More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1534 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  66.47 
 
 		 518 aa  676    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  74.32 
 
 		 533 aa  812    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  75.34 
 
 		 532 aa  826    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  90.65 
 
 		 524 aa  988    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  69.71 
 
 		 526 aa  754    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  100 
 
 		 524 aa  1068    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  87.02 
 
 		 524 aa  949    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  75.34 
 
 		 531 aa  822    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  63.62 
 
 		 519 aa  676    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  68.88 
 
 		 515 aa  697    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  68.48 
 
 		 527 aa  745    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  60.46 
 
 		 532 aa  628  1e-179  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  62.04 
 
 		 530 aa  618  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  61.36 
 
 		 530 aa  620  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  60.46 
 
 		 549 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  60.58 
 
 		 531 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  59.62 
 
 		 553 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  56.14 
 
 		 528 aa  553  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  54.83 
 
 		 528 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  50.97 
 
 		 521 aa  503  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  53.01 
 
 		 517 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  52.98 
 
 		 506 aa  498  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  52.42 
 
 		 518 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0669  benzoate-CoA ligase family  48.14 
 
 		 503 aa  445  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  46.2 
 
 		 521 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0736  benzoate-CoA ligase family  46.59 
 
 		 539 aa  435  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  47.54 
 
 		 520 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  46.32 
 
 		 527 aa  431  1e-119  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  45.14 
 
 		 519 aa  424  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  44.47 
 
 		 523 aa  423  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  43.49 
 
 		 525 aa  403  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  45.59 
 
 		 550 aa  396  1e-109  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  40.5 
 
 		 537 aa  369  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  41.63 
 
 		 501 aa  350  3e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  39.58 
 
 		 554 aa  348  1e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  40.54 
 
 		 513 aa  348  2e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  40.08 
 
 		 535 aa  347  2e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  37.15 
 
 		 541 aa  337  3.9999999999999995e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  40.62 
 
 		 503 aa  331  2e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3360  benzoate-CoA ligase family  36.72 
 
 		 505 aa  283  5.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 557 aa  276  6e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  35.01 
 
 		 567 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  34.98 
 
 		 546 aa  271  2e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 539 aa  266  5.999999999999999e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  35.25 
 
 		 546 aa  266  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  34.17 
 
 		 547 aa  262  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  34.61 
 
 		 546 aa  260  3e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  36.63 
 
 		 543 aa  259  7e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 514 aa  259  8e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 545 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 		 529 aa  256  9e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 		 542 aa  253  5.000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  32.75 
 
 		 542 aa  253  8.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7161  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 546 aa  249  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 546 aa  248  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 		 548 aa  246  8e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 546 aa  246  9e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1328  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 		 539 aa  244  3e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.555965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3763  benzoate-coenzyme A ligase  33.52 
 
 		 522 aa  243  6e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0336097  normal  0.403317 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0275  putative acid-coenzyme A ligase  33.9 
 
 		 546 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.12 
 
 		 512 aa  243  7.999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1935  acetyl-CoA synthetase, putative  33.84 
 
 		 541 aa  243  9e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  32.79 
 
 		 539 aa  242  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 538 aa  242  1e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  32.11 
 
 		 538 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  32.11 
 
 		 538 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4971  AMP-dependent synthetase and ligase  31.99 
 
 		 556 aa  238  2e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.212959 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 		 552 aa  236  7e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 551 aa  236  9e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 551 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 552 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  31.08 
 
 		 542 aa  236  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  31.31 
 
 		 521 aa  234  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 539 aa  233  8.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  29.64 
 
 		 530 aa  232  1e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  31.05 
 
 		 495 aa  231  2e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  30.84 
 
 		 530 aa  230  5e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2033  2-aminobenzoate-CoA ligase  33.02 
 
 		 541 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.951217  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 		 553 aa  227  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 510 aa  227  4e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  31.21 
 
 		 528 aa  227  5.0000000000000005e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0653  2-aminobenzoate-CoA ligase  32.64 
 
 		 541 aa  226  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 505 aa  226  8e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0744  2-aminobenzoate-CoA ligase  32.5 
 
 		 541 aa  224  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  29.94 
 
 		 528 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 		 537 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  30.38 
 
 		 522 aa  223  6e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 		 528 aa  223  6e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3087  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 		 526 aa  223  9e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.789973  normal  0.153239 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1370  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 513 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31361  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5458  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 		 513 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.351223 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  29.76 
 
 		 528 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  29.76 
 
 		 528 aa  222  1.9999999999999999e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 		 514 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  29.96 
 
 		 522 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  29.76 
 
 		 528 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 499 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  30.45 
 
 		 559 aa  221  3e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51430  coenzyme A ligase  33.88 
 
 		 517 aa  220  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000261985 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  29.55 
 
 		 662 aa  218  1e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>