More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5042 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 542 aa  1102    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  73.97 
 
 		 547 aa  817    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  70.73 
 
 		 542 aa  777    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  59.16 
 
 		 548 aa  630  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  59.19 
 
 		 553 aa  629  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  58.5 
 
 		 539 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  59.38 
 
 		 546 aa  610  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  57.59 
 
 		 538 aa  608  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  57.59 
 
 		 538 aa  608  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7161  AMP-dependent synthetase and ligase  55.8 
 
 		 546 aa  596  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  55.7 
 
 		 545 aa  588  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0275  putative acid-coenzyme A ligase  56.07 
 
 		 546 aa  589  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  54.88 
 
 		 567 aa  568  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  54.38 
 
 		 539 aa  570  1e-161  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  55.28 
 
 		 546 aa  556  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  57.3 
 
 		 539 aa  557  1e-157  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  52.89 
 
 		 543 aa  551  1e-155  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  51.97 
 
 		 546 aa  538  9.999999999999999e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  52.16 
 
 		 542 aa  537  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  49.19 
 
 		 557 aa  509  1e-143  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1935  acetyl-CoA synthetase, putative  49.35 
 
 		 541 aa  495  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  49.44 
 
 		 546 aa  498  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  48.04 
 
 		 529 aa  491  1e-137  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  50.75 
 
 		 538 aa  486  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  49.63 
 
 		 551 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  48.98 
 
 		 551 aa  485  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0744  2-aminobenzoate-CoA ligase  48.53 
 
 		 541 aa  484  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2033  2-aminobenzoate-CoA ligase  48.53 
 
 		 541 aa  484  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.951217  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0653  2-aminobenzoate-CoA ligase  48.53 
 
 		 541 aa  485  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1328  AMP-dependent synthetase and ligase  49.63 
 
 		 539 aa  479  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.555965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  39.7 
 
 		 546 aa  374  1e-102  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  35.58 
 
 		 528 aa  306  7e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  34.43 
 
 		 549 aa  286  8e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  33.72 
 
 		 527 aa  281  2e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  32.1 
 
 		 523 aa  278  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  32.68 
 
 		 525 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  34.68 
 
 		 517 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  32.1 
 
 		 519 aa  271  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  35.59 
 
 		 553 aa  270  5e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2077  AMP-dependent synthetase and ligase  33.7 
 
 		 549 aa  269  1e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  35.09 
 
 		 531 aa  268  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  34.83 
 
 		 518 aa  266  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  34.56 
 
 		 519 aa  265  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  34.69 
 
 		 515 aa  265  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  34.17 
 
 		 526 aa  264  4e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 		 506 aa  263  4.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  33.27 
 
 		 528 aa  263  6.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2631  AMP-dependent synthetase and ligase  35.42 
 
 		 539 aa  262  8.999999999999999e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2685  AMP-dependent synthetase and ligase  35.42 
 
 		 539 aa  262  8.999999999999999e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  36.02 
 
 		 521 aa  261  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  34.8 
 
 		 533 aa  261  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 537 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  33.78 
 
 		 532 aa  259  8e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 537 aa  256  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  32.81 
 
 		 535 aa  256  7e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  33.58 
 
 		 513 aa  256  1.0000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  34.56 
 
 		 527 aa  255  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  33.66 
 
 		 532 aa  252  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  32.56 
 
 		 524 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  31.91 
 
 		 530 aa  251  3e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  31 
 
 		 528 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 		 530 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  30.81 
 
 		 528 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 		 528 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  33.4 
 
 		 550 aa  245  1.9999999999999999e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  35.46 
 
 		 518 aa  243  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  30.62 
 
 		 528 aa  243  7.999999999999999e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  32.46 
 
 		 586 aa  243  9e-63  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  30.62 
 
 		 528 aa  242  1e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1097  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 		 576 aa  242  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  30.62 
 
 		 528 aa  242  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  33.47 
 
 		 503 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 		 528 aa  240  4e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  30.48 
 
 		 522 aa  240  5e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  30.43 
 
 		 528 aa  240  5e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  33.4 
 
 		 530 aa  239  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  30.29 
 
 		 522 aa  238  2e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  30.43 
 
 		 528 aa  238  2e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 		 548 aa  238  2e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  33.72 
 
 		 531 aa  238  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  30.72 
 
 		 521 aa  237  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  31.41 
 
 		 524 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  31.08 
 
 		 524 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  32.8 
 
 		 501 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  33.2 
 
 		 530 aa  234  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  30.86 
 
 		 554 aa  234  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2172  acetyl-CoA synthetase, putative  30.66 
 
 		 531 aa  233  8.000000000000001e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  31.63 
 
 		 520 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 555 aa  229  7e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4371  AMP-dependent synthetase and ligase  40.5 
 
 		 528 aa  228  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  31.07 
 
 		 563 aa  227  4e-58  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  31.46 
 
 		 541 aa  226  8e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 609 aa  225  2e-57  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  31.79 
 
 		 552 aa  224  4e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  33.03 
 
 		 566 aa  224  4e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 567 aa  223  7e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1061  AMP-dependent synthetase and ligase  32.09 
 
 		 595 aa  222  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1823  acetyl-CoA synthetase  30.84 
 
 		 568 aa  222  1.9999999999999999e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000207861  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1788  acetyl-CoA synthetase  30.84 
 
 		 568 aa  222  1.9999999999999999e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.373968  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 		 571 aa  221  3e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>