More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3257 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_3257  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 531 aa  1083    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.78 
 
 		 960 aa  117  6.9999999999999995e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.43 
 
 		 736 aa  114  5e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1528  diguanylate cyclase  27.01 
 
 		 321 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1080  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.89 
 
 		 1128 aa  109  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2594  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 		 1359 aa  109  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2049  histidine kinase  26.51 
 
 		 494 aa  106  9e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3188  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 810 aa  106  1e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2071  hypothetical protein  31.67 
 
 		 208 aa  105  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.81 
 
 		 772 aa  99.4  1e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 626 aa  97.8  4e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2076  hypothetical protein  29 
 
 		 219 aa  95.9  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000127154  hitchhiker  0.000119468 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1083  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 		 973 aa  95.1  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 432 aa  94.4  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  28.78 
 
 		 355 aa  92.8  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.91 
 
 		 610 aa  92  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4828  hypothetical protein  32.24 
 
 		 205 aa  90.9  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.758784 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  30.61 
 
 		 340 aa  90.5  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  33.14 
 
 		 413 aa  89.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.11 
 
 		 901 aa  88.6  3e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3888  hypothetical protein  25.14 
 
 		 212 aa  88.2  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4824  hypothetical protein  30.17 
 
 		 205 aa  88.6  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 432 aa  87.8  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 492 aa  87  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 343 aa  84  0.000000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.9 
 
 		 1073 aa  82.8  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 378 aa  82.4  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  30.86 
 
 		 477 aa  81.3  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  26.12 
 
 		 555 aa  81.3  0.00000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.64 
 
 		 505 aa  80.5  0.00000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0842  hypothetical protein  24.02 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 317 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.47 
 
 		 769 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 317 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 718 aa  79  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 322 aa  79.3  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  27.18 
 
 		 227 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  29.65 
 
 		 629 aa  77.8  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 583 aa  77.8  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  26.95 
 
 		 659 aa  77  0.0000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 362 aa  77  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 492 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 446 aa  76.3  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  27.08 
 
 		 497 aa  75.5  0.000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  29.82 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 312 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  30.3 
 
 		 609 aa  74.7  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.81 
 
 		 1078 aa  74.3  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1203  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 373 aa  73.9  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.83 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  26.44 
 
 		 487 aa  73.9  0.000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 717 aa  73.6  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 237 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.75 
 
 		 669 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  25.3 
 
 		 1248 aa  73.2  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 325 aa  73.2  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 301 aa  72.8  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.76 
 
 		 578 aa  73.2  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  30.64 
 
 		 316 aa  72.4  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  29.73 
 
 		 1004 aa  72.4  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 506 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  23.66 
 
 		 459 aa  72.4  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0911  sensory box histidine kinase  28.25 
 
 		 581 aa  72.4  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 611 aa  72.4  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.27 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.27 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1003  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.38 
 
 		 538 aa  71.6  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  33.68 
 
 		 457 aa  72  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  30 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 516 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 369 aa  71.2  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  30.57 
 
 		 418 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 559 aa  71.2  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  25.82 
 
 		 714 aa  71.6  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  29.17 
 
 		 712 aa  71.2  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  25.25 
 
 		 411 aa  71.2  0.00000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 309 aa  70.9  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 476 aa  71.2  0.00000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3822  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.13 
 
 		 419 aa  70.5  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 444 aa  70.5  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  28.34 
 
 		 361 aa  70.5  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  27.5 
 
 		 768 aa  70.5  0.00000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 548 aa  70.1  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 637 aa  70.1  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 517 aa  69.3  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 237 aa  69.7  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1118  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 614 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  29.88 
 
 		 420 aa  69.7  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  23.35 
 
 		 620 aa  69.3  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.81 
 
 		 307 aa  69.7  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.74 
 
 		 757 aa  69.7  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  29.65 
 
 		 334 aa  68.6  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 538 aa  69.3  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  27.45 
 
 		 559 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 553 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.09 
 
 		 353 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1860  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 312 aa  68.9  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>