More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0562 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0562  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 		 378 aa  750    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000315665 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1908  2-nitropropane dioxygenase, NPD  68.1 
 
 		 350 aa  470  1.0000000000000001e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.430969  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3305  2-nitropropane dioxygenase NPD  72.75 
 
 		 352 aa  464  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3888  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.5 
 
 		 349 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3247  dioxygenase  70.35 
 
 		 352 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0319665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2774  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.69 
 
 		 344 aa  437  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3371  2-nitropropane dioxygenase, NPD  61.63 
 
 		 354 aa  435  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.940632  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0445  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.63 
 
 		 349 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3814  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.34 
 
 		 349 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4010  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.63 
 
 		 349 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0476  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.23 
 
 		 353 aa  423  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0474  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.77 
 
 		 353 aa  423  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0471  dioxygenase  60.29 
 
 		 359 aa  420  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.53 
 
 		 353 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3007  2-nitropropane dioxygenase NPD  71.64 
 
 		 353 aa  421  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3902  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60 
 
 		 346 aa  413  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.721372  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2755  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.94 
 
 		 359 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0669905  normal  0.0255247 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.2 
 
 		 348 aa  404  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0127053 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000711  enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (FMN)  56.2 
 
 		 356 aa  402  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00491947  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.85 
 
 		 353 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.917216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3082  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.52 
 
 		 354 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.926981  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5538  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.87 
 
 		 364 aa  388  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.485511  normal  0.0535988 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3196  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.09 
 
 		 358 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3542  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.41 
 
 		 361 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0130805 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2972  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  57.94 
 
 		 359 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24605  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4565  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.12 
 
 		 381 aa  385  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.190968 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2091  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.1 
 
 		 362 aa  388  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3745  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.05 
 
 		 356 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2656  2-nitropropane dioxygenase NPD  52.17 
 
 		 352 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0351221 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4822  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.05 
 
 		 356 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3827  hypothetical protein  59.76 
 
 		 361 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.321595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1943  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.76 
 
 		 361 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05464  oxidoreductase protein  60.12 
 
 		 362 aa  378  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.103651 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0781  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.18 
 
 		 382 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267134  normal  0.0688656 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4714  putative 2-nitropropane dioxygenase  55.03 
 
 		 358 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1878  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.8 
 
 		 361 aa  378  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.842086 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4738  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.76 
 
 		 350 aa  374  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.217628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5374  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.82 
 
 		 356 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.143868  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3454  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.12 
 
 		 356 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6840  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.46 
 
 		 361 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437449  normal  0.0843125 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4343  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.23 
 
 		 354 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  hitchhiker  0.000436527 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.12 
 
 		 356 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.688478 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2259  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.79 
 
 		 371 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.392208 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5278  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.9 
 
 		 350 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3522  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.75 
 
 		 358 aa  361  1e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0118514  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0817  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.64 
 
 		 356 aa  360  3e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1015  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.42 
 
 		 367 aa  353  2.9999999999999997e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2734  putative oxidoreductase protein  54.36 
 
 		 348 aa  351  1e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5205  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.54 
 
 		 350 aa  348  6e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.512596  normal  0.256944 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.55 
 
 		 358 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.769638  normal  0.0464074 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2278  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.08 
 
 		 356 aa  347  1e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0823525  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3019  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.41 
 
 		 358 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2147  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.27 
 
 		 354 aa  294  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0279  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.44 
 
 		 357 aa  251  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0271  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.16 
 
 		 365 aa  248  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2942  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.15 
 
 		 350 aa  241  2e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0207  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.65 
 
 		 356 aa  239  5e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1549  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.84 
 
 		 366 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.486705  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.27 
 
 		 376 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.241888  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09580  hypothetical protein  43.87 
 
 		 351 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0896  hypothetical protein  43.87 
 
 		 351 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3310  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.02 
 
 		 350 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3136  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.48 
 
 		 351 aa  231  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.278577  normal  0.604759 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1318  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.11 
 
 		 354 aa  228  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6745  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.13 
 
 		 367 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.566568 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1628  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.61 
 
 		 366 aa  227  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.879013 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0188  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.7 
 
 		 354 aa  227  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4869  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.64 
 
 		 366 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.171146 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3992  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.65 
 
 		 361 aa  220  3.9999999999999997e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7097  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.49 
 
 		 366 aa  219  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4144  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.56 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1606  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.9 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.433617  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6375  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.55 
 
 		 353 aa  216  7e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4574  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.29 
 
 		 360 aa  215  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1176  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.71 
 
 		 348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0937  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.98 
 
 		 355 aa  212  7e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0919  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.98 
 
 		 355 aa  212  7e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8522  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.49 
 
 		 351 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0756  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.07 
 
 		 355 aa  209  6e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1140  hypothetical protein  36.6 
 
 		 355 aa  207  2e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2392  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.35 
 
 		 363 aa  208  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895701 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2459  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.35 
 
 		 353 aa  206  4e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.36207 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1088  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.47 
 
 		 363 aa  206  7e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1135  hypothetical protein  36.6 
 
 		 350 aa  205  1e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1418  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.9 
 
 		 357 aa  205  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.382357  normal  0.0781529 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1526  2-nitropropane dioxygenase  35.26 
 
 		 364 aa  203  4e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  35.33 
 
 		 363 aa  202  5e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1257  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  35.2 
 
 		 364 aa  200  3e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1419  nitropropane dioxygenase  35.24 
 
 		 363 aa  200  3e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1290  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.33 
 
 		 378 aa  199  5e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.62886  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1457  2-nitropropane dioxygenase  34.95 
 
 		 365 aa  199  5e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.907571 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1255  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  35.51 
 
 		 364 aa  199  6e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3380  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.35 
 
 		 359 aa  199  7e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1283  2-nitropropane dioxygenase  34.65 
 
 		 364 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1385  2-nitropropane dioxygenase  34.65 
 
 		 364 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1483  2-nitropropane dioxygenase  34.95 
 
 		 364 aa  199  9e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3501  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.8 
 
 		 356 aa  196  6e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0191  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.88 
 
 		 359 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0204  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.47 
 
 		 359 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2684  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.41 
 
 		 344 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>