More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3068 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3068  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 
323 aa  637    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0899956  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3202  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  81.73 
 
 
323 aa  531  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.306208  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4715  putative 2-nitropropane dioxygenase  43.56 
 
 
333 aa  223  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8517  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.79 
 
 
326 aa  195  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10021  hypothetical protein  41.77 
 
 
322 aa  187  1e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1082  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.15 
 
 
328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  37.06 
 
 
317 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2787  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.75 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.1 
 
 
315 aa  153  5e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.63 
 
 
338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0206  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.68 
 
 
348 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5156  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.39 
 
 
317 aa  146  6e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.707988  normal  0.110244 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  33.95 
 
 
315 aa  145  6e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  33.01 
 
 
316 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4537  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.07 
 
 
318 aa  144  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262388  normal  0.792833 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  33.64 
 
 
314 aa  139  6e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.64 
 
 
314 aa  139  6e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2452  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.59 
 
 
345 aa  139  7e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2480  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.89 
 
 
288 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459764  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.58 
 
 
323 aa  135  8e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_38755  predicted protein  35.33 
 
 
343 aa  133  5e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.172  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  31.86 
 
 
316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.02 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.42 
 
 
313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.61 
 
 
319 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.57 
 
 
312 aa  129  8.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.02 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1483  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.17 
 
 
335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4881  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.97 
 
 
320 aa  127  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  32.92 
 
 
326 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  33.33 
 
 
321 aa  126  5e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.72 
 
 
331 aa  125  9e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.4 
 
 
355 aa  124  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3064  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.75 
 
 
311 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11150  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  34.09 
 
 
323 aa  123  4e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3732  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.08 
 
 
324 aa  123  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0919  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.49 
 
 
355 aa  123  5e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0937  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.49 
 
 
355 aa  123  5e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3013  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.76 
 
 
324 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.44 
 
 
325 aa  122  9.999999999999999e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.16 
 
 
317 aa  121  9.999999999999999e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1401  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.22 
 
 
324 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04268  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G03850)  35.23 
 
 
356 aa  120  3e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00389838 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1419  nitropropane dioxygenase  27.9 
 
 
363 aa  120  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.09 
 
 
360 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4936  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.31 
 
 
492 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.121654 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  27.27 
 
 
363 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6053  2-nitropropane dioxygenase NPD  35 
 
 
341 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1839  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.22 
 
 
319 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3001  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.48 
 
 
328 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152083  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3191  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.36 
 
 
492 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.269993 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10270  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  33.75 
 
 
320 aa  116  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0212117  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1088  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.45 
 
 
363 aa  116  5e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.4 
 
 
324 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1255  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  27.22 
 
 
364 aa  113  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0640  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.23 
 
 
316 aa  113  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000697959  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1591  dioxygenase  30.97 
 
 
318 aa  114  3e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.600793  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6828  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.56 
 
 
325 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01050  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  32.26 
 
 
314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.250641 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4414  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.46 
 
 
321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0562  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.21 
 
 
378 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000315665 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1257  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  26.94 
 
 
364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0431  trans-2-enoyl-ACP reductase II  30.63 
 
 
321 aa  110  3e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5355  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.17 
 
 
328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660089  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04120  oxidoreductase 2-nitropropane dioxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G17430)  34.2 
 
 
380 aa  109  6e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0346  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  30.84 
 
 
319 aa  109  6e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.182837  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1457  2-nitropropane dioxygenase  26.74 
 
 
365 aa  109  6e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.907571 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.8 
 
 
335 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483236  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0946  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.04 
 
 
313 aa  109  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00349563  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0098  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.23 
 
 
313 aa  109  8.000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.718222  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3815  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.17 
 
 
367 aa  108  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1290  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.54 
 
 
378 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.62886  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1526  2-nitropropane dioxygenase  26.54 
 
 
364 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03855  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07940)  31.2 
 
 
346 aa  107  2e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1283  2-nitropropane dioxygenase  26.46 
 
 
364 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1385  2-nitropropane dioxygenase  26.46 
 
 
364 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3833  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.33 
 
 
324 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  29.46 
 
 
314 aa  108  2e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1075  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.92 
 
 
328 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2858  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.09 
 
 
316 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6901  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.98 
 
 
328 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3672  2-nitropropane dioxygenase  32.35 
 
 
311 aa  107  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1242  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40 
 
 
295 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.488111 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1483  2-nitropropane dioxygenase  26.54 
 
 
364 aa  106  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0800  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.5 
 
 
325 aa  107  4e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1232  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.98 
 
 
295 aa  106  5e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.86313 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1215  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.98 
 
 
295 aa  106  5e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.58877  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3082  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.23 
 
 
354 aa  106  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.926981  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1854  hypothetical protein  29.9 
 
 
316 aa  106  6e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0198092  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.08 
 
 
323 aa  105  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28800  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  32.32 
 
 
324 aa  105  7e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.135482 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2942  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.62 
 
 
350 aa  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  32.19 
 
 
361 aa  105  1e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2390  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.6 
 
 
314 aa  105  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0521943  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1435  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.26 
 
 
362 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.212936  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.27 
 
 
331 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.0477625 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7295  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.15 
 
 
311 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5534  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.92 
 
 
323 aa  103  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3987  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.7 
 
 
369 aa  103  4e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0898704  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2151  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.8 
 
 
332 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>