More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0089 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  76.02 
 
 		 527 aa  811    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  73.44 
 
 		 531 aa  778    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  66.34 
 
 		 532 aa  691    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  64.66 
 
 		 553 aa  641    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  70.74 
 
 		 533 aa  762    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  79.22 
 
 		 519 aa  845    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  70.57 
 
 		 532 aa  754    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  68.1 
 
 		 524 aa  719    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  75.88 
 
 		 526 aa  800    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  68.49 
 
 		 530 aa  687    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  65.75 
 
 		 531 aa  662    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  68.88 
 
 		 524 aa  733    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  65.83 
 
 		 549 aa  683    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  68.11 
 
 		 530 aa  678    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  100 
 
 		 515 aa  1056    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  68.88 
 
 		 524 aa  732    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  77.71 
 
 		 518 aa  788    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  56.81 
 
 		 528 aa  579  1e-164  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  54.31 
 
 		 521 aa  551  1e-156  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  57.64 
 
 		 528 aa  546  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  52.82 
 
 		 518 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  52.23 
 
 		 517 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  52.73 
 
 		 506 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  46.5 
 
 		 523 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  47.8 
 
 		 521 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  45.4 
 
 		 525 aa  456  1e-127  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  46.89 
 
 		 519 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0669  benzoate-CoA ligase family  47.79 
 
 		 503 aa  451  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0736  benzoate-CoA ligase family  46.71 
 
 		 539 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  46.8 
 
 		 527 aa  443  1e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  46.81 
 
 		 520 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  47.72 
 
 		 550 aa  433  1e-120  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  41.45 
 
 		 535 aa  373  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  41.99 
 
 		 554 aa  371  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  37.81 
 
 		 541 aa  359  8e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  42.14 
 
 		 513 aa  349  6e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  38.55 
 
 		 537 aa  347  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  41.26 
 
 		 503 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  40.73 
 
 		 501 aa  334  3e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 		 542 aa  306  7e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  38.53 
 
 		 557 aa  300  4e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  36.5 
 
 		 567 aa  300  5e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 		 543 aa  298  2e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 		 548 aa  293  8e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  35.07 
 
 		 539 aa  291  2e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  37.12 
 
 		 553 aa  291  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 		 546 aa  287  2.9999999999999996e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  35.65 
 
 		 547 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 542 aa  281  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  34.18 
 
 		 529 aa  281  3e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 		 545 aa  280  6e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  36.85 
 
 		 538 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  37.55 
 
 		 539 aa  278  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  36.85 
 
 		 538 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3360  benzoate-CoA ligase family  37.45 
 
 		 505 aa  278  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  34.82 
 
 		 542 aa  276  9e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 		 546 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  36.03 
 
 		 546 aa  275  2.0000000000000002e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 546 aa  272  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  38.22 
 
 		 539 aa  271  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.53 
 
 		 514 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  35.1 
 
 		 546 aa  269  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 538 aa  268  1e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  36.01 
 
 		 514 aa  267  4e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 537 aa  261  1e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0275  putative acid-coenzyme A ligase  35.4 
 
 		 546 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1328  AMP-dependent synthetase and ligase  34.99 
 
 		 539 aa  260  5.0000000000000005e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.555965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1935  acetyl-CoA synthetase, putative  34.91 
 
 		 541 aa  259  8e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 512 aa  259  1e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 552 aa  258  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7161  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 546 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4971  AMP-dependent synthetase and ligase  32.48 
 
 		 556 aa  254  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.212959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3763  benzoate-coenzyme A ligase  35.07 
 
 		 522 aa  254  4.0000000000000004e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0336097  normal  0.403317 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 		 521 aa  253  8.000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 530 aa  250  4e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 552 aa  249  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2033  2-aminobenzoate-CoA ligase  33.91 
 
 		 541 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.951217  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.45 
 
 		 512 aa  248  2e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 561 aa  247  4e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 548 aa  246  4.9999999999999997e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  31.69 
 
 		 528 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0653  2-aminobenzoate-CoA ligase  33.72 
 
 		 541 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  31.36 
 
 		 522 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  31.36 
 
 		 528 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  31.36 
 
 		 528 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0744  2-aminobenzoate-CoA ligase  34.1 
 
 		 541 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  31.25 
 
 		 528 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  31.36 
 
 		 528 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  31.36 
 
 		 522 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  35.39 
 
 		 510 aa  244  3e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  31.16 
 
 		 528 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  31.35 
 
 		 530 aa  243  5e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  31.7 
 
 		 559 aa  243  7e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  31.35 
 
 		 528 aa  242  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 551 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  35.17 
 
 		 505 aa  240  5e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 551 aa  239  8e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.43 
 
 		 510 aa  238  2e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  30.97 
 
 		 528 aa  238  2e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.43 
 
 		 510 aa  237  3e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>