More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1870 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1870  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 		 318 aa  637    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.224001 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3496  2-nitropropane dioxygenase, NPD  87.7 
 
 		 321 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4177  2-nitropropane dioxygenase NPD  85.44 
 
 		 320 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0974  hypothetical protein  73.95 
 
 		 322 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.461491 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6742  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.25 
 
 		 326 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000550244  normal  0.521787 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1586  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.1 
 
 		 331 aa  322  8e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0316  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.37 
 
 		 320 aa  288  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.33 
 
 		 323 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3091  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.37 
 
 		 307 aa  282  6.000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171108 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0713  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.05 
 
 		 322 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141203  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0347  2-nitropropane dioxygenase, NPD  51.1 
 
 		 313 aa  275  8e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827843 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0866  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.69 
 
 		 323 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1057  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.52 
 
 		 342 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.833539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.27 
 
 		 315 aa  263  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00157568  hitchhiker  0.00722114 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0438  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.7 
 
 		 307 aa  263  3e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0148802 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6087  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.71 
 
 		 333 aa  259  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0824  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.03 
 
 		 335 aa  253  4.0000000000000004e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.846459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0960  putative dioxygenase  42.81 
 
 		 322 aa  252  5.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5189  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.85 
 
 		 322 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75587  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4276  putative 2-nitropropane dioxygenase  42.12 
 
 		 319 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3014  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.62 
 
 		 321 aa  247  2e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0432  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.8 
 
 		 319 aa  245  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4072  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.03 
 
 		 324 aa  245  6e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42160  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  43.77 
 
 		 325 aa  243  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0716882  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3628  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.49 
 
 		 335 aa  242  7.999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5349  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.02 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0822687 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.39 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0145126  normal  0.697248 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5259  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.09 
 
 		 329 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246639 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0425  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.9 
 
 		 333 aa  236  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.37 
 
 		 325 aa  236  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1749  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.37 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.596881  normal  0.0608079 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2707  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.03 
 
 		 315 aa  236  4e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0268  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.07 
 
 		 325 aa  235  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0157  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.44 
 
 		 319 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0958  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.53 
 
 		 324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0260  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.31 
 
 		 318 aa  231  9e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0307  hypothetical protein  42.12 
 
 		 319 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0536  putative 2-nitropropane dioxygenase  42.58 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0704915  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0164  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.21 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128222 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0357  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  42.58 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0345  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  42.44 
 
 		 319 aa  229  5e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.8 
 
 		 319 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2876  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.8 
 
 		 319 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0115  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.44 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0831  2-nitropropane dioxygenase family protein  41.48 
 
 		 322 aa  227  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0779  2-nitropropane dioxygenase family protein  41.8 
 
 		 357 aa  227  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2986  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.48 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6315  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.48 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2351  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.48 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2965  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.48 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19511  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4046  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.06 
 
 		 322 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.86 
 
 		 334 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000431294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.39 
 
 		 323 aa  225  8e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0103  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.42 
 
 		 327 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1252  2-nitropropane dioxygenase-like protein  42.49 
 
 		 313 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1226  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.8 
 
 		 318 aa  223  4.9999999999999996e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0096  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.42 
 
 		 327 aa  222  6e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.396522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.49 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0174  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.48 
 
 		 319 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3740  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.77 
 
 		 334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4817  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.77 
 
 		 334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05452  putative transmembrane protein  43.09 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.111761 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3674  2-nitropropane dioxygenase NPD  43 
 
 		 329 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2961  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.97 
 
 		 336 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0255  hypothetical protein  41.42 
 
 		 327 aa  216  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.622864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3935  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.03 
 
 		 320 aa  216  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.42 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.255645  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1960  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.81 
 
 		 321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08460  hypothetical protein  41.37 
 
 		 322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000270862 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2689  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.94 
 
 		 313 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.484502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3371  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.66 
 
 		 320 aa  212  9e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1299  putative transmembrane protein  41.8 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.230458 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3140  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.17 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0244863  normal  0.0100241 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0500  hypothetical protein  43.08 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2090  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.47 
 
 		 338 aa  211  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58265  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0801  hypothetical protein  40.07 
 
 		 322 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5592  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.31 
 
 		 332 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5104  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.74 
 
 		 322 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1056  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.3 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0838635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0460  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.71 
 
 		 318 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985437 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0430  hypothetical protein  40.71 
 
 		 318 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0463  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.95 
 
 		 318 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575132 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2394  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.71 
 
 		 319 aa  208  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2807  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.09 
 
 		 318 aa  206  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2296  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.09 
 
 		 318 aa  206  4e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4773  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.71 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2812  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.55 
 
 		 312 aa  203  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.33568  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2171  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.39 
 
 		 317 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00656202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0857  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.72 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2537  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.39 
 
 		 318 aa  194  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000289542 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2823  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.93 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0467554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1695  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.21 
 
 		 333 aa  149  4e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3068  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.44 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0899956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.37 
 
 		 360 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3310  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.89 
 
 		 350 aa  79  0.00000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3202  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  30.57 
 
 		 323 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.306208  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.02 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3136  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.34 
 
 		 351 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.278577  normal  0.604759 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  27.67 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.44 
 
 		 312 aa  76.6  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>