More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1025 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  68.1 
 
 		 515 aa  685    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  62.26 
 
 		 519 aa  659    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  66.09 
 
 		 518 aa  667    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  84.35 
 
 		 524 aa  918    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  75.15 
 
 		 532 aa  814    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  100 
 
 		 524 aa  1074    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  68.93 
 
 		 526 aa  742    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  90.65 
 
 		 524 aa  988    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  67.76 
 
 		 527 aa  736    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  74.56 
 
 		 531 aa  809    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  72.96 
 
 		 533 aa  790    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  60.11 
 
 		 532 aa  616  1e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  60.91 
 
 		 530 aa  610  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  61.45 
 
 		 530 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  59.08 
 
 		 549 aa  598  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  59.22 
 
 		 531 aa  593  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  59.42 
 
 		 553 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  54.97 
 
 		 528 aa  536  1e-151  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  54.05 
 
 		 528 aa  509  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  52.62 
 
 		 517 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  52.12 
 
 		 518 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  50.38 
 
 		 521 aa  500  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  52.04 
 
 		 506 aa  494  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0669  benzoate-CoA ligase family  47.95 
 
 		 503 aa  437  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  45.79 
 
 		 521 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  46.9 
 
 		 527 aa  429  1e-119  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0736  benzoate-CoA ligase family  46.02 
 
 		 539 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  46.59 
 
 		 520 aa  425  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  43.69 
 
 		 523 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  43.58 
 
 		 519 aa  412  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  43.6 
 
 		 525 aa  412  1e-114  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  44.64 
 
 		 550 aa  386  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  41.01 
 
 		 537 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  39.96 
 
 		 554 aa  346  5e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  41.43 
 
 		 501 aa  341  2e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  37.87 
 
 		 541 aa  338  9.999999999999999e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  39.69 
 
 		 513 aa  337  1.9999999999999998e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  38.9 
 
 		 535 aa  334  2e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  39.3 
 
 		 503 aa  317  5e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  36.01 
 
 		 557 aa  281  1e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3360  benzoate-CoA ligase family  35.8 
 
 		 505 aa  276  5e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  35 
 
 		 567 aa  272  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 546 aa  263  4.999999999999999e-69  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 539 aa  263  6e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 546 aa  259  7e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 514 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 545 aa  251  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 		 543 aa  251  2e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 542 aa  249  7e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  35.18 
 
 		 546 aa  249  7e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  33.08 
 
 		 542 aa  249  8e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1935  acetyl-CoA synthetase, putative  33.84 
 
 		 541 aa  244  3e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 546 aa  244  3e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 548 aa  243  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  33.73 
 
 		 547 aa  243  6e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.1 
 
 		 512 aa  242  1e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 529 aa  241  2e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 538 aa  240  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 538 aa  240  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1328  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 539 aa  239  6.999999999999999e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.555965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4971  AMP-dependent synthetase and ligase  31.81 
 
 		 556 aa  239  1e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.212959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3763  benzoate-coenzyme A ligase  34.48 
 
 		 522 aa  238  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0336097  normal  0.403317 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7161  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 		 546 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 546 aa  238  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  33.08 
 
 		 539 aa  238  3e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 		 542 aa  235  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0275  putative acid-coenzyme A ligase  33.02 
 
 		 546 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  31.64 
 
 		 495 aa  234  2.0000000000000002e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 538 aa  234  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 551 aa  233  5e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 551 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2033  2-aminobenzoate-CoA ligase  33.27 
 
 		 541 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.951217  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  31.65 
 
 		 521 aa  231  2e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.32 
 
 		 514 aa  231  3e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  30.73 
 
 		 530 aa  231  4e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0653  2-aminobenzoate-CoA ligase  32.89 
 
 		 541 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  31.37 
 
 		 553 aa  227  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0744  2-aminobenzoate-CoA ligase  32.89 
 
 		 541 aa  228  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 537 aa  227  4e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 		 527 aa  226  1e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  32.38 
 
 		 552 aa  226  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 539 aa  226  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  30.81 
 
 		 552 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.25 
 
 		 510 aa  223  7e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.25 
 
 		 510 aa  223  8e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  34.18 
 
 		 510 aa  222  9.999999999999999e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  30.22 
 
 		 528 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3087  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 		 526 aa  222  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.789973  normal  0.153239 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1370  AMP-dependent synthetase and ligase  33.9 
 
 		 513 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31361  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.06 
 
 		 510 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  31.51 
 
 		 662 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5458  AMP-dependent synthetase and ligase  34.6 
 
 		 513 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.351223 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.25 
 
 		 510 aa  221  3e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  30.04 
 
 		 528 aa  221  3e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.06 
 
 		 510 aa  221  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  29.69 
 
 		 530 aa  221  3e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  30.25 
 
 		 522 aa  221  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  30.04 
 
 		 528 aa  221  3.9999999999999997e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  30.04 
 
 		 528 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.06 
 
 		 510 aa  220  5e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>