More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3935 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3935  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 		 320 aa  653    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0801  hypothetical protein  81.37 
 
 		 322 aa  517  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08460  hypothetical protein  82.61 
 
 		 322 aa  518  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000270862 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5104  2-nitropropane dioxygenase, NPD  79.19 
 
 		 322 aa  499  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0460  2-nitropropane dioxygenase NPD  78.37 
 
 		 318 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985437 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4773  2-nitropropane dioxygenase NPD  78.8 
 
 		 318 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0430  hypothetical protein  78.37 
 
 		 318 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0463  2-nitropropane dioxygenase, NPD  77.43 
 
 		 318 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575132 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3014  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.33 
 
 		 321 aa  433  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4072  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.74 
 
 		 324 aa  348  5e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2689  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.98 
 
 		 313 aa  346  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.484502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.74 
 
 		 313 aa  339  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1252  2-nitropropane dioxygenase-like protein  59.74 
 
 		 313 aa  339  5e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4276  putative 2-nitropropane dioxygenase  54.83 
 
 		 319 aa  333  3e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0432  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.83 
 
 		 319 aa  332  6e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.38 
 
 		 315 aa  328  8e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00157568  hitchhiker  0.00722114 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2961  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.32 
 
 		 336 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2876  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.07 
 
 		 319 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.07 
 
 		 319 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2351  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.76 
 
 		 319 aa  318  9e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2965  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.76 
 
 		 319 aa  318  9e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19511  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2986  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.76 
 
 		 319 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0307  hypothetical protein  56.07 
 
 		 319 aa  316  4e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0536  putative 2-nitropropane dioxygenase  56.07 
 
 		 319 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0704915  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0357  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  56.07 
 
 		 319 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0345  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  56.07 
 
 		 319 aa  315  9e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6315  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.14 
 
 		 319 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1749  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.86 
 
 		 308 aa  314  9.999999999999999e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.596881  normal  0.0608079 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1057  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.74 
 
 		 342 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.833539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0157  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.07 
 
 		 319 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6087  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.21 
 
 		 333 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0096  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.55 
 
 		 327 aa  302  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.396522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3628  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.74 
 
 		 335 aa  296  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.11 
 
 		 323 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.65 
 
 		 325 aa  296  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0824  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.72 
 
 		 335 aa  295  5e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.846459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0316  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.48 
 
 		 320 aa  294  1e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0255  hypothetical protein  53.92 
 
 		 327 aa  294  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.622864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0713  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.77 
 
 		 322 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141203  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0103  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.77 
 
 		 327 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0268  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.34 
 
 		 325 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0958  2-nitropropane dioxygenase NPD  52.5 
 
 		 324 aa  290  2e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4046  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.94 
 
 		 322 aa  288  6e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0779  2-nitropropane dioxygenase family protein  52.38 
 
 		 357 aa  288  1e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0831  2-nitropropane dioxygenase family protein  52.06 
 
 		 322 aa  288  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3091  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.85 
 
 		 307 aa  287  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171108 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5349  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.07 
 
 		 322 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0822687 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0115  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.31 
 
 		 336 aa  282  6.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1226  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.54 
 
 		 318 aa  276  3e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2707  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.73 
 
 		 315 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0866  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.48 
 
 		 323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.16 
 
 		 323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5189  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.86 
 
 		 322 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75587  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0960  putative dioxygenase  47.48 
 
 		 322 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0164  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.23 
 
 		 319 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128222 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.67 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0145126  normal  0.697248 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5259  2-nitropropane dioxygenase NPD  47 
 
 		 329 aa  269  4e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246639 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0425  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.92 
 
 		 333 aa  265  5.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0260  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.47 
 
 		 318 aa  265  1e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5592  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.81 
 
 		 332 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1299  putative transmembrane protein  48.75 
 
 		 321 aa  263  4e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.230458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0974  hypothetical protein  46.28 
 
 		 322 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.461491 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0174  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.85 
 
 		 319 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3740  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.94 
 
 		 334 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4817  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.94 
 
 		 334 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.26 
 
 		 331 aa  258  7e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.255645  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0500  hypothetical protein  50.94 
 
 		 321 aa  258  7e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.09 
 
 		 334 aa  258  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000431294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3674  2-nitropropane dioxygenase NPD  52.19 
 
 		 329 aa  258  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_003296  RS05452  putative transmembrane protein  50.94 
 
 		 335 aa  257  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.111761 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6742  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.57 
 
 		 326 aa  256  4e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000550244  normal  0.521787 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42160  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  44.69 
 
 		 325 aa  255  8e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0716882  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2090  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50 
 
 		 338 aa  254  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58265  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2171  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.96 
 
 		 317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00656202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4177  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.18 
 
 		 320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2296  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.11 
 
 		 318 aa  253  3e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1056  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.25 
 
 		 320 aa  253  3e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0838635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3140  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.35 
 
 		 317 aa  252  6e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0244863  normal  0.0100241 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2807  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.95 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2537  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.12 
 
 		 318 aa  250  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000289542 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1960  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.11 
 
 		 321 aa  249  3e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3371  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.71 
 
 		 320 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2394  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.63 
 
 		 319 aa  247  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3496  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.58 
 
 		 321 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2812  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.04 
 
 		 312 aa  240  2.9999999999999997e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.33568  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0438  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.75 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0148802 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1870  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.03 
 
 		 318 aa  225  6e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.224001 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0347  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.28 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1586  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.96 
 
 		 331 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2823  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.89 
 
 		 295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0467554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1695  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.85 
 
 		 333 aa  207  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0857  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.07 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  27.07 
 
 		 326 aa  103  4e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  25.89 
 
 		 361 aa  99.4  7e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.97 
 
 		 355 aa  93.6  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.17 
 
 		 331 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.0477625 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6828  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.18 
 
 		 325 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2356  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.92 
 
 		 386 aa  90.5  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.94 
 
 		 335 aa  90.5  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483236  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2021  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.23 
 
 		 331 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.01256  normal  0.586253 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>