188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1026 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1026  ROK family protein  100 
 
 		 259 aa  530  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.410563  normal  0.0366064 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1098  ROK family protein  75.88 
 
 		 259 aa  412  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0070439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3084  ROK family protein  64.45 
 
 		 261 aa  354  5.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00178322  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1389  ROK family protein  64.45 
 
 		 264 aa  354  7.999999999999999e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3094  ROK family protein  64.45 
 
 		 261 aa  354  7.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.210153  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0954  ROK family protein  62.16 
 
 		 259 aa  353  2e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.198272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3237  ROK family protein  64.06 
 
 		 261 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1283  ROK family protein  64.06 
 
 		 261 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.876816  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2806  ROK family protein  64.06 
 
 		 263 aa  351  5e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.963011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1199  ROK family protein  64.06 
 
 		 261 aa  351  7e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2985  ROK family protein  63.67 
 
 		 263 aa  350  8.999999999999999e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.947193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2889  ROK family protein  64.06 
 
 		 263 aa  350  1e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0686  ROK family protein  56.81 
 
 		 262 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1326  ROK family protein  29.51 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0533007  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3045  ROK family protein  26.98 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  30.41 
 
 		 406 aa  63.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  28.27 
 
 		 414 aa  60.8  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  26.34 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2957  ROK family protein  33.33 
 
 		 306 aa  60.5  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  28.35 
 
 		 410 aa  60.1  0.00000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3719  D-allose kinase  26.79 
 
 		 297 aa  58.2  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03956  D-allose kinase  24.81 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.689878  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3907  ROK familiy protein  24.81 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03916  hypothetical protein  24.81 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  27.05 
 
 		 404 aa  57  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3942  D-allose kinase  24.81 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  23.62 
 
 		 408 aa  56.2  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  23.62 
 
 		 408 aa  56.2  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  24.69 
 
 		 406 aa  55.8  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  24.69 
 
 		 406 aa  55.8  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  24.69 
 
 		 406 aa  55.8  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  24.69 
 
 		 406 aa  55.8  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  24.69 
 
 		 406 aa  55.8  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  24.21 
 
 		 408 aa  55.5  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  30.95 
 
 		 390 aa  55.5  0.0000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1433  ROK family protein  25.29 
 
 		 280 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4550  D-allose kinase  26.44 
 
 		 309 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.598137  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  28.05 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  28.05 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  23.33 
 
 		 404 aa  54.7  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  28.05 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  28.05 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  28.05 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1225  ROK family protein  25.11 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.619428  normal  0.0842391 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  28.05 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  28.05 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  28.05 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  28.05 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3573  ROK family protein  24.8 
 
 		 299 aa  53.1  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.406671  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0575  ROK family protein  27.86 
 
 		 420 aa  52.8  0.000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.193602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  27.66 
 
 		 320 aa  52.4  0.000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1406  ROK family protein  25.1 
 
 		 282 aa  52.4  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0069  ROK family protein  26.75 
 
 		 245 aa  52.4  0.000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.590227  normal  0.282068 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0509  ROK family protein  31.86 
 
 		 363 aa  52  0.000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0922541  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2995  ROK family protein  31.76 
 
 		 408 aa  51.6  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1585  transcriptional regulator/sugar kinase  25.82 
 
 		 289 aa  51.2  0.00001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2075  ROK family protein  28.14 
 
 		 328 aa  52  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214155  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  27.4 
 
 		 396 aa  51.6  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  25.83 
 
 		 402 aa  50.8  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2994  ROK family protein  31.29 
 
 		 405 aa  50.8  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.496258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  25 
 
 		 408 aa  50.8  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2948  ROK family protein  24.21 
 
 		 280 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.319818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0528  ROK family protein  24.15 
 
 		 266 aa  50.4  0.00003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4997  ROK family protein  26.52 
 
 		 315 aa  50.4  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.008379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0078  ROK family protein  27.88 
 
 		 317 aa  50.4  0.00003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.491062 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2675  ROK family protein  28.16 
 
 		 314 aa  50.1  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.233527  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3865  glucokinase  23.37 
 
 		 347 aa  49.7  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4658  ROK family protein  25.97 
 
 		 503 aa  49.3  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00909635  hitchhiker  0.00487921 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  27.33 
 
 		 406 aa  49.7  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  28.15 
 
 		 404 aa  49.7  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4206  ROK family protein  25.13 
 
 		 395 aa  49.7  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  28.91 
 
 		 404 aa  49.3  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4777  ROK family protein  23.94 
 
 		 381 aa  49.3  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000235996 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1566  ROK family protein  24.14 
 
 		 322 aa  48.9  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2265  ROK  26.38 
 
 		 311 aa  49.3  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1397  ROK family protein  23.2 
 
 		 280 aa  48.9  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.969879  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  31.13 
 
 		 397 aa  48.9  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  24.35 
 
 		 391 aa  48.1  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  45.45 
 
 		 389 aa  48.5  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3275  ROK family protein  24.07 
 
 		 372 aa  48.5  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.545553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4335  ROK family protein  24.07 
 
 		 381 aa  48.5  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.306469  normal  0.0512746 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 404 aa  48.1  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  28.68 
 
 		 390 aa  48.1  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1621  ROK family protein  24.17 
 
 		 306 aa  48.5  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.613515  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  26.26 
 
 		 396 aa  47.4  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  25.58 
 
 		 395 aa  47.8  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0242  ROK domain-containing protein  29.17 
 
 		 320 aa  47.4  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.981562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0575  ROK domain-containing protein  23.39 
 
 		 270 aa  47.4  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.691285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2944  ROK family protein  27.27 
 
 		 407 aa  47.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0669477  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06730  transcriptional regulator/sugar kinase  25.81 
 
 		 341 aa  47.8  0.0002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0495278  normal  0.905814 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6292  ROK family protein  23.57 
 
 		 372 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.360789  normal  0.0986994 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  25.97 
 
 		 425 aa  47.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0698  N-acetylmannosamine kinase  27.67 
 
 		 292 aa  47  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000508199  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14840  transcriptional regulator/sugar kinase  23.9 
 
 		 443 aa  47.4  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  24.9 
 
 		 400 aa  47.4  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  25.97 
 
 		 425 aa  47  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  24.67 
 
 		 414 aa  47  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1350  ROK family protein  28.19 
 
 		 403 aa  46.6  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.763813 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  28.68 
 
 		 435 aa  46.6  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  26.45 
 
 		 425 aa  46.6  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.92 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>