176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0686 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0686  ROK family protein  100 
 
 		 262 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2889  ROK family protein  63.6 
 
 		 263 aa  360  1e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2806  ROK family protein  63.22 
 
 		 263 aa  360  2e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.963011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2985  ROK family protein  63.71 
 
 		 263 aa  360  2e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.947193  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1389  ROK family protein  63.71 
 
 		 264 aa  359  3e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3237  ROK family protein  63.22 
 
 		 261 aa  358  5e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3084  ROK family protein  63.22 
 
 		 261 aa  357  8e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00178322  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1283  ROK family protein  63.22 
 
 		 261 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.876816  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3094  ROK family protein  63.22 
 
 		 261 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.210153  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1199  ROK family protein  62.16 
 
 		 261 aa  347  2e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1098  ROK family protein  58.59 
 
 		 259 aa  333  1e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0070439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1026  ROK family protein  56.81 
 
 		 259 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.410563  normal  0.0366064 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0954  ROK family protein  52.53 
 
 		 259 aa  295  4e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.198272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 405 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  30.04 
 
 		 405 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  29.6 
 
 		 434 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2948  ROK family protein  26.36 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.319818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1433  ROK family protein  25.97 
 
 		 280 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  29.14 
 
 		 404 aa  65.1  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1406  ROK family protein  24.82 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  25.98 
 
 		 414 aa  62  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  34.53 
 
 		 407 aa  61.2  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1397  ROK family protein  25.58 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.969879  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  25.59 
 
 		 408 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  27.82 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  25.59 
 
 		 408 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  25.59 
 
 		 408 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1326  ROK family protein  27.64 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0533007  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2781  ROK family protein  29.63 
 
 		 391 aa  60.1  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000764975  hitchhiker  0.000282521 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1112  ROK family protein  29.59 
 
 		 407 aa  59.7  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  34.13 
 
 		 398 aa  58.9  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1225  ROK family protein  27.85 
 
 		 406 aa  58.9  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.619428  normal  0.0842391 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  31.55 
 
 		 406 aa  58.2  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3539  transcriptional repressor of the xylose operon  32.46 
 
 		 395 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  29.95 
 
 		 406 aa  57.8  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  29.69 
 
 		 404 aa  57.4  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3041  ROK family protein  32.61 
 
 		 410 aa  57.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0418823 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  28.36 
 
 		 416 aa  57  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2957  ROK family protein  28.9 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  33.57 
 
 		 410 aa  55.8  0.0000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  30.91 
 
 		 406 aa  55.8  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  30.91 
 
 		 406 aa  55.8  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  30.91 
 
 		 406 aa  55.8  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  30.91 
 
 		 406 aa  55.8  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  30.91 
 
 		 406 aa  55.8  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  29.69 
 
 		 390 aa  55.8  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  29.06 
 
 		 387 aa  55.5  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  30.72 
 
 		 406 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  30.72 
 
 		 406 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0289  ROK family protein  27.16 
 
 		 404 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  25.17 
 
 		 408 aa  54.7  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  30.72 
 
 		 406 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  30.72 
 
 		 406 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  30.72 
 
 		 406 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  30.72 
 
 		 406 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  30.72 
 
 		 406 aa  55.5  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  26.64 
 
 		 404 aa  54.7  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  30.72 
 
 		 406 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  30.72 
 
 		 406 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  28.77 
 
 		 396 aa  54.3  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3045  ROK family protein  25.19 
 
 		 298 aa  54.3  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2550  ROK family protein  31.4 
 
 		 297 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5335  ROK family protein  27.07 
 
 		 401 aa  53.9  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123634  normal  0.740513 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  28.42 
 
 		 396 aa  53.5  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  27.81 
 
 		 417 aa  53.1  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2111  xylose repressor  34.68 
 
 		 302 aa  53.5  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.044241  normal  0.767119 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  27.16 
 
 		 435 aa  53.5  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  32.54 
 
 		 390 aa  53.1  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  27.56 
 
 		 402 aa  53.1  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3130  ROK family protein  31.85 
 
 		 407 aa  52.8  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1350  ROK family protein  30.06 
 
 		 403 aa  52.8  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.763813 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4206  ROK family protein  28.97 
 
 		 395 aa  52.8  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  33.61 
 
 		 397 aa  52.4  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1201  ROK family protein  31.16 
 
 		 407 aa  52.4  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0872056  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1389  ROK family protein  28.31 
 
 		 325 aa  52  0.000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.167589  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0260  ROK family protein  29.44 
 
 		 404 aa  52  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2995  ROK family protein  25.93 
 
 		 408 aa  52  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  31.21 
 
 		 404 aa  52  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5352  ROK family protein  31.4 
 
 		 298 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1690  ROK family protein  28.12 
 
 		 332 aa  50.8  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2994  ROK family protein  30.53 
 
 		 405 aa  51.2  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.496258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0509  ROK family protein  26.49 
 
 		 363 aa  51.2  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0922541  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1044  ROK family protein  33.56 
 
 		 383 aa  50.8  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.339449  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  27.78 
 
 		 404 aa  50.4  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2765  ROK family protein  29.5 
 
 		 410 aa  50.1  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0825037  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2075  ROK family protein  25.47 
 
 		 328 aa  50.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214155  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  25.93 
 
 		 391 aa  49.7  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2265  ROK  31.4 
 
 		 311 aa  49.7  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  33.94 
 
 		 389 aa  49.7  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  25.85 
 
 		 417 aa  49.3  0.00006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22700  transcriptional regulator/sugar kinase  30.32 
 
 		 413 aa  49.3  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  23.91 
 
 		 428 aa  49.3  0.00006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  26.6 
 
 		 425 aa  49.3  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1108  ROK family protein  32.26 
 
 		 382 aa  49.3  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.231439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  26.54 
 
 		 408 aa  48.9  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  26.06 
 
 		 425 aa  48.9  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0242  ROK domain-containing protein  29.61 
 
 		 320 aa  48.9  0.00009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.981562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2875  ROK domain-containing protein  29.8 
 
 		 303 aa  48.5  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0985025 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  26.06 
 
 		 425 aa  48.9  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  25.71 
 
 		 402 aa  48.9  0.00009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>