More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2823 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2823  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 		 295 aa  595  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0467554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2812  2-nitropropane dioxygenase, NPD  79.31 
 
 		 312 aa  441  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.33568  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.45 
 
 		 323 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0713  2-nitropropane dioxygenase, NPD  62.46 
 
 		 322 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141203  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2707  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.85 
 
 		 315 aa  361  8e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3371  2-nitropropane dioxygenase NPD  66.32 
 
 		 320 aa  360  2e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1226  2-nitropropane dioxygenase, NPD  61.69 
 
 		 318 aa  359  4e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0260  2-nitropropane dioxygenase, NPD  69.39 
 
 		 318 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4046  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.2 
 
 		 322 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0831  2-nitropropane dioxygenase family protein  64.86 
 
 		 322 aa  353  1e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0779  2-nitropropane dioxygenase family protein  64.86 
 
 		 357 aa  353  1e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0960  putative dioxygenase  63.82 
 
 		 322 aa  353  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5189  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.8 
 
 		 322 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75587  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0866  2-nitropropane dioxygenase, NPD  62.8 
 
 		 323 aa  352  4e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5259  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.37 
 
 		 329 aa  351  8e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246639 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0115  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.52 
 
 		 336 aa  348  4e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3628  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.84 
 
 		 335 aa  346  3e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1960  2-nitropropane dioxygenase, NPD  64.75 
 
 		 321 aa  345  4e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3674  2-nitropropane dioxygenase NPD  68.62 
 
 		 329 aa  345  6e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2394  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.17 
 
 		 319 aa  343  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0164  2-nitropropane dioxygenase NPD  64.71 
 
 		 319 aa  342  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128222 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2171  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.52 
 
 		 317 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00656202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5592  2-nitropropane dioxygenase, NPD  67.93 
 
 		 332 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  64.26 
 
 		 323 aa  339  2.9999999999999998e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3140  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.45 
 
 		 317 aa  337  9.999999999999999e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0244863  normal  0.0100241 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1299  putative transmembrane protein  65.41 
 
 		 321 aa  336  1.9999999999999998e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.230458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0174  2-nitropropane dioxygenase NPD  66.09 
 
 		 319 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2807  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.79 
 
 		 318 aa  335  5e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2296  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.79 
 
 		 318 aa  335  7e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0432  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.56 
 
 		 319 aa  332  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1056  2-nitropropane dioxygenase, NPD  62.5 
 
 		 320 aa  330  1e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0838635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.85 
 
 		 331 aa  330  2e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.255645  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4276  putative 2-nitropropane dioxygenase  57.53 
 
 		 319 aa  329  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3740  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.29 
 
 		 334 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4817  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.29 
 
 		 334 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05452  putative transmembrane protein  64.26 
 
 		 335 aa  324  1e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.111761 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2090  2-nitropropane dioxygenase, NPD  64.87 
 
 		 338 aa  324  1e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58265  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.93 
 
 		 315 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00157568  hitchhiker  0.00722114 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.25 
 
 		 325 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0425  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.54 
 
 		 333 aa  319  3e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2537  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.93 
 
 		 318 aa  318  7.999999999999999e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000289542 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0824  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.52 
 
 		 335 aa  317  1e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.846459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0268  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.22 
 
 		 325 aa  315  9e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6315  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.22 
 
 		 319 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6087  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.98 
 
 		 333 aa  310  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0103  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.73 
 
 		 327 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0096  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.08 
 
 		 327 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.396522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2351  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.19 
 
 		 319 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2965  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.19 
 
 		 319 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19511  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2986  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.19 
 
 		 319 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0500  hypothetical protein  62.8 
 
 		 321 aa  308  5.9999999999999995e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0307  hypothetical protein  57.19 
 
 		 319 aa  305  7e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0157  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.88 
 
 		 319 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2961  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.19 
 
 		 336 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0536  putative 2-nitropropane dioxygenase  57.19 
 
 		 319 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0704915  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2876  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.82 
 
 		 319 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0345  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  57.19 
 
 		 319 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.82 
 
 		 319 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0357  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  57.19 
 
 		 319 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0255  hypothetical protein  58.08 
 
 		 327 aa  298  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.622864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5349  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.69 
 
 		 322 aa  297  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0822687 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1057  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.62 
 
 		 342 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.833539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0958  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.64 
 
 		 324 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3014  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.62 
 
 		 321 aa  276  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0316  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.9 
 
 		 320 aa  275  6e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4072  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.93 
 
 		 324 aa  255  6e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3091  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.38 
 
 		 307 aa  235  7e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171108 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.6 
 
 		 322 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0145126  normal  0.697248 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08460  hypothetical protein  50.51 
 
 		 322 aa  228  7e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000270862 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1252  2-nitropropane dioxygenase-like protein  47.75 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.4 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0430  hypothetical protein  48.44 
 
 		 318 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0463  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.44 
 
 		 318 aa  225  6e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575132 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0974  hypothetical protein  42.36 
 
 		 322 aa  223  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.461491 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5104  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.62 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3496  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.91 
 
 		 321 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0801  hypothetical protein  48.12 
 
 		 322 aa  222  6e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4177  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.58 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0460  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.37 
 
 		 318 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3935  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.14 
 
 		 320 aa  219  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2689  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.9 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.484502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1749  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.92 
 
 		 308 aa  216  5e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.596881  normal  0.0608079 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42160  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  39.52 
 
 		 325 aa  211  9e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0716882  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.54 
 
 		 334 aa  211  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000431294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4773  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.08 
 
 		 318 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0438  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.47 
 
 		 307 aa  209  6e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0148802 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6742  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.33 
 
 		 326 aa  202  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000550244  normal  0.521787 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1870  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.83 
 
 		 318 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.224001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1586  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.5 
 
 		 331 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0347  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.54 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827843 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1695  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.77 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0857  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.16 
 
 		 306 aa  145  5e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.02 
 
 		 360 aa  89.7  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  31.25 
 
 		 326 aa  87  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0098  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.33 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.718222  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3672  2-nitropropane dioxygenase  26.94 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  27.42 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3574  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.15 
 
 		 331 aa  80.9  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  25.58 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  26.38 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>