More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1586 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1586  2-nitropropane dioxygenase NPD  100 
 
 		 331 aa  667    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6742  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.34 
 
 		 326 aa  347  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000550244  normal  0.521787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0974  hypothetical protein  52.06 
 
 		 322 aa  325  8.000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.461491 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4177  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.4 
 
 		 320 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3496  2-nitropropane dioxygenase, NPD  51.09 
 
 		 321 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1870  2-nitropropane dioxygenase, NPD  51.1 
 
 		 318 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.224001 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3091  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.9 
 
 		 307 aa  265  8.999999999999999e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171108 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0316  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.26 
 
 		 320 aa  253  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0347  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.71 
 
 		 313 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827843 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.31 
 
 		 315 aa  245  6e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00157568  hitchhiker  0.00722114 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1057  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.58 
 
 		 342 aa  237  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.833539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3014  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.81 
 
 		 321 aa  236  6e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.49 
 
 		 323 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0713  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.14 
 
 		 322 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141203  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0438  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.35 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0148802 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6087  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.11 
 
 		 333 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42160  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  41.35 
 
 		 325 aa  227  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0716882  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4276  putative 2-nitropropane dioxygenase  37.82 
 
 		 319 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4072  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.87 
 
 		 324 aa  222  7e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.38 
 
 		 322 aa  222  7e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0145126  normal  0.697248 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0432  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.14 
 
 		 319 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2707  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.75 
 
 		 315 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4046  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.31 
 
 		 322 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1749  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.14 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.596881  normal  0.0608079 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0824  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.19 
 
 		 335 aa  218  1e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.846459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5189  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.49 
 
 		 322 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75587  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3628  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.54 
 
 		 335 aa  216  5e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0866  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.85 
 
 		 323 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0831  2-nitropropane dioxygenase family protein  39.49 
 
 		 322 aa  215  9e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.06 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000431294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0164  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.1 
 
 		 319 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128222 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0115  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.38 
 
 		 336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0779  2-nitropropane dioxygenase family protein  39.49 
 
 		 357 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5349  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.44 
 
 		 322 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0822687 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0958  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.12 
 
 		 324 aa  210  3e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0425  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.3 
 
 		 333 aa  210  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0960  putative dioxygenase  38.49 
 
 		 322 aa  209  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.81 
 
 		 325 aa  209  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0268  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.83 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0157  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.14 
 
 		 319 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.66 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1226  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.54 
 
 		 318 aa  206  3e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5259  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.91 
 
 		 329 aa  206  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246639 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0460  2-nitropropane dioxygenase NPD  40 
 
 		 318 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985437 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0307  hypothetical protein  37.82 
 
 		 319 aa  205  7e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0174  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.2 
 
 		 319 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08460  hypothetical protein  40.07 
 
 		 322 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000270862 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0536  putative 2-nitropropane dioxygenase  37.82 
 
 		 319 aa  202  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0704915  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0357  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  37.82 
 
 		 319 aa  202  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0345  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  37.82 
 
 		 319 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4773  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.13 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3935  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.96 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6315  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.18 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0260  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.04 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1960  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.94 
 
 		 321 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0430  hypothetical protein  39.51 
 
 		 318 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2961  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.5 
 
 		 336 aa  199  7e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0801  hypothetical protein  38.91 
 
 		 322 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0500  hypothetical protein  40.84 
 
 		 321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2351  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.86 
 
 		 319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.54 
 
 		 319 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2876  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.54 
 
 		 319 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2965  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.86 
 
 		 319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19511  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5104  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.94 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2986  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.86 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3140  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.62 
 
 		 317 aa  197  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0244863  normal  0.0100241 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3674  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.42 
 
 		 329 aa  196  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0463  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.2 
 
 		 318 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575132 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3371  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.62 
 
 		 320 aa  195  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5592  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.56 
 
 		 332 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0096  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.83 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.396522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1252  2-nitropropane dioxygenase-like protein  37.66 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2812  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.14 
 
 		 312 aa  193  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.33568  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1056  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.31 
 
 		 320 aa  193  3e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0838635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.34 
 
 		 313 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2171  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.86 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00656202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.59 
 
 		 331 aa  191  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.255645  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3740  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.37 
 
 		 334 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2394  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.33 
 
 		 319 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4817  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.37 
 
 		 334 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2090  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.95 
 
 		 338 aa  190  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58265  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0255  hypothetical protein  35.9 
 
 		 327 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.622864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2807  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.89 
 
 		 318 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2296  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.89 
 
 		 318 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05452  putative transmembrane protein  38.61 
 
 		 335 aa  188  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.111761 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0103  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.26 
 
 		 327 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2689  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.48 
 
 		 313 aa  187  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.484502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1299  putative transmembrane protein  37.58 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.230458 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2537  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.86 
 
 		 318 aa  176  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000289542 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0857  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.2 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2823  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.06 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0467554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1695  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.34 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.74 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.1 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  31.36 
 
 		 326 aa  102  8e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.42 
 
 		 314 aa  97.1  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  32.42 
 
 		 314 aa  97.1  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.71 
 
 		 331 aa  93.6  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.36 
 
 		 315 aa  90.9  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6901  2-nitropropane dioxygenase NPD  25.8 
 
 		 328 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>