aa  558  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.34 
 
 
659 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.19 
 
 
659 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.19 
 
 
659 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.19 
 
 
659 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.14 
 
 
658 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.78 
 
 
660 aa  505  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.99 
 
 
658 aa  502  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.94 
 
 
659 aa  499  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.24 
 
 
656 aa  500  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.42 
 
 
659 aa  502  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.84 
 
 
659 aa  498  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.92 
 
 
659 aa  496  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.79 
 
 
659 aa  496  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.94 
 
 
659 aa  498  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.53 
 
 
659 aa  495  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.94 
 
 
659 aa  491  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.47 
 
 
679 aa  460  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.92 
 
 
639 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.52 
 
 
649 aa  439  9.999999999999999e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.66 
 
 
679 aa  438  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.59 
 
 
639 aa  434  1e-120  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.49 
 
 
677 aa  434  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  40.55 
 
 
647 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  40.55 
 
 
647 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.55 
 
 
647 aa  429  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.46 
 
 
647 aa  429  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.46 
 
 
657 aa  430  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.55 
 
 
647 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.55 
 
 
647 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  40.48 
 
 
685 aa  432  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.58 
 
 
653 aa  432  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.94 
 
 
657 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.55 
 
 
647 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.24 
 
 
657 aa  426  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.73 
 
 
647 aa  428  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.31 
 
 
647 aa  426  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.39 
 
 
681 aa  423  1e-117  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  39.14 
 
 
649 aa  424  1e-117  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.9 
 
 
666 aa  422  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.14 
 
 
651 aa  425  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.11 
 
 
663 aa  419  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.35 
 
 
657 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.44 
 
 
656 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.08 
 
 
657 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.44 
 
 
656 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.15 
 
 
662 aa  421  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.56 
 
 
643 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2475  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.56 
 
 
643 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0902035  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  38.39 
 
 
650 aa  417  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  38.54 
 
 
650 aa  418  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4042  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.01 
 
 
643 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.5 
 
 
661 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2384  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.01 
 
 
643 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.44 
 
 
656 aa  419  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4204  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.17 
 
 
643 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.97 
 
 
658 aa  417  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2592  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.17 
 
 
643 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.233075 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.11 
 
 
663 aa  418  9.999999999999999e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.11 
 
 
694 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  38.38 
 
 
658 aa  415  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4146  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.01 
 
 
643 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2489  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.01 
 
 
643 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0165836 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.17 
 
 
682 aa  413  1e-114  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.17 
 
 
643 aa  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.680457 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4097  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.17 
 
 
643 aa  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.35631  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.68 
 
 
673 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  39.02 
 
 
660 aa  410  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.73 
 
 
652 aa  412  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.95 
 
 
663 aa  410  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.88 
 
 
645 aa  410  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41 
 
 
656 aa  411  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1561  cytochrome c-type biogenesis protein  37.76 
 
 
681 aa  408  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.77201  normal  0.310028 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.48 
 
 
665 aa  409  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.63 
 
 
651 aa  405  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.63 
 
 
651 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.56 
 
 
664 aa  402  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.36 
 
 
657 aa  403  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.23 
 
 
657 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.96 
 
 
662 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1364  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.51 
 
 
667 aa  401  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.220377  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1871  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  37.79 
 
 
675 aa  401  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0677969  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2001  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  35.64 
 
 
628 aa  402  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.44 
 
 
653 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  39.49 
 
 
664 aa  399  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.38 
 
 
692 aa  396  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.01 
 
 
662 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4322  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.26 
 
 
662 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563124  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1545  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.68 
 
 
662 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.864924  normal  0.731275 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.59 
 
 
660 aa  395  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>