89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0954 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0954  ROK family protein  100 
 
 		 259 aa  528  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.198272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1026  ROK family protein  62.16 
 
 		 259 aa  353  2e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.410563  normal  0.0366064 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1389  ROK family protein  63.67 
 
 		 264 aa  349  3e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3094  ROK family protein  63.67 
 
 		 261 aa  348  4e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.210153  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1199  ROK family protein  63.28 
 
 		 261 aa  348  5e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2806  ROK family protein  63.67 
 
 		 263 aa  348  6e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.963011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3084  ROK family protein  63.28 
 
 		 261 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00178322  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2985  ROK family protein  63.67 
 
 		 263 aa  347  1e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.947193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2889  ROK family protein  63.67 
 
 		 263 aa  347  1e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1283  ROK family protein  63.28 
 
 		 261 aa  346  2e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.876816  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3237  ROK family protein  62.89 
 
 		 261 aa  345  5e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1098  ROK family protein  61.81 
 
 		 259 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0070439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0686  ROK family protein  52.53 
 
 		 262 aa  295  4e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  28.16 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  27.03 
 
 		 383 aa  55.5  0.0000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  27.53 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3045  ROK family protein  27.03 
 
 		 298 aa  53.9  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34830  transcriptional regulator/sugar kinase  26.48 
 
 		 384 aa  52.8  0.000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  28.86 
 
 		 385 aa  52.8  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  26.1 
 
 		 410 aa  52  0.000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  24.91 
 
 		 404 aa  51.6  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0528  ROK family protein  23.48 
 
 		 266 aa  52  0.00001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0509  ROK family protein  31.72 
 
 		 363 aa  51.6  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0922541  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4550  D-allose kinase  28.79 
 
 		 309 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.598137  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0465  ROK family protein  28.57 
 
 		 410 aa  50.8  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1048  ROK family protein  22.31 
 
 		 283 aa  50.4  0.00003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3942  D-allose kinase  28.79 
 
 		 309 aa  49.3  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3907  ROK familiy protein  28.79 
 
 		 309 aa  49.3  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03956  D-allose kinase  28.79 
 
 		 309 aa  49.3  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.689878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03916  hypothetical protein  28.79 
 
 		 309 aa  49.3  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  27.1 
 
 		 408 aa  48.9  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1491  ROK family protein  34.38 
 
 		 410 aa  48.9  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  27.1 
 
 		 408 aa  48.9  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  27.1 
 
 		 408 aa  48.9  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3275  ROK family protein  24.09 
 
 		 372 aa  48.5  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.545553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2826  ROK family protein  29.33 
 
 		 403 aa  48.5  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  27.73 
 
 		 398 aa  48.9  0.00009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  35.38 
 
 		 389 aa  48.1  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  25.25 
 
 		 404 aa  48.5  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2002  glucokinase, ROK family  28.15 
 
 		 314 aa  47.8  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.14733  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  26.9 
 
 		 404 aa  47.4  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1225  ROK family protein  28.43 
 
 		 406 aa  46.6  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.619428  normal  0.0842391 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3539  transcriptional repressor of the xylose operon  28.95 
 
 		 395 aa  46.6  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0174  ROK family protein  27.04 
 
 		 406 aa  46.6  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  27.31 
 
 		 397 aa  46.2  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  28.69 
 
 		 396 aa  46.2  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  23.88 
 
 		 404 aa  46.2  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2550  ROK family protein  29.74 
 
 		 297 aa  46.2  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3865  glucokinase  22.56 
 
 		 347 aa  46.2  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5295  ROK family protein  28.33 
 
 		 404 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101654  normal  0.123744 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2075  ROK family protein  29.3 
 
 		 328 aa  45.8  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214155  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3798  ROK family protein  26.09 
 
 		 405 aa  45.8  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  25.4 
 
 		 390 aa  45.8  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  24.76 
 
 		 404 aa  45.8  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1326  ROK family protein  26.42 
 
 		 306 aa  45.4  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0533007  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4056  ROK family protein  28.1 
 
 		 302 aa  44.7  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1044  ROK family protein  28.14 
 
 		 383 aa  44.7  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.339449  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1809  ROK family protein  27.09 
 
 		 396 aa  44.7  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  27.5 
 
 		 417 aa  45.4  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0233  ROK family protein  30 
 
 		 385 aa  45.4  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.207567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7038  ROK (repressor, ORF, kinase) family protein  27.16 
 
 		 315 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  29.17 
 
 		 390 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  29.32 
 
 		 396 aa  44.3  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  31.67 
 
 		 399 aa  44.7  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2948  ROK family protein  22.87 
 
 		 280 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.319818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1433  ROK family protein  23.55 
 
 		 280 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3960  ROK family protein  30.54 
 
 		 302 aa  43.9  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.884061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  26.85 
 
 		 407 aa  43.5  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  22.27 
 
 		 320 aa  43.9  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1189  ROK family protein  25.59 
 
 		 374 aa  43.5  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  29.27 
 
 		 396 aa  43.5  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5641  ROK family protein  36.72 
 
 		 315 aa  43.1  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.544428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1112  ROK family protein  26.21 
 
 		 407 aa  43.1  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  28.29 
 
 		 435 aa  43.5  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0837  ROK family protein  23.91 
 
 		 378 aa  43.1  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  26.32 
 
 		 391 aa  43.1  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0814  ROK family protein  23.91 
 
 		 379 aa  42.7  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162994  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2121  ROK family protein  33.04 
 
 		 306 aa  43.1  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3703  ROK family protein  28.28 
 
 		 297 aa  42.7  0.006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.428812  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  27.59 
 
 		 408 aa  42.7  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2994  ROK family protein  28.77 
 
 		 405 aa  42.7  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.496258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2600  ROK family protein  29.49 
 
 		 305 aa  42.7  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.220312  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3649  ROK family protein  28.28 
 
 		 297 aa  42.7  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1406  ROK family protein  23.55 
 
 		 282 aa  42.4  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  29.84 
 
 		 402 aa  42.4  0.008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22700  transcriptional regulator/sugar kinase  28.71 
 
 		 413 aa  42.4  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0289  ROK family protein  27.47 
 
 		 404 aa  42.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0208  NagC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 374 aa  42.4  0.008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.781184  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5352  ROK family protein  28.95 
 
 		 298 aa  42.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>