More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0960 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0960  putative dioxygenase  100 
 
 		 322 aa  654    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  87.89 
 
 		 323 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0713  2-nitropropane dioxygenase, NPD  86.65 
 
 		 322 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141203  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5189  2-nitropropane dioxygenase NPD  89.13 
 
 		 322 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75587  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0866  2-nitropropane dioxygenase, NPD  86.65 
 
 		 323 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3628  2-nitropropane dioxygenase NPD  71.61 
 
 		 335 aa  453  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5259  2-nitropropane dioxygenase NPD  69.75 
 
 		 329 aa  440  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246639 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0425  2-nitropropane dioxygenase NPD  71.2 
 
 		 333 aa  441  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05452  putative transmembrane protein  73.19 
 
 		 335 aa  437  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.111761 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1226  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.98 
 
 		 318 aa  436  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2171  2-nitropropane dioxygenase, NPD  71.2 
 
 		 317 aa  434  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00656202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2296  2-nitropropane dioxygenase NPD  72.22 
 
 		 318 aa  432  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0260  2-nitropropane dioxygenase, NPD  72.24 
 
 		 318 aa  434  1e-120  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2394  2-nitropropane dioxygenase NPD  71.2 
 
 		 319 aa  434  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4817  2-nitropropane dioxygenase NPD  73.5 
 
 		 334 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3740  2-nitropropane dioxygenase NPD  73.5 
 
 		 334 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2807  2-nitropropane dioxygenase, NPD  71.66 
 
 		 318 aa  433  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.7 
 
 		 323 aa  429  1e-119  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1056  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.03 
 
 		 320 aa  430  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0838635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1299  putative transmembrane protein  69.5 
 
 		 321 aa  427  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.230458 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4046  2-nitropropane dioxygenase NPD  68.14 
 
 		 322 aa  420  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5592  2-nitropropane dioxygenase, NPD  71.97 
 
 		 332 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  69.4 
 
 		 331 aa  415  9.999999999999999e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.255645  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3140  2-nitropropane dioxygenase, NPD  68.51 
 
 		 317 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0244863  normal  0.0100241 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2707  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.24 
 
 		 315 aa  412  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0831  2-nitropropane dioxygenase family protein  67.19 
 
 		 322 aa  410  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0115  2-nitropropane dioxygenase NPD  66.25 
 
 		 336 aa  409  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0779  2-nitropropane dioxygenase family protein  67.19 
 
 		 357 aa  409  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1960  2-nitropropane dioxygenase, NPD  68.61 
 
 		 321 aa  408  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3674  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.38 
 
 		 329 aa  409  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2090  2-nitropropane dioxygenase, NPD  68.63 
 
 		 338 aa  405  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58265  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0164  2-nitropropane dioxygenase NPD  66.88 
 
 		 319 aa  403  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128222 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3371  2-nitropropane dioxygenase NPD  67.21 
 
 		 320 aa  403  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4276  putative 2-nitropropane dioxygenase  61.01 
 
 		 319 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0824  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.83 
 
 		 335 aa  401  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.846459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2537  2-nitropropane dioxygenase NPD  69.5 
 
 		 318 aa  399  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000289542 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0432  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.06 
 
 		 319 aa  393  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0174  2-nitropropane dioxygenase NPD  67.19 
 
 		 319 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.88 
 
 		 315 aa  389  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00157568  hitchhiker  0.00722114 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0157  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.95 
 
 		 319 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0103  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.49 
 
 		 327 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0268  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.31 
 
 		 325 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.11 
 
 		 325 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0500  hypothetical protein  65.83 
 
 		 321 aa  379  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0096  2-nitropropane dioxygenase NPD  64.4 
 
 		 327 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.396522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0307  hypothetical protein  61.01 
 
 		 319 aa  377  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0345  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  61.01 
 
 		 319 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0357  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  61.01 
 
 		 319 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0536  putative 2-nitropropane dioxygenase  61.01 
 
 		 319 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0704915  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6087  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.83 
 
 		 333 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2876  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.69 
 
 		 319 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2812  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.37 
 
 		 312 aa  372  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.33568  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.69 
 
 		 319 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2961  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.01 
 
 		 336 aa  369  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6315  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.12 
 
 		 319 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2351  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.12 
 
 		 319 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2986  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.43 
 
 		 319 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2965  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.12 
 
 		 319 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19511  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1057  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.03 
 
 		 342 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.833539  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0255  hypothetical protein  62.03 
 
 		 327 aa  353  2e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.622864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5349  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.55 
 
 		 322 aa  345  7e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0822687 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2823  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.99 
 
 		 295 aa  336  3.9999999999999995e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0467554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0316  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.16 
 
 		 320 aa  334  1e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0958  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.43 
 
 		 324 aa  332  4e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4072  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.16 
 
 		 324 aa  304  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3014  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.72 
 
 		 321 aa  297  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3091  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.27 
 
 		 307 aa  286  4e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171108 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1749  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.06 
 
 		 308 aa  278  1e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.596881  normal  0.0608079 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.06 
 
 		 313 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1252  2-nitropropane dioxygenase-like protein  49.06 
 
 		 313 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08460  hypothetical protein  48.11 
 
 		 322 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000270862 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4177  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.77 
 
 		 320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0801  hypothetical protein  47.48 
 
 		 322 aa  266  4e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5104  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.34 
 
 		 322 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3935  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.48 
 
 		 320 aa  265  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.33 
 
 		 322 aa  265  1e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0145126  normal  0.697248 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0460  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.81 
 
 		 318 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985437 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3496  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.48 
 
 		 321 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1870  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.81 
 
 		 318 aa  258  9e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.224001 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42160  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  42.9 
 
 		 325 aa  255  7e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0716882  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2689  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.62 
 
 		 313 aa  255  9e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.484502  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0430  hypothetical protein  47.02 
 
 		 318 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6742  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.71 
 
 		 326 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000550244  normal  0.521787 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0463  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.22 
 
 		 318 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575132 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.91 
 
 		 334 aa  252  6e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000431294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0974  hypothetical protein  41.88 
 
 		 322 aa  252  6e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.461491 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4773  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.5 
 
 		 318 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0438  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.86 
 
 		 307 aa  249  4e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0148802 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1586  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.54 
 
 		 331 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0347  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.23 
 
 		 313 aa  215  9.999999999999999e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827843 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0857  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.34 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1695  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.97 
 
 		 333 aa  155  7e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  29.6 
 
 		 361 aa  89  9e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  27.8 
 
 		 326 aa  86.3  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.01 
 
 		 355 aa  84  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.05 
 
 		 360 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.26 
 
 		 338 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7089  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.35 
 
 		 329 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6375  2-nitropropane dioxygenase NPD  25.78 
 
 		 353 aa  73.6  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1779  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.38 
 
 		 377 aa  72.8  0.000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.883896  normal  0.0611887 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>