170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1389 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1389  ROK family protein  100 
 
 		 264 aa  546  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2889  ROK family protein  96.18 
 
 		 263 aa  524  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2806  ROK family protein  95.8 
 
 		 263 aa  522  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.963011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2985  ROK family protein  95.04 
 
 		 263 aa  519  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.947193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3237  ROK family protein  89.15 
 
 		 261 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3094  ROK family protein  89.15 
 
 		 261 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.210153  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3084  ROK family protein  88.76 
 
 		 261 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00178322  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1283  ROK family protein  88.76 
 
 		 261 aa  487  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.876816  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1199  ROK family protein  86.1 
 
 		 261 aa  474  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1098  ROK family protein  68.75 
 
 		 259 aa  376  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0070439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0686  ROK family protein  63.71 
 
 		 262 aa  359  3e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1026  ROK family protein  64.45 
 
 		 259 aa  354  7.999999999999999e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.410563  normal  0.0366064 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0954  ROK family protein  63.67 
 
 		 259 aa  349  3e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.198272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  25.64 
 
 		 414 aa  65.5  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  27 
 
 		 390 aa  62  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1326  ROK family protein  26.23 
 
 		 306 aa  60.1  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0533007  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1433  ROK family protein  22.43 
 
 		 280 aa  59.7  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3045  ROK family protein  26.22 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1406  ROK family protein  22.43 
 
 		 282 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0509  ROK family protein  28.57 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0922541  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  26.5 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2948  ROK family protein  23.4 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.319818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  25 
 
 		 408 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  25 
 
 		 408 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  26.51 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2600  ROK family protein  31.41 
 
 		 305 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.220312  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  27.22 
 
 		 389 aa  55.5  0.0000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 405 aa  55.5  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  26.05 
 
 		 407 aa  55.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  25.12 
 
 		 434 aa  55.5  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  28.73 
 
 		 397 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1397  ROK family protein  23.02 
 
 		 280 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.969879  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  30.71 
 
 		 385 aa  54.7  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2323  ROK family protein  30.77 
 
 		 321 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.437029 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0528  ROK family protein  26.29 
 
 		 266 aa  53.5  0.000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3942  D-allose kinase  25.45 
 
 		 309 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03956  D-allose kinase  25.45 
 
 		 309 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.689878  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3907  ROK familiy protein  25.45 
 
 		 309 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03916  hypothetical protein  25.45 
 
 		 309 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1112  ROK family protein  24.54 
 
 		 407 aa  52.8  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  27.06 
 
 		 406 aa  52.8  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3539  transcriptional repressor of the xylose operon  30.7 
 
 		 395 aa  53.1  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2550  ROK family protein  27.88 
 
 		 297 aa  52.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2957  ROK family protein  29.76 
 
 		 306 aa  52.8  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2781  ROK family protein  27.11 
 
 		 391 aa  52.8  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000764975  hitchhiker  0.000282521 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  30.81 
 
 		 408 aa  52.8  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4550  D-allose kinase  25.58 
 
 		 309 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.598137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5295  ROK family protein  29.05 
 
 		 404 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101654  normal  0.123744 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  22.3 
 
 		 404 aa  51.2  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4997  ROK family protein  27.27 
 
 		 315 aa  52  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.008379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1225  ROK family protein  24.63 
 
 		 406 aa  52  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.619428  normal  0.0842391 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2296  ROK family protein  25.76 
 
 		 313 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.124263  normal  0.0313966 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2278  ROK family protein  29.38 
 
 		 305 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.674671 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  27.33 
 
 		 406 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  27.33 
 
 		 406 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  27.33 
 
 		 406 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  27.33 
 
 		 406 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  27.33 
 
 		 406 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  27.33 
 
 		 406 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  27.33 
 
 		 406 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  27.33 
 
 		 406 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  26.63 
 
 		 400 aa  50.8  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  28 
 
 		 406 aa  51.2  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  27.33 
 
 		 406 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  27.33 
 
 		 406 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  27.33 
 
 		 406 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  27.33 
 
 		 406 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  27.33 
 
 		 406 aa  50.8  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  27.33 
 
 		 406 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3719  D-allose kinase  29.17 
 
 		 297 aa  50.4  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  26.77 
 
 		 404 aa  50.1  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2111  xylose repressor  30.67 
 
 		 302 aa  49.7  0.00005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.044241  normal  0.767119 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2075  ROK family protein  27.18 
 
 		 328 aa  49.7  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214155  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  28.3 
 
 		 320 aa  49.3  0.00006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  24.4 
 
 		 408 aa  49.3  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4867  ROK family protein  23.67 
 
 		 389 aa  48.9  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2121  ROK family protein  29.03 
 
 		 306 aa  48.9  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  29.32 
 
 		 404 aa  48.9  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1201  ROK family protein  27.11 
 
 		 407 aa  48.5  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0872056  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5352  ROK family protein  32.23 
 
 		 298 aa  48.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  26.81 
 
 		 396 aa  48.5  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1048  ROK family protein  21.69 
 
 		 283 aa  48.1  0.0001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0242  ROK domain-containing protein  25.82 
 
 		 320 aa  47.8  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.981562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4335  ROK family protein  26.13 
 
 		 381 aa  48.1  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.306469  normal  0.0512746 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  27.89 
 
 		 398 aa  47.8  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4777  ROK family protein  27.14 
 
 		 381 aa  48.1  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000235996 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0078  ROK family protein  27.22 
 
 		 317 aa  47.8  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.491062 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3041  ROK family protein  28.29 
 
 		 410 aa  48.1  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0418823 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34830  transcriptional regulator/sugar kinase  26.03 
 
 		 384 aa  47.8  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2826  ROK family protein  25.84 
 
 		 403 aa  47  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1690  ROK family protein  24.83 
 
 		 332 aa  47  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3130  ROK family protein  27.11 
 
 		 407 aa  47.4  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0575  ROK domain-containing protein  24.79 
 
 		 270 aa  46.6  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.691285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0426  ROK family protein  27.7 
 
 		 313 aa  46.6  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0575  ROK family protein  24.14 
 
 		 420 aa  46.2  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.193602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3275  ROK family protein  22.31 
 
 		 372 aa  46.2  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.545553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  27.61 
 
 		 399 aa  46.6  0.0005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2559  ROK family protein  23.64 
 
 		 307 aa  46.2  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0491  fructokinase  25.37 
 
 		 302 aa  46.6  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06730  transcriptional regulator/sugar kinase  28.85 
 
 		 341 aa  46.2  0.0005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0495278  normal  0.905814 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>