More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0976 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 		 323 aa  660    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0866  2-nitropropane dioxygenase, NPD  94.12 
 
 		 323 aa  607  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5189  2-nitropropane dioxygenase NPD  89.75 
 
 		 322 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75587  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0713  2-nitropropane dioxygenase, NPD  86.34 
 
 		 322 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141203  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0960  putative dioxygenase  87.89 
 
 		 322 aa  566  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3628  2-nitropropane dioxygenase NPD  69.4 
 
 		 335 aa  442  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0425  2-nitropropane dioxygenase NPD  71.2 
 
 		 333 aa  441  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.98 
 
 		 323 aa  436  1e-121  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1226  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.98 
 
 		 318 aa  434  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5259  2-nitropropane dioxygenase NPD  67.82 
 
 		 329 aa  432  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246639 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0260  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.35 
 
 		 318 aa  425  1e-118  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.03 
 
 		 331 aa  424  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.255645  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05452  putative transmembrane protein  69.72 
 
 		 335 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.111761 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3740  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.35 
 
 		 334 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4817  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.35 
 
 		 334 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1056  2-nitropropane dioxygenase, NPD  68.14 
 
 		 320 aa  420  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0838635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2807  2-nitropropane dioxygenase, NPD  69.11 
 
 		 318 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2171  2-nitropropane dioxygenase, NPD  67.41 
 
 		 317 aa  413  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00656202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2394  2-nitropropane dioxygenase NPD  68.35 
 
 		 319 aa  411  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2707  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.88 
 
 		 315 aa  412  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2296  2-nitropropane dioxygenase NPD  69.61 
 
 		 318 aa  414  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5592  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.7 
 
 		 332 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1299  putative transmembrane protein  65.62 
 
 		 321 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.230458 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3140  2-nitropropane dioxygenase, NPD  67.43 
 
 		 317 aa  404  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0244863  normal  0.0100241 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4046  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.3 
 
 		 322 aa  401  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0115  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.3 
 
 		 336 aa  400  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1960  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.23 
 
 		 321 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0824  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.15 
 
 		 335 aa  397  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.846459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3674  2-nitropropane dioxygenase NPD  68.47 
 
 		 329 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2090  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.67 
 
 		 338 aa  396  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58265  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0164  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.3 
 
 		 319 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128222 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0831  2-nitropropane dioxygenase family protein  64.65 
 
 		 322 aa  392  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0779  2-nitropropane dioxygenase family protein  64.65 
 
 		 357 aa  391  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3371  2-nitropropane dioxygenase NPD  64.61 
 
 		 320 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4276  putative 2-nitropropane dioxygenase  59.75 
 
 		 319 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.88 
 
 		 315 aa  387  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00157568  hitchhiker  0.00722114 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0432  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.81 
 
 		 319 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2537  2-nitropropane dioxygenase NPD  67.3 
 
 		 318 aa  383  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000289542 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0174  2-nitropropane dioxygenase NPD  64.98 
 
 		 319 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0307  hypothetical protein  60.69 
 
 		 319 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6087  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.57 
 
 		 333 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0157  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.06 
 
 		 319 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0536  putative 2-nitropropane dioxygenase  60.69 
 
 		 319 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0704915  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0096  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.11 
 
 		 327 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.396522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0345  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  60.69 
 
 		 319 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0357  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  60.69 
 
 		 319 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2876  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.38 
 
 		 319 aa  368  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0500  hypothetical protein  63.95 
 
 		 321 aa  368  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.38 
 
 		 319 aa  368  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0103  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.54 
 
 		 327 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2812  2-nitropropane dioxygenase, NPD  62.82 
 
 		 312 aa  364  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.33568  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  61.36 
 
 		 325 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2961  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.38 
 
 		 336 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0268  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.71 
 
 		 325 aa  363  2e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2351  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.12 
 
 		 319 aa  363  3e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2965  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.12 
 
 		 319 aa  363  3e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19511  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6315  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.12 
 
 		 319 aa  362  4e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2986  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.81 
 
 		 319 aa  361  8e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1057  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.03 
 
 		 342 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.833539  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0255  hypothetical protein  61.39 
 
 		 327 aa  350  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.622864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5349  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.94 
 
 		 322 aa  348  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0822687 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2823  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.64 
 
 		 295 aa  341  8e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0467554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0316  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.53 
 
 		 320 aa  333  3e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0958  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.06 
 
 		 324 aa  329  4e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4072  2-nitropropane dioxygenase NPD  52.37 
 
 		 324 aa  310  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3014  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.58 
 
 		 321 aa  301  9e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3091  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.27 
 
 		 307 aa  293  3e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171108 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.88 
 
 		 322 aa  285  9e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0145126  normal  0.697248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4177  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.37 
 
 		 320 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1749  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.16 
 
 		 308 aa  280  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.596881  normal  0.0608079 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3496  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.05 
 
 		 321 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1870  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.33 
 
 		 318 aa  278  7e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.224001 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.43 
 
 		 313 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1252  2-nitropropane dioxygenase-like protein  48.11 
 
 		 313 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08460  hypothetical protein  48.43 
 
 		 322 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000270862 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3935  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.11 
 
 		 320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6742  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.28 
 
 		 326 aa  269  5e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000550244  normal  0.521787 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5104  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.02 
 
 		 322 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0801  hypothetical protein  46.86 
 
 		 322 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0460  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.88 
 
 		 318 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985437 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0974  hypothetical protein  42.21 
 
 		 322 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.461491 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0438  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.48 
 
 		 307 aa  259  5.0000000000000005e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0148802 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42160  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  43.77 
 
 		 325 aa  257  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0716882  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2689  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.82 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.484502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.35 
 
 		 334 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000431294  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0430  hypothetical protein  46.25 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4773  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.88 
 
 		 318 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0463  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.25 
 
 		 318 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575132 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1586  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.49 
 
 		 331 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0347  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.16 
 
 		 313 aa  223  2e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827843 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0857  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.57 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1695  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.66 
 
 		 333 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  29.2 
 
 		 361 aa  86.3  6e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  28.06 
 
 		 326 aa  85.9  9e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3088  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.46 
 
 		 376 aa  82.4  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.151695  normal  0.231095 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.03 
 
 		 360 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.26 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.54 
 
 		 355 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7089  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.8 
 
 		 329 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1591  dioxygenase  25.52 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.600793  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>