More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3202 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3202  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  100 
 
 
323 aa  639    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.306208  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3068  2-nitropropane dioxygenase, NPD  81.73 
 
 
323 aa  531  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0899956  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4715  putative 2-nitropropane dioxygenase  43.56 
 
 
333 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10021  hypothetical protein  41.95 
 
 
322 aa  188  1e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8517  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.07 
 
 
326 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1082  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.82 
 
 
328 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  36.33 
 
 
317 aa  161  1e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2787  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.46 
 
 
331 aa  151  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0206  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.86 
 
 
348 aa  146  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5156  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.09 
 
 
317 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.707988  normal  0.110244 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.58 
 
 
338 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.75 
 
 
315 aa  142  5e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  33.33 
 
 
315 aa  138  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  32.09 
 
 
316 aa  136  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2480  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.67 
 
 
288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459764  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4537  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.65 
 
 
318 aa  133  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262388  normal  0.792833 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.03 
 
 
323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.82 
 
 
319 aa  132  6e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4881  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.67 
 
 
320 aa  129  6e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  32.92 
 
 
326 aa  129  6e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.62 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_38755  predicted protein  33.86 
 
 
343 aa  127  2.0000000000000002e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.172  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2452  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.45 
 
 
345 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  32.57 
 
 
321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  32.3 
 
 
314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.3 
 
 
314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32 
 
 
319 aa  126  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1483  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.68 
 
 
335 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  31.01 
 
 
316 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.89 
 
 
325 aa  124  2e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03855  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07940)  33.24 
 
 
346 aa  120  3e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1419  nitropropane dioxygenase  28.34 
 
 
363 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1839  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.43 
 
 
319 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.44 
 
 
312 aa  117  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  27.79 
 
 
363 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4936  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.11 
 
 
492 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.121654 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0640  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.53 
 
 
316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000697959  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5309  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.64 
 
 
380 aa  116  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.1832 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.35 
 
 
317 aa  115  7.999999999999999e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3064  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.25 
 
 
311 aa  115  7.999999999999999e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1591  dioxygenase  31.78 
 
 
318 aa  115  7.999999999999999e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.600793  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11150  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  32.47 
 
 
323 aa  115  8.999999999999998e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.41 
 
 
309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3732  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.87 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3191  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.52 
 
 
492 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.269993 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0098  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.03 
 
 
313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.718222  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3013  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.56 
 
 
324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1401  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.09 
 
 
324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04268  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G03850)  35.44 
 
 
356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00389838 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0919  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.69 
 
 
355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0937  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.69 
 
 
355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.22 
 
 
355 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.95 
 
 
360 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0431  trans-2-enoyl-ACP reductase II  30.06 
 
 
321 aa  110  3e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3001  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.51 
 
 
328 aa  109  5e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152083  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.08 
 
 
331 aa  109  8.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1257  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  27.02 
 
 
364 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0346  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  30.82 
 
 
319 aa  107  2e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.182837  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1255  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  27.58 
 
 
364 aa  108  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01050  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  32.48 
 
 
314 aa  108  2e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.250641 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1088  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.12 
 
 
363 aa  106  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1457  2-nitropropane dioxygenase  27.37 
 
 
365 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.907571 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3082  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.83 
 
 
354 aa  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.926981  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1854  hypothetical protein  30.54 
 
 
316 aa  106  5e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0198092  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6053  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.34 
 
 
341 aa  105  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  33.48 
 
 
361 aa  106  7e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04120  oxidoreductase 2-nitropropane dioxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G17430)  34.72 
 
 
380 aa  105  8e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1242  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.68 
 
 
295 aa  105  8e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.488111 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1283  2-nitropropane dioxygenase  27.09 
 
 
364 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1385  2-nitropropane dioxygenase  27.09 
 
 
364 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.58 
 
 
335 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483236  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1526  2-nitropropane dioxygenase  26.26 
 
 
364 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.89 
 
 
324 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4414  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.46 
 
 
321 aa  104  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5355  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.79 
 
 
328 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660089  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3833  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.7 
 
 
324 aa  102  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1215  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.24 
 
 
295 aa  102  6e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.58877  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1232  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.24 
 
 
295 aa  102  6e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.86313 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1483  2-nitropropane dioxygenase  26.54 
 
 
364 aa  102  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10270  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  32.5 
 
 
320 aa  101  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0212117  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3815  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.2 
 
 
367 aa  101  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2724  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.94 
 
 
367 aa  101  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.436171  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2755  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.67 
 
 
359 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0669905  normal  0.0255247 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7089  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.99 
 
 
329 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  28.48 
 
 
314 aa  100  3e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0946  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.98 
 
 
313 aa  100  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00349563  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3987  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.68 
 
 
369 aa  100  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0898704  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0562  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.96 
 
 
378 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000315665 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6828  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.92 
 
 
325 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.9 
 
 
323 aa  100  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1075  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.84 
 
 
328 aa  99.8  6e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4186  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.19 
 
 
329 aa  99.4  7e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1290  2-nitropropane dioxygenase NPD  25.63 
 
 
378 aa  99.4  8e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.62886  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3841  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.86 
 
 
506 aa  99.4  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.278341  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3609  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.35 
 
 
323 aa  99  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28800  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  32.02 
 
 
324 aa  99  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.135482 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13586  oxidoreductase  35.8 
 
 
355 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00804869  normal  0.19405 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3574  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.03 
 
 
331 aa  99  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129826  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1487  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.64 
 
 
356 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3672  2-nitropropane dioxygenase  31.49 
 
 
311 aa  98.2  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>