More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0974 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0974  hypothetical protein  100 
 
 		 322 aa  640    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.461491 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3496  2-nitropropane dioxygenase, NPD  74.92 
 
 		 321 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4177  2-nitropropane dioxygenase NPD  74.6 
 
 		 320 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1870  2-nitropropane dioxygenase, NPD  73.95 
 
 		 318 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.224001 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6742  2-nitropropane dioxygenase, NPD  62.1 
 
 		 326 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000550244  normal  0.521787 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1586  2-nitropropane dioxygenase NPD  52.06 
 
 		 331 aa  325  7e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0347  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.58 
 
 		 313 aa  295  8e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827843 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3091  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.48 
 
 		 307 aa  288  9e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171108 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0316  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.83 
 
 		 320 aa  288  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0438  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.49 
 
 		 307 aa  270  2e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0148802 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3014  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.4 
 
 		 321 aa  268  1e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0713  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.86 
 
 		 322 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141203  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1057  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.34 
 
 		 342 aa  266  5e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.833539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.09 
 
 		 315 aa  265  7e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00157568  hitchhiker  0.00722114 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6087  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.93 
 
 		 333 aa  261  8e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0432  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.91 
 
 		 319 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.21 
 
 		 323 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4276  putative 2-nitropropane dioxygenase  42.95 
 
 		 319 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.19 
 
 		 322 aa  250  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0145126  normal  0.697248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42160  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  42.81 
 
 		 325 aa  249  4e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0716882  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5349  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.28 
 
 		 322 aa  248  8e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0822687 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1749  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.4 
 
 		 308 aa  243  3e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.596881  normal  0.0608079 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0157  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.27 
 
 		 319 aa  242  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2707  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.26 
 
 		 315 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0430  hypothetical protein  47.42 
 
 		 318 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.83 
 
 		 325 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4072  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.88 
 
 		 324 aa  241  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0824  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.32 
 
 		 335 aa  240  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.846459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0307  hypothetical protein  42.95 
 
 		 319 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0866  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.88 
 
 		 323 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5189  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.56 
 
 		 322 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75587  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0831  2-nitropropane dioxygenase family protein  42.31 
 
 		 322 aa  239  4e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5259  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.27 
 
 		 329 aa  239  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246639 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0536  putative 2-nitropropane dioxygenase  42.95 
 
 		 319 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0704915  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0357  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  42.95 
 
 		 319 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0463  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.1 
 
 		 318 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575132 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3935  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.28 
 
 		 320 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0345  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  42.95 
 
 		 319 aa  238  8e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3628  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.4 
 
 		 335 aa  238  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0960  putative dioxygenase  41.88 
 
 		 322 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0268  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.94 
 
 		 325 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2961  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.13 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0460  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.75 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985437 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4046  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.26 
 
 		 322 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1252  2-nitropropane dioxygenase-like protein  46.01 
 
 		 313 aa  235  6e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0115  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.72 
 
 		 336 aa  235  6e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2876  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.99 
 
 		 319 aa  236  6e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.99 
 
 		 319 aa  236  6e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0958  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.75 
 
 		 324 aa  235  7e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0779  2-nitropropane dioxygenase family protein  41.99 
 
 		 357 aa  235  7e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2986  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.99 
 
 		 319 aa  235  7e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0164  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.31 
 
 		 319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128222 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6315  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.22 
 
 		 319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4773  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.1 
 
 		 318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.26 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000431294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0260  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.49 
 
 		 318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.01 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2351  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.67 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2965  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.67 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19511  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0425  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.86 
 
 		 333 aa  233  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0801  hypothetical protein  44.44 
 
 		 322 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0174  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.27 
 
 		 319 aa  231  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2689  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.73 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.484502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08460  hypothetical protein  45.08 
 
 		 322 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000270862 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5104  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.37 
 
 		 322 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1226  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.46 
 
 		 318 aa  226  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0255  hypothetical protein  40.71 
 
 		 327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.622864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0103  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.53 
 
 		 327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0096  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.71 
 
 		 327 aa  225  9e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.396522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3371  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.91 
 
 		 320 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1960  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.76 
 
 		 321 aa  215  8e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2296  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.09 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2807  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.09 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1056  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.32 
 
 		 320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0838635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2171  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.71 
 
 		 317 aa  212  7.999999999999999e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00656202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40 
 
 		 331 aa  212  9e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.255645  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.07 
 
 		 323 aa  211  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3140  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.31 
 
 		 317 aa  209  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0244863  normal  0.0100241 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2394  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.91 
 
 		 319 aa  209  5e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0500  hypothetical protein  42.31 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2090  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.6 
 
 		 338 aa  207  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58265  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2537  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.1 
 
 		 318 aa  207  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000289542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2812  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.3 
 
 		 312 aa  206  5e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.33568  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1299  putative transmembrane protein  39.37 
 
 		 321 aa  203  4e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.230458 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3674  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.61 
 
 		 329 aa  198  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2823  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.4 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0467554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4817  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.8 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3740  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.8 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5592  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.81 
 
 		 332 aa  195  9e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05452  putative transmembrane protein  38.8 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.111761 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0857  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.76 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1695  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.11 
 
 		 333 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  29.25 
 
 		 326 aa  92.8  7e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.07 
 
 		 312 aa  88.2  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.35 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5309  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.32 
 
 		 380 aa  87.4  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.1832 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1779  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.08 
 
 		 377 aa  86.7  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.883896  normal  0.0611887 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.13 
 
 		 319 aa  86.3  6e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3064  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.34 
 
 		 311 aa  86.3  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  24.45 
 
 		 331 aa  86.3  7e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>