More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0115 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0115  2-nitropropane dioxygenase NPD  100 
 
 		 336 aa  683    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4046  2-nitropropane dioxygenase NPD  80.5 
 
 		 322 aa  511  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0164  2-nitropropane dioxygenase NPD  81.19 
 
 		 319 aa  510  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128222 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0831  2-nitropropane dioxygenase family protein  79.87 
 
 		 322 aa  497  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0779  2-nitropropane dioxygenase family protein  80.19 
 
 		 357 aa  499  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0174  2-nitropropane dioxygenase NPD  81.82 
 
 		 319 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0500  hypothetical protein  78.86 
 
 		 321 aa  468  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1226  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.25 
 
 		 318 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1960  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.66 
 
 		 321 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3628  2-nitropropane dioxygenase NPD  67.92 
 
 		 335 aa  437  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3140  2-nitropropane dioxygenase, NPD  69.28 
 
 		 317 aa  437  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0244863  normal  0.0100241 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2807  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.98 
 
 		 318 aa  436  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2296  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.98 
 
 		 318 aa  436  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2394  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.48 
 
 		 319 aa  436  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0260  2-nitropropane dioxygenase, NPD  71.61 
 
 		 318 aa  429  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2171  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.13 
 
 		 317 aa  430  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00656202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0713  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.62 
 
 		 322 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141203  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.3 
 
 		 323 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5259  2-nitropropane dioxygenase NPD  66.36 
 
 		 329 aa  421  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246639 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3371  2-nitropropane dioxygenase NPD  67.71 
 
 		 320 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2537  2-nitropropane dioxygenase NPD  71.88 
 
 		 318 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000289542 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5592  2-nitropropane dioxygenase, NPD  71.21 
 
 		 332 aa  418  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2707  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.35 
 
 		 315 aa  419  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0960  putative dioxygenase  66.25 
 
 		 322 aa  418  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0425  2-nitropropane dioxygenase NPD  67.95 
 
 		 333 aa  416  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1299  putative transmembrane protein  67.19 
 
 		 321 aa  413  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.230458 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4276  putative 2-nitropropane dioxygenase  61.68 
 
 		 319 aa  411  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2090  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.3 
 
 		 338 aa  413  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58265  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_003296  RS05452  putative transmembrane protein  69.28 
 
 		 335 aa  410  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.111761 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3740  2-nitropropane dioxygenase NPD  68.97 
 
 		 334 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  67.3 
 
 		 323 aa  408  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4817  2-nitropropane dioxygenase NPD  68.97 
 
 		 334 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0432  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.68 
 
 		 319 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1056  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.04 
 
 		 320 aa  404  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0838635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5189  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.41 
 
 		 322 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75587  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.76 
 
 		 331 aa  399  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.255645  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3674  2-nitropropane dioxygenase NPD  69.3 
 
 		 329 aa  401  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0268  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.43 
 
 		 325 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0866  2-nitropropane dioxygenase, NPD  64.35 
 
 		 323 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0096  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.84 
 
 		 327 aa  394  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.396522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  62.19 
 
 		 325 aa  395  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0157  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.19 
 
 		 319 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0103  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.58 
 
 		 327 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.62 
 
 		 315 aa  387  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00157568  hitchhiker  0.00722114 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0307  hypothetical protein  60.94 
 
 		 319 aa  387  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0345  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  60.62 
 
 		 319 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0536  putative 2-nitropropane dioxygenase  60.62 
 
 		 319 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0704915  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6315  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.62 
 
 		 319 aa  381  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0357  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  60.62 
 
 		 319 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2876  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.19 
 
 		 319 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2986  2-nitropropane dioxygenase NPD  60 
 
 		 319 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0958  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.88 
 
 		 324 aa  380  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2351  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.69 
 
 		 319 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.19 
 
 		 319 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2965  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.69 
 
 		 319 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19511  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2812  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.24 
 
 		 312 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.33568  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0824  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.52 
 
 		 335 aa  377  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.846459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2961  2-nitropropane dioxygenase NPD  60 
 
 		 336 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0255  hypothetical protein  63.23 
 
 		 327 aa  370  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.622864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1057  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.13 
 
 		 342 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.833539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6087  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.31 
 
 		 333 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5349  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.94 
 
 		 322 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0822687 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2823  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.84 
 
 		 295 aa  340  2e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0467554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3014  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.66 
 
 		 321 aa  327  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0316  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.1 
 
 		 320 aa  317  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08460  hypothetical protein  52.68 
 
 		 322 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000270862 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4072  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.16 
 
 		 324 aa  294  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1749  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.4 
 
 		 308 aa  292  5e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.596881  normal  0.0608079 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0801  hypothetical protein  52.05 
 
 		 322 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0460  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.63 
 
 		 318 aa  289  6e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985437 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0430  hypothetical protein  51.44 
 
 		 318 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5104  2-nitropropane dioxygenase, NPD  51.1 
 
 		 322 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0463  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.95 
 
 		 318 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575132 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3935  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.31 
 
 		 320 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1252  2-nitropropane dioxygenase-like protein  50.79 
 
 		 313 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.48 
 
 		 313 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4773  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.63 
 
 		 318 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.19 
 
 		 322 aa  275  9e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0145126  normal  0.697248 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2689  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50 
 
 		 313 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.484502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3091  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.32 
 
 		 307 aa  268  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171108 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6742  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.08 
 
 		 326 aa  268  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000550244  normal  0.521787 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0438  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.34 
 
 		 307 aa  263  3e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0148802 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4177  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.51 
 
 		 320 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0974  hypothetical protein  42.72 
 
 		 322 aa  257  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.461491 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42160  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  43.65 
 
 		 325 aa  256  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0716882  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3496  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.88 
 
 		 321 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1870  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.44 
 
 		 318 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.224001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1586  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.38 
 
 		 331 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.14 
 
 		 334 aa  233  5e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000431294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0347  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.68 
 
 		 313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827843 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0857  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.31 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1695  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.25 
 
 		 333 aa  172  7.999999999999999e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  27.57 
 
 		 361 aa  95.1  2e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.33 
 
 		 360 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.7 
 
 		 355 aa  87.4  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  28.7 
 
 		 326 aa  85.1  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.8 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  25 
 
 		 314 aa  82.4  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  25.47 
 
 		 331 aa  82  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6901  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.16 
 
 		 328 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>