More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05452 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05452  putative transmembrane protein  100 
 
 		 335 aa  678    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.111761 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3740  2-nitropropane dioxygenase NPD  93.99 
 
 		 334 aa  580  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4817  2-nitropropane dioxygenase NPD  93.99 
 
 		 334 aa  580  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5592  2-nitropropane dioxygenase, NPD  84.01 
 
 		 332 aa  496  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3674  2-nitropropane dioxygenase NPD  82.02 
 
 		 329 aa  484  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0960  putative dioxygenase  73.19 
 
 		 322 aa  461  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  69.72 
 
 		 323 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1226  2-nitropropane dioxygenase, NPD  68.87 
 
 		 318 aa  457  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3628  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.99 
 
 		 335 aa  457  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5259  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.75 
 
 		 329 aa  457  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246639 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2707  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.83 
 
 		 315 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0713  2-nitropropane dioxygenase, NPD  67.19 
 
 		 322 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141203  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.44 
 
 		 323 aa  447  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2394  2-nitropropane dioxygenase NPD  73.42 
 
 		 319 aa  449  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2171  2-nitropropane dioxygenase, NPD  72.87 
 
 		 317 aa  445  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00656202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1299  putative transmembrane protein  71.25 
 
 		 321 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.230458 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2807  2-nitropropane dioxygenase, NPD  73.42 
 
 		 318 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2296  2-nitropropane dioxygenase NPD  73.42 
 
 		 318 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4276  putative 2-nitropropane dioxygenase  68.44 
 
 		 319 aa  442  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0260  2-nitropropane dioxygenase, NPD  72.96 
 
 		 318 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4046  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.75 
 
 		 322 aa  439  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3140  2-nitropropane dioxygenase, NPD  71.7 
 
 		 317 aa  437  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0244863  normal  0.0100241 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5189  2-nitropropane dioxygenase NPD  69.09 
 
 		 322 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75587  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3371  2-nitropropane dioxygenase NPD  69.62 
 
 		 320 aa  437  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1960  2-nitropropane dioxygenase, NPD  71.38 
 
 		 321 aa  436  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0866  2-nitropropane dioxygenase, NPD  68.14 
 
 		 323 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1056  2-nitropropane dioxygenase, NPD  68.87 
 
 		 320 aa  432  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0838635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0164  2-nitropropane dioxygenase NPD  71.7 
 
 		 319 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0425  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.25 
 
 		 333 aa  429  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0115  2-nitropropane dioxygenase NPD  69.28 
 
 		 336 aa  430  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0432  2-nitropropane dioxygenase NPD  67.19 
 
 		 319 aa  430  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0831  2-nitropropane dioxygenase family protein  69.5 
 
 		 322 aa  426  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0779  2-nitropropane dioxygenase family protein  69.5 
 
 		 357 aa  424  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2090  2-nitropropane dioxygenase, NPD  71.95 
 
 		 338 aa  420  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58265  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0824  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.78 
 
 		 335 aa  419  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.846459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0157  2-nitropropane dioxygenase NPD  67.81 
 
 		 319 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0174  2-nitropropane dioxygenase NPD  71.38 
 
 		 319 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2537  2-nitropropane dioxygenase NPD  71.07 
 
 		 318 aa  411  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000289542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  67.92 
 
 		 331 aa  412  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.255645  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0536  putative 2-nitropropane dioxygenase  66.56 
 
 		 319 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0704915  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0307  hypothetical protein  66.56 
 
 		 319 aa  409  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0357  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  66.56 
 
 		 319 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0345  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  66.56 
 
 		 319 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2876  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.62 
 
 		 319 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.62 
 
 		 319 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0500  hypothetical protein  70.75 
 
 		 321 aa  405  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  62.26 
 
 		 315 aa  402  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00157568  hitchhiker  0.00722114 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2986  2-nitropropane dioxygenase NPD  65 
 
 		 319 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2351  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.31 
 
 		 319 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2961  2-nitropropane dioxygenase NPD  66.25 
 
 		 336 aa  404  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2965  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.31 
 
 		 319 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19511  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6315  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.31 
 
 		 319 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.72 
 
 		 325 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0096  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.93 
 
 		 327 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.396522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0103  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.62 
 
 		 327 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0268  2-nitropropane dioxygenase, NPD  64.06 
 
 		 325 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2812  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.67 
 
 		 312 aa  386  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.33568  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6087  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.26 
 
 		 333 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0255  hypothetical protein  65.3 
 
 		 327 aa  378  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.622864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1057  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.92 
 
 		 342 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.833539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5349  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.01 
 
 		 322 aa  360  3e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0822687 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0958  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.88 
 
 		 324 aa  353  2e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3014  2-nitropropane dioxygenase, NPD  51.09 
 
 		 321 aa  340  2e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2823  2-nitropropane dioxygenase, NPD  64.66 
 
 		 295 aa  335  3.9999999999999995e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0467554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0316  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.68 
 
 		 320 aa  317  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4072  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.46 
 
 		 324 aa  306  3e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08460  hypothetical protein  51.85 
 
 		 322 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000270862 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0430  hypothetical protein  52.45 
 
 		 318 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5104  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53 
 
 		 322 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0460  2-nitropropane dioxygenase NPD  52.37 
 
 		 318 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985437 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0801  hypothetical protein  50.3 
 
 		 322 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0463  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.15 
 
 		 318 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575132 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3091  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.48 
 
 		 307 aa  278  7e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171108 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1252  2-nitropropane dioxygenase-like protein  50 
 
 		 313 aa  276  2e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3935  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.94 
 
 		 320 aa  275  6e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.37 
 
 		 313 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4773  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.84 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2689  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.73 
 
 		 313 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.484502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1749  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.84 
 
 		 308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.596881  normal  0.0608079 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.06 
 
 		 322 aa  267  2e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0145126  normal  0.697248 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3496  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.59 
 
 		 321 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4177  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.69 
 
 		 320 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42160  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  43.18 
 
 		 325 aa  253  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0716882  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6742  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.41 
 
 		 326 aa  252  7e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000550244  normal  0.521787 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0438  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.44 
 
 		 307 aa  249  5e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0148802 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.67 
 
 		 334 aa  248  1e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000431294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1870  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.09 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.224001 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0974  hypothetical protein  38.8 
 
 		 322 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.461491 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1586  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.61 
 
 		 331 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0347  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.42 
 
 		 313 aa  209  7e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827843 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0857  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.86 
 
 		 306 aa  186  5e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1695  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.92 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  27.39 
 
 		 326 aa  94  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  26.44 
 
 		 317 aa  94  3e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.67 
 
 		 360 aa  93.2  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  28.63 
 
 		 361 aa  89.4  7e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.73 
 
 		 338 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3672  2-nitropropane dioxygenase  29.89 
 
 		 311 aa  89  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  28.84 
 
 		 314 aa  88.2  2e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7089  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.52 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>