More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4177 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4177  2-nitropropane dioxygenase NPD  100 
 
 		 320 aa  639    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3496  2-nitropropane dioxygenase, NPD  83.65 
 
 		 321 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1870  2-nitropropane dioxygenase, NPD  85.44 
 
 		 318 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.224001 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0974  hypothetical protein  74.6 
 
 		 322 aa  467  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.461491 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6742  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.25 
 
 		 326 aa  361  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000550244  normal  0.521787 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1586  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.4 
 
 		 331 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3091  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.05 
 
 		 307 aa  295  5e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171108 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0316  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.01 
 
 		 320 aa  293  4e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0713  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.27 
 
 		 322 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141203  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.37 
 
 		 323 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0347  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.61 
 
 		 313 aa  278  9e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827843 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.15 
 
 		 315 aa  275  6e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00157568  hitchhiker  0.00722114 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6087  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.52 
 
 		 333 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3014  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.81 
 
 		 321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0866  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.73 
 
 		 323 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1057  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.32 
 
 		 342 aa  265  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.833539  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0438  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.87 
 
 		 307 aa  264  2e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0148802 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4072  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.27 
 
 		 324 aa  259  3e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4276  putative 2-nitropropane dioxygenase  42.77 
 
 		 319 aa  258  7e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0432  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.44 
 
 		 319 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5189  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.81 
 
 		 322 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75587  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0960  putative dioxygenase  43.77 
 
 		 322 aa  253  5.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1749  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.93 
 
 		 308 aa  252  6e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.596881  normal  0.0608079 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0824  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.55 
 
 		 335 aa  250  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.846459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.03 
 
 		 322 aa  250  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0145126  normal  0.697248 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3628  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.73 
 
 		 335 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2707  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.04 
 
 		 315 aa  249  4e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5349  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.9 
 
 		 322 aa  249  4e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0822687 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0164  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.02 
 
 		 319 aa  249  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128222 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42160  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  44.77 
 
 		 325 aa  248  9e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0716882  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0268  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.74 
 
 		 325 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0307  hypothetical protein  43.73 
 
 		 319 aa  246  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.23 
 
 		 325 aa  246  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0157  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.27 
 
 		 319 aa  245  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0425  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.17 
 
 		 333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0536  putative 2-nitropropane dioxygenase  44.01 
 
 		 319 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0704915  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0345  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  44.01 
 
 		 319 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0357  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  44.01 
 
 		 319 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0260  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.98 
 
 		 318 aa  243  3e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0831  2-nitropropane dioxygenase family protein  43.41 
 
 		 322 aa  242  5e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4046  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.53 
 
 		 322 aa  242  7e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0779  2-nitropropane dioxygenase family protein  43.73 
 
 		 357 aa  242  7e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5259  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.63 
 
 		 329 aa  240  2.9999999999999997e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246639 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0096  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.68 
 
 		 327 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.396522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0103  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.37 
 
 		 327 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0115  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.51 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1226  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.23 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.05 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000431294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0958  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.86 
 
 		 324 aa  236  4e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0174  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.34 
 
 		 319 aa  235  8e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3935  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.95 
 
 		 320 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6315  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.63 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2351  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.8 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.07 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08460  hypothetical protein  43.59 
 
 		 322 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000270862 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2986  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.8 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2965  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.8 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19511  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2876  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.07 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0500  hypothetical protein  45.94 
 
 		 321 aa  233  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1960  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.75 
 
 		 321 aa  231  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2961  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.48 
 
 		 336 aa  231  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3140  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.42 
 
 		 317 aa  229  4e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0244863  normal  0.0100241 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3371  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.78 
 
 		 320 aa  228  8e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.61 
 
 		 323 aa  228  8e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0255  hypothetical protein  42.37 
 
 		 327 aa  228  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.622864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0801  hypothetical protein  41.67 
 
 		 322 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2090  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.48 
 
 		 338 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58265  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2807  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.88 
 
 		 318 aa  224  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2296  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.88 
 
 		 318 aa  224  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3740  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.37 
 
 		 334 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0460  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.27 
 
 		 318 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985437 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4817  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.37 
 
 		 334 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05452  putative transmembrane protein  43.69 
 
 		 335 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.111761 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.61 
 
 		 331 aa  223  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.255645  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5104  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.35 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2394  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.23 
 
 		 319 aa  223  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3674  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.59 
 
 		 329 aa  223  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0463  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.59 
 
 		 318 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575132 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0430  hypothetical protein  43.27 
 
 		 318 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1252  2-nitropropane dioxygenase-like protein  43 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1299  putative transmembrane protein  42.77 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.230458 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5592  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.34 
 
 		 332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.32 
 
 		 313 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1056  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.65 
 
 		 320 aa  219  5e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0838635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4773  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.95 
 
 		 318 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2171  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.42 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00656202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2812  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.87 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.33568  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2689  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40 
 
 		 313 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.484502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2537  2-nitropropane dioxygenase NPD  40 
 
 		 318 aa  206  5e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000289542 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0857  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40 
 
 		 306 aa  197  3e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2823  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.35 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0467554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1695  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.75 
 
 		 333 aa  159  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3068  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.19 
 
 		 323 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0899956  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3202  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  32.62 
 
 		 323 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.306208  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.07 
 
 		 331 aa  87  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.8 
 
 		 312 aa  87  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.03 
 
 		 360 aa  85.9  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3136  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.17 
 
 		 351 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.278577  normal  0.604759 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3064  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.02 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1176  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.22 
 
 		 348 aa  82.4  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>