81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1020 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1020  hypothetical protein  100 
 
 		 130 aa  250  4.0000000000000004e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.116113  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0629  hypothetical protein  75.97 
 
 		 131 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.210248  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2996  UspA domain-containing protein  67.44 
 
 		 130 aa  176  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.415336  normal  0.638683 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2423  UspA domain protein  67.44 
 
 		 130 aa  176  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0593  UspA domain protein  47.69 
 
 		 130 aa  113  7.999999999999999e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00912023 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1392  UspA domain-containing protein  48.46 
 
 		 130 aa  108  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0407082  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2967  UspA domain-containing protein  44.62 
 
 		 133 aa  103  6e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.377799  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3622  UspA domain protein  48.06 
 
 		 131 aa  103  9e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2387  UspA domain protein  42.97 
 
 		 129 aa  89.4  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.485221  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3007  UspA domain-containing protein  44.44 
 
 		 130 aa  87  8e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0455737 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19290  universal stress protein UspA-like protein  47.66 
 
 		 178 aa  86.7  1e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.401097  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3499  UspA domain-containing protein  43.75 
 
 		 131 aa  85.1  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.142026  normal  0.22977 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0069  UspA domain protein  38.76 
 
 		 132 aa  81.6  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.469918 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1530  UspA domain protein  44.62 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.292242  hitchhiker  0.00792009 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3234  hypothetical protein  42.86 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.532744  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3296  UspA domain-containing protein  42.86 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0809665 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3245  UspA domain-containing protein  42.06 
 
 		 130 aa  79.7  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.411528  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16700  universal stress protein UspA-like protein  40.74 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.944045  normal  0.0341272 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0356  UspA domain protein  40.31 
 
 		 134 aa  76.6  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1428  UspA domain protein  33.59 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.345166  normal  0.561125 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1913  UspA domain protein  44.55 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013645 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0905  UspA domain protein  36.92 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1992  UspA domain protein  40 
 
 		 125 aa  66.2  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15870  universal stress protein UspA-like protein  35.66 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.419674  normal  0.122814 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30450  universal stress protein UspA-like protein  30.71 
 
 		 137 aa  62.8  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0324  UspA domain protein  38.24 
 
 		 138 aa  62  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.324258  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2058  UspA domain protein  35.61 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00862608  normal  0.687942 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0738  UspA domain protein  31.85 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.776623 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0160  UspA domain-containing protein  30 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000438875  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2484  UspA domain protein  28.89 
 
 		 146 aa  49.7  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14340  universal stress protein UspA-like protein  36.76 
 
 		 141 aa  48.9  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2895  UspA domain protein  31.71 
 
 		 131 aa  48.5  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1274  UspA domain-containing protein  26.62 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.331528 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27210  universal stress protein UspA-like protein  30.6 
 
 		 125 aa  46.2  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0515061  normal  0.419364 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0044  UspA domain protein  32.46 
 
 		 151 aa  45.4  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.34339  normal  0.0217028 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6185  UspA domain-containing protein  29.37 
 
 		 157 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.552133  normal  0.212632 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00830  universal stress protein UspA-like protein  41.82 
 
 		 116 aa  45.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0639857  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5916  UspA domain-containing protein  29.37 
 
 		 157 aa  45.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585154  normal  0.579135 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2155  UspA domain-containing protein  29.08 
 
 		 291 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4334  UspA domain protein  38.36 
 
 		 142 aa  43.9  0.0007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.67759  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4188  UspA domain protein  31.58 
 
 		 135 aa  43.9  0.0007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0572657  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5577  UspA domain protein  36.84 
 
 		 140 aa  43.9  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00018626  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2133  universal stress family protein  29.49 
 
 		 160 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2648  universal stress protein  29.08 
 
 		 309 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4351  UspA domain protein  54.05 
 
 		 147 aa  43.5  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0863717  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3070  hypothetical protein  33.9 
 
 		 300 aa  43.5  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1792  UspA domain protein  29.49 
 
 		 158 aa  42.7  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2510  UspA domain protein  48.57 
 
 		 156 aa  42.7  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.274926  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4101  UspA domain protein  30.49 
 
 		 162 aa  42.4  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0095  UspA domain-containing protein  35.14 
 
 		 157 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3071  UspA domain protein  45.71 
 
 		 154 aa  42  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2148  hypothetical protein  30.61 
 
 		 293 aa  42  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0221  UspA domain protein  29.69 
 
 		 122 aa  42  0.003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0564509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1890  UspA domain protein  38.89 
 
 		 297 aa  42  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108778  normal  0.382663 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1900  UspA domain-containing protein  34.21 
 
 		 277 aa  42  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0128633  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3451  UspA domain-containing protein  29.29 
 
 		 293 aa  42  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.936527 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  38.64 
 
 		 153 aa  41.2  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1019  UspA domain protein  36.59 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3171  UspA domain-containing protein  27.34 
 
 		 291 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  36.76 
 
 		 318 aa  41.2  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2614  universal stress protein  50 
 
 		 280 aa  41.2  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0806  UspA domain-containing protein  29.69 
 
 		 151 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0105953  normal  0.0334639 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  33.33 
 
 		 152 aa  41.2  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0870  UspA domain protein  25.17 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4215  UspA domain protein  43.18 
 
 		 165 aa  40.8  0.006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2474  putative universal stress protein, UspA  30.66 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1234  universal stress protein  36.36 
 
 		 152 aa  40.8  0.006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2829  UspA domain protein  37.97 
 
 		 169 aa  40.8  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0510043  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3089  UspA domain protein  26.47 
 
 		 280 aa  40.4  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0873  UspA domain protein  41.46 
 
 		 150 aa  40.8  0.007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00734386  normal  0.0430196 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  37.93 
 
 		 320 aa  40.8  0.007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2519  UspA domain protein  45.71 
 
 		 150 aa  40.4  0.008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.216844 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_3017  UspA domain protein  32.14 
 
 		 281 aa  40.4  0.008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0361  UspA domain protein  34.21 
 
 		 293 aa  40.4  0.009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  27.17 
 
 		 311 aa  40.4  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1769  UspA domain protein  29.93 
 
 		 154 aa  40.4  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3524  UspA domain protein  55.17 
 
 		 148 aa  40  0.009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6565  UspA domain-containing protein  29.71 
 
 		 161 aa  40  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.363872  normal  0.275495 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  42.37 
 
 		 327 aa  40  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3036  hypothetical protein  37.78 
 
 		 296 aa  40  0.01  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.456769  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3433  UspA domain-containing protein  38.98 
 
 		 289 aa  40  0.01  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.604274  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>