More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0430 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0430  hypothetical protein  100 
 
 		 318 aa  642    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0463  2-nitropropane dioxygenase, NPD  99.06 
 
 		 318 aa  635    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575132 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0460  2-nitropropane dioxygenase NPD  93.08 
 
 		 318 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985437 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4773  2-nitropropane dioxygenase NPD  91.82 
 
 		 318 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5104  2-nitropropane dioxygenase, NPD  81.5 
 
 		 322 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0801  hypothetical protein  79.31 
 
 		 322 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08460  hypothetical protein  79 
 
 		 322 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000270862 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3935  2-nitropropane dioxygenase, NPD  78.37 
 
 		 320 aa  462  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3014  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.67 
 
 		 321 aa  427  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4072  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.06 
 
 		 324 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2689  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.61 
 
 		 313 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.484502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4276  putative 2-nitropropane dioxygenase  53.89 
 
 		 319 aa  333  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0432  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.58 
 
 		 319 aa  331  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1252  2-nitropropane dioxygenase-like protein  58.31 
 
 		 313 aa  330  1e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.98 
 
 		 313 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.59 
 
 		 315 aa  324  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00157568  hitchhiker  0.00722114 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1749  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.46 
 
 		 308 aa  317  1e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.596881  normal  0.0608079 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0157  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.91 
 
 		 319 aa  316  4e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6087  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.78 
 
 		 333 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2986  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.27 
 
 		 319 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2961  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.52 
 
 		 336 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2351  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.95 
 
 		 319 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2965  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.95 
 
 		 319 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19511  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0357  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  55.27 
 
 		 319 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1057  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.67 
 
 		 342 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.833539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0536  putative 2-nitropropane dioxygenase  55.27 
 
 		 319 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0704915  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0345  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  55.27 
 
 		 319 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6315  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.95 
 
 		 319 aa  311  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0307  hypothetical protein  54.95 
 
 		 319 aa  310  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2876  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.58 
 
 		 319 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.58 
 
 		 319 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4046  2-nitropropane dioxygenase NPD  53 
 
 		 322 aa  298  9e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0268  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.19 
 
 		 325 aa  297  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0316  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.45 
 
 		 320 aa  296  3e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0255  hypothetical protein  53.85 
 
 		 327 aa  294  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.622864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0779  2-nitropropane dioxygenase family protein  54.14 
 
 		 357 aa  294  1e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0831  2-nitropropane dioxygenase family protein  53.82 
 
 		 322 aa  294  2e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.61 
 
 		 325 aa  294  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0096  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.53 
 
 		 327 aa  293  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.396522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0103  2-nitropropane dioxygenase NPD  52.88 
 
 		 327 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5349  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.02 
 
 		 322 aa  288  6e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0822687 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0824  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.39 
 
 		 335 aa  287  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.846459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0958  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.89 
 
 		 324 aa  285  8e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0115  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.44 
 
 		 336 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1226  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.96 
 
 		 318 aa  283  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0713  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.54 
 
 		 322 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141203  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3091  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.16 
 
 		 307 aa  283  3.0000000000000004e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171108 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3628  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.64 
 
 		 335 aa  283  3.0000000000000004e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.5 
 
 		 322 aa  282  5.000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0145126  normal  0.697248 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.25 
 
 		 323 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0164  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.1 
 
 		 319 aa  276  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128222 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2707  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.68 
 
 		 315 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5259  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.77 
 
 		 329 aa  275  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246639 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5592  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.02 
 
 		 332 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05452  putative transmembrane protein  52.45 
 
 		 335 aa  269  4e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.111761 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3674  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.72 
 
 		 329 aa  267  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.68 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3371  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.08 
 
 		 320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0260  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50 
 
 		 318 aa  266  4e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4817  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.67 
 
 		 334 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3740  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.67 
 
 		 334 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0174  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.79 
 
 		 319 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0960  putative dioxygenase  47.19 
 
 		 322 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5189  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.25 
 
 		 322 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75587  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0974  hypothetical protein  47.42 
 
 		 322 aa  262  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.461491 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42160  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  46.25 
 
 		 325 aa  262  6.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0716882  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.9 
 
 		 331 aa  261  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.255645  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0425  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.46 
 
 		 333 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2171  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.67 
 
 		 317 aa  260  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00656202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.59 
 
 		 334 aa  259  3e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000431294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0866  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.94 
 
 		 323 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1299  putative transmembrane protein  48.12 
 
 		 321 aa  259  4e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.230458 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0500  hypothetical protein  53.02 
 
 		 321 aa  258  6e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2812  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.51 
 
 		 312 aa  257  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.33568  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6742  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.08 
 
 		 326 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000550244  normal  0.521787 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1056  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.25 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0838635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0438  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.44 
 
 		 307 aa  249  6e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0148802 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2537  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.08 
 
 		 318 aa  248  1e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000289542 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3496  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.19 
 
 		 321 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2394  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.47 
 
 		 319 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3140  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.13 
 
 		 317 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0244863  normal  0.0100241 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4177  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.27 
 
 		 320 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2807  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.63 
 
 		 318 aa  242  6e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2296  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.63 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1960  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.5 
 
 		 321 aa  238  8e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2090  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.2 
 
 		 338 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58265  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2823  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.58 
 
 		 295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0467554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1586  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.51 
 
 		 331 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1870  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.71 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.224001 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0347  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.98 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827843 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1695  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.57 
 
 		 333 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0857  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.78 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  29.63 
 
 		 326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  27.3 
 
 		 361 aa  99.8  5e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.36 
 
 		 315 aa  92.4  9e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.17 
 
 		 355 aa  92.4  9e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.11 
 
 		 360 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  28.46 
 
 		 314 aa  90.1  4e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30 
 
 		 331 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.0477625 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.35 
 
 		 314 aa  86.7  5e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>