141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2273 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2273  hypothetical protein  100 
 
 		 378 aa  782    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.875367  normal  0.763952 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4427  translocation protein TolB  22.4 
 
 		 441 aa  67.4  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.500534 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  25.88 
 
 		 1028 aa  65.5  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1611  hypothetical protein  30 
 
 		 656 aa  62.8  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  22.34 
 
 		 457 aa  62.4  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1385  hypothetical protein  29.17 
 
 		 656 aa  62  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  22.69 
 
 		 451 aa  57.4  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  25.1 
 
 		 1042 aa  56.6  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  24.18 
 
 		 1042 aa  57  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  24.18 
 
 		 1040 aa  57  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0750  WD40 domain protein beta Propeller  23.83 
 
 		 441 aa  55.8  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257042  normal  0.0548288 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  20.88 
 
 		 444 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  21.89 
 
 		 441 aa  55.1  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  24.19 
 
 		 1005 aa  55.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  22.14 
 
 		 436 aa  54.7  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  21.07 
 
 		 434 aa  54.3  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1438  hypothetical protein  27.52 
 
 		 698 aa  53.9  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.466949  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  26.81 
 
 		 444 aa  53.9  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000750977  decreased coverage  0.0000915698 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  24.55 
 
 		 437 aa  53.1  0.000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2717  translocation protein TolB  20.88 
 
 		 450 aa  52.8  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.599754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  18.92 
 
 		 428 aa  52.8  0.000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  23.48 
 
 		 450 aa  52.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  23.88 
 
 		 443 aa  52.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0614  TolB protein, putative  24.46 
 
 		 449 aa  52.4  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00377452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  22.27 
 
 		 430 aa  52.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0926  peptidase S41  25 
 
 		 1075 aa  52.4  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3056  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  20.43 
 
 		 450 aa  52.4  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557578  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  23.7 
 
 		 572 aa  52.4  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  20.4 
 
 		 446 aa  52.4  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4531  serine/threonine protein kinase  20.85 
 
 		 646 aa  52.4  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.114343  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  22.27 
 
 		 430 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1812  translocation protein TolB  20.88 
 
 		 449 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431319  normal  0.360787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4147  translocation protein TolB  20.88 
 
 		 449 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3512  translocation protein TolB  20.08 
 
 		 450 aa  51.6  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3171  translocation protein TolB  23.24 
 
 		 439 aa  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0216692  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  18.8 
 
 		 436 aa  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  22.22 
 
 		 440 aa  51.6  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  22.22 
 
 		 437 aa  51.6  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  23.49 
 
 		 430 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  20.48 
 
 		 450 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1730  WD40 domain protein beta Propeller  22.01 
 
 		 982 aa  51.2  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.16258  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6881  translocation protein TolB  19.76 
 
 		 462 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464057 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  21.05 
 
 		 435 aa  51.2  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1156  translocation protein TolB  21.43 
 
 		 428 aa  50.8  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0948  serine/threonine protein kinase  24.64 
 
 		 734 aa  50.8  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.21638 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  24.16 
 
 		 1059 aa  50.8  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  31.25 
 
 		 615 aa  50.4  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  23.48 
 
 		 446 aa  50.4  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  21.84 
 
 		 446 aa  50.4  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  21.84 
 
 		 446 aa  50.4  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  25.44 
 
 		 419 aa  50.1  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  25 
 
 		 449 aa  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1098  amidohydrolase  23.58 
 
 		 1078 aa  50.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  27.06 
 
 		 717 aa  49.7  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  20.33 
 
 		 445 aa  49.3  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5049  amidohydrolase  24.14 
 
 		 1031 aa  49.3  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.424824  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2750  peptidase S41  28.48 
 
 		 1076 aa  48.9  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.956539  normal  0.394913 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  19.55 
 
 		 432 aa  49.3  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  25.95 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  23.22 
 
 		 432 aa  48.5  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5716  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  28.29 
 
 		 642 aa  48.9  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  21.34 
 
 		 298 aa  48.5  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4118  serine/threonine protein kinase  23.49 
 
 		 888 aa  48.1  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.116559  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2902  translocation protein TolB  20.92 
 
 		 428 aa  48.5  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000513444  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0875  translocation protein TolB  21.43 
 
 		 431 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0139765  normal  0.325318 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0907  translocation protein TolB  21.43 
 
 		 431 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.077859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0811  translocation protein TolB  21.43 
 
 		 431 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188067  normal  0.784941 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0844  translocation protein TolB  21.43 
 
 		 431 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0211285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0744  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  21.25 
 
 		 445 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0784  translocation protein TolB  21.43 
 
 		 431 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000303788  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  25.68 
 
 		 442 aa  48.5  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  21.46 
 
 		 446 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  25 
 
 		 445 aa  48.5  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.88 
 
 		 430 aa  48.5  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  22.39 
 
 		 440 aa  47.8  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  20.68 
 
 		 430 aa  47.8  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000335238  decreased coverage  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  21.65 
 
 		 432 aa  47.8  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1249  translocation protein TolB  21.43 
 
 		 430 aa  47.4  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000163249  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  25 
 
 		 427 aa  47.8  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2952  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  21.66 
 
 		 695 aa  47.4  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.232589 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  23.81 
 
 		 567 aa  47.4  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  19.92 
 
 		 421 aa  47.4  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2013  serine/threonine protein kinase  23.26 
 
 		 676 aa  47  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00454469  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  18.78 
 
 		 428 aa  47  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3621  translocation protein TolB  23.02 
 
 		 435 aa  47  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  23.56 
 
 		 403 aa  47  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0724  prolyl oligopeptidase family protein  23.5 
 
 		 648 aa  46.6  0.0007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.866947 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3087  translocation protein TolB  21.43 
 
 		 430 aa  46.6  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000560471  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  20.62 
 
 		 590 aa  46.6  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  19.11 
 
 		 446 aa  46.6  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0490  peptidase S9, prolyl oligopeptidase  26.29 
 
 		 729 aa  46.2  0.0009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  21.05 
 
 		 444 aa  46.2  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  20.33 
 
 		 451 aa  46.2  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  22.01 
 
 		 442 aa  45.4  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  21.05 
 
 		 444 aa  46.2  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  21.05 
 
 		 444 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  22.56 
 
 		 442 aa  46.2  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0038  translocation protein TolB  28.26 
 
 		 420 aa  45.1  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0823662  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  21.03 
 
 		 443 aa  45.4  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03155  Acylaminoacyl-peptidase  24.81 
 
 		 685 aa  45.1  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>