More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0580 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  100 
 
 
312 aa  633  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3064  2-nitropropane dioxygenase NPD  79.35 
 
 
311 aa  502  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.75 
 
 
319 aa  333  3e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5586  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.12 
 
 
305 aa  263  3e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.658342  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.12 
 
 
305 aa  262  4.999999999999999e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.925622 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7295  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.8 
 
 
311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  38.74 
 
 
314 aa  194  1e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0098  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.84 
 
 
313 aa  194  2e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.718222  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  39.12 
 
 
316 aa  193  3e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.81 
 
 
309 aa  191  9e-48  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.64 
 
 
315 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6901  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.51 
 
 
328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.06 
 
 
313 aa  188  8e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  38.66 
 
 
326 aa  187  3e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.7 
 
 
323 aa  182  4.0000000000000006e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2390  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.33 
 
 
314 aa  181  1e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0521943  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4576  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.31 
 
 
330 aa  181  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.403113  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3672  2-nitropropane dioxygenase  39.27 
 
 
311 aa  180  2e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6828  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.65 
 
 
325 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  37.86 
 
 
321 aa  178  9e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  36.75 
 
 
317 aa  177  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3013  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.71 
 
 
324 aa  176  4e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3732  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.39 
 
 
324 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4142  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.99 
 
 
332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.480237  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4296  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.99 
 
 
332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.458916  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0346  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  39.74 
 
 
319 aa  174  2.9999999999999996e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.182837  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4067  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.99 
 
 
332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  34.93 
 
 
316 aa  172  5e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28800  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  34.64 
 
 
324 aa  171  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.135482 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0431  trans-2-enoyl-ACP reductase II  38.49 
 
 
321 aa  171  2e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0640  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.64 
 
 
316 aa  170  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000697959  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1401  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.02 
 
 
324 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3609  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.16 
 
 
323 aa  169  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.5 
 
 
335 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483236  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4186  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.97 
 
 
329 aa  167  2e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35 
 
 
324 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.67 
 
 
317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.55 
 
 
331 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.0477625 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1248  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.71 
 
 
326 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.955135  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1075  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.52 
 
 
328 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4367  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.12 
 
 
325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3833  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.04 
 
 
324 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1638  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.53 
 
 
326 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.397206  normal  0.560122 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3001  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.1 
 
 
328 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152083  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.97 
 
 
314 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  38.97 
 
 
314 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5434  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.13 
 
 
323 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295794  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11150  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  36.39 
 
 
323 aa  161  2e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0800  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.88 
 
 
325 aa  160  2e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2151  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.22 
 
 
332 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0738  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.99 
 
 
325 aa  159  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.11052  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.76 
 
 
319 aa  160  4e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5355  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.19 
 
 
328 aa  159  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660089  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3073  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.22 
 
 
327 aa  158  9e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.479839  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01050  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  37.37 
 
 
314 aa  158  1e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.250641 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1855  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.69 
 
 
327 aa  158  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.798128  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2021  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.92 
 
 
331 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.01256  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0363  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.44 
 
 
325 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10270  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  37.09 
 
 
320 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0212117  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2031  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.69 
 
 
342 aa  157  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.5 
 
 
325 aa  155  6e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.51 
 
 
330 aa  154  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.259631  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  35.28 
 
 
315 aa  152  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.5 
 
 
323 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0826  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.91 
 
 
332 aa  152  5.9999999999999996e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.289165  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2858  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.96 
 
 
316 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1591  dioxygenase  34.11 
 
 
318 aa  151  1e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.600793  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3599  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.75 
 
 
334 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.465464 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3844  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.54 
 
 
315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.17 
 
 
338 aa  146  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5534  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.24 
 
 
323 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5146  putative 2-nitropropane dioxygenase  35.38 
 
 
334 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199752  normal  0.0588296 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0946  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.82 
 
 
313 aa  142  7e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00349563  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1961  dioxygenase  30.56 
 
 
281 aa  142  8e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1839  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.26 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4180  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.13 
 
 
339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.25904 
 
 
-
 
NC_002950  PG1416  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  39.41 
 
 
313 aa  139  6e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.578712 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.28 
 
 
331 aa  139  7e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2356  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.19 
 
 
386 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51080  putative dioxygenase  32.01 
 
 
328 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000609604 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3574  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.15 
 
 
331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129826  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2452  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.04 
 
 
345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4359  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.68 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255712  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4138  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.34 
 
 
324 aa  133  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.14 
 
 
360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0133  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.56 
 
 
352 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.899957  normal  0.134277 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.28 
 
 
355 aa  130  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6745  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.58 
 
 
367 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.566568 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7097  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.51 
 
 
366 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3068  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.57 
 
 
323 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0899956  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1549  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.58 
 
 
366 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.486705  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.39 
 
 
356 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.353912 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4504  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.87 
 
 
338 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.372283  normal  0.089603 
 
 
-
 
NC_002978  WD1170  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  27.88 
 
 
342 aa  124  2e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4936  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.59 
 
 
492 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.121654 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5071  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.5 
 
 
356 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615847  normal  0.587247 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4772  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.5 
 
 
356 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.829067  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4686  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.5 
 
 
356 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13586  oxidoreductase  37.77 
 
 
355 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00804869  normal  0.19405 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2062  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.53 
 
 
369 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>