204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1098 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1098  ROK family protein  100 
 
 		 259 aa  536  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0070439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1026  ROK family protein  75.88 
 
 		 259 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.410563  normal  0.0366064 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1389  ROK family protein  68.75 
 
 		 264 aa  376  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2806  ROK family protein  67.97 
 
 		 263 aa  374  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.963011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2889  ROK family protein  67.97 
 
 		 263 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2985  ROK family protein  67.58 
 
 		 263 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.947193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3094  ROK family protein  66.41 
 
 		 261 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.210153  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1283  ROK family protein  66.02 
 
 		 261 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.876816  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3084  ROK family protein  66.02 
 
 		 261 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00178322  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1199  ROK family protein  66.41 
 
 		 261 aa  369  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3237  ROK family protein  65.62 
 
 		 261 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0954  ROK family protein  61.81 
 
 		 259 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.198272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0686  ROK family protein  58.59 
 
 		 262 aa  333  1e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1326  ROK family protein  28.81 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0533007  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0426  ROK family protein  26.52 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  35.77 
 
 		 390 aa  64.3  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3045  ROK family protein  26.27 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  27.27 
 
 		 408 aa  62  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  27.27 
 
 		 408 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  27.27 
 
 		 408 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  31.58 
 
 		 385 aa  60.5  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0260  ROK family protein  32.22 
 
 		 404 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2957  ROK family protein  33.53 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0289  ROK family protein  27.43 
 
 		 404 aa  59.3  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03956  D-allose kinase  25.86 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.689878  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3907  ROK familiy protein  25.86 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03916  hypothetical protein  25.86 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  30.65 
 
 		 406 aa  57.8  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  31.21 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3942  D-allose kinase  25.86 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0069  ROK family protein  28.82 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.590227  normal  0.282068 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2075  ROK family protein  26.77 
 
 		 328 aa  56.2  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214155  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4550  D-allose kinase  31.58 
 
 		 309 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.598137  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  28.03 
 
 		 406 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  28.03 
 
 		 406 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  28.03 
 
 		 406 aa  55.1  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0489  ROK family protein  23.57 
 
 		 299 aa  55.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.111687 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  28.03 
 
 		 406 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  28.03 
 
 		 406 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  28.03 
 
 		 406 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  28.03 
 
 		 406 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  28.03 
 
 		 406 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  28.03 
 
 		 406 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0575  ROK domain-containing protein  26.64 
 
 		 270 aa  54.3  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.691285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  28.35 
 
 		 410 aa  53.9  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0509  ROK family protein  23.81 
 
 		 363 aa  54.3  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0922541  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1225  ROK family protein  26.64 
 
 		 406 aa  53.9  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.619428  normal  0.0842391 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1433  ROK family protein  25.82 
 
 		 280 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  26.89 
 
 		 405 aa  53.5  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1406  ROK family protein  25.82 
 
 		 282 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  30.56 
 
 		 414 aa  53.9  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01960  transcriptional regulator/sugar kinase  28.91 
 
 		 322 aa  53.1  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.739718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2994  ROK family protein  30.82 
 
 		 405 aa  52.8  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.496258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  26.85 
 
 		 434 aa  52.8  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  25.86 
 
 		 404 aa  52.4  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  23.91 
 
 		 404 aa  52.4  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2296  ROK family protein  23.49 
 
 		 313 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.124263  normal  0.0313966 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4485  ROK family protein  26.02 
 
 		 305 aa  52  0.000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.117613  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0913  ROK family protein  34.21 
 
 		 381 aa  52  0.000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  29.09 
 
 		 406 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  33.94 
 
 		 389 aa  51.6  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  29.09 
 
 		 406 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06730  transcriptional regulator/sugar kinase  29.03 
 
 		 341 aa  51.2  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0495278  normal  0.905814 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2944  ROK family protein  30.3 
 
 		 407 aa  52  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0669477  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0078  ROK family protein  26.58 
 
 		 317 aa  52  0.00001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.491062 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  29.09 
 
 		 406 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  29.09 
 
 		 406 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1112  ROK family protein  29.63 
 
 		 407 aa  52  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  29.09 
 
 		 406 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5352  ROK family protein  32.23 
 
 		 298 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2675  ROK family protein  23.16 
 
 		 314 aa  51.2  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.233527  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3798  ROK family protein  25.99 
 
 		 405 aa  50.8  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4335  ROK family protein  26.53 
 
 		 381 aa  50.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.306469  normal  0.0512746 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  29.2 
 
 		 404 aa  51.2  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  26.98 
 
 		 398 aa  51.2  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2826  ROK family protein  27.45 
 
 		 403 aa  50.8  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2151  ROK family protein  26.67 
 
 		 316 aa  50.8  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2600  ROK family protein  27.56 
 
 		 305 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.220312  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2995  ROK family protein  30.2 
 
 		 408 aa  50.8  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2111  xylose repressor  33.08 
 
 		 302 aa  50.4  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.044241  normal  0.767119 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 405 aa  50.4  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2948  ROK family protein  24.9 
 
 		 280 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.319818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2278  ROK family protein  24.7 
 
 		 305 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.674671 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2323  ROK family protein  27.56 
 
 		 321 aa  49.7  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.437029 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3719  D-allose kinase  23.79 
 
 		 297 aa  49.3  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0242  ROK domain-containing protein  29.41 
 
 		 320 aa  49.3  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.981562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  24.91 
 
 		 408 aa  49.3  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4206  ROK family protein  24.56 
 
 		 395 aa  49.3  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1821  ROK family protein  24.32 
 
 		 318 aa  49.3  0.00006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4777  ROK family protein  27.04 
 
 		 381 aa  49.3  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000235996 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  27.94 
 
 		 396 aa  49.3  0.00006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  27.81 
 
 		 406 aa  49.3  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0112  ROK family protein  27.86 
 
 		 313 aa  49.3  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0430819 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  29.61 
 
 		 397 aa  49.3  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  27.97 
 
 		 408 aa  48.9  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0837  ROK family protein  21.67 
 
 		 378 aa  48.9  0.00008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  24.2 
 
 		 390 aa  48.5  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1389  ROK family protein  26.83 
 
 		 325 aa  48.5  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.167589  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1350  ROK family protein  31.13 
 
 		 403 aa  48.5  0.00009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.763813 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0575  ROK family protein  26.28 
 
 		 420 aa  48.1  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.193602  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>