More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5094 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_1328  AMP-dependent synthetase and ligase  72.68 
 
 		 539 aa  813    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.555965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  74.77 
 
 		 538 aa  825    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 546 aa  1119    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  54.19 
 
 		 539 aa  580  1e-164  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  56.02 
 
 		 546 aa  568  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  53.92 
 
 		 542 aa  568  1e-161  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  55.29 
 
 		 553 aa  570  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  53.75 
 
 		 567 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  53.15 
 
 		 539 aa  559  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  53.73 
 
 		 543 aa  557  1e-157  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  52.41 
 
 		 538 aa  551  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  52.41 
 
 		 538 aa  551  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  51.38 
 
 		 548 aa  545  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  50.74 
 
 		 529 aa  532  1e-150  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  51.96 
 
 		 546 aa  533  1e-150  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  52.57 
 
 		 546 aa  531  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0275  putative acid-coenzyme A ligase  51.19 
 
 		 546 aa  527  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  54.65 
 
 		 539 aa  527  1e-148  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  49.82 
 
 		 557 aa  522  1e-147  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  50.27 
 
 		 545 aa  525  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7161  AMP-dependent synthetase and ligase  49.73 
 
 		 546 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11135  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  49.44 
 
 		 542 aa  498  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  48.7 
 
 		 542 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1935  acetyl-CoA synthetase, putative  48.41 
 
 		 541 aa  478  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  46.73 
 
 		 547 aa  475  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  48.78 
 
 		 551 aa  472  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0744  2-aminobenzoate-CoA ligase  47.75 
 
 		 541 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2033  2-aminobenzoate-CoA ligase  47.57 
 
 		 541 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.951217  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0653  2-aminobenzoate-CoA ligase  47.75 
 
 		 541 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  48.41 
 
 		 551 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  42.67 
 
 		 546 aa  412  1e-114  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  35.23 
 
 		 523 aa  307  3e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  35.74 
 
 		 525 aa  296  7e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  35.62 
 
 		 519 aa  295  1e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  35.76 
 
 		 528 aa  293  4e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2077  AMP-dependent synthetase and ligase  33.89 
 
 		 549 aa  286  5e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  35.94 
 
 		 549 aa  278  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  34.31 
 
 		 527 aa  277  5e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  35.8 
 
 		 553 aa  274  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  34.94 
 
 		 528 aa  270  5e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  35.65 
 
 		 535 aa  270  7e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  35.76 
 
 		 517 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  35.76 
 
 		 506 aa  268  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  36.4 
 
 		 554 aa  267  5e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  34.61 
 
 		 550 aa  263  4.999999999999999e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  35.53 
 
 		 521 aa  263  6e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  34.77 
 
 		 518 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  34.11 
 
 		 515 aa  260  5.0000000000000005e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  33.33 
 
 		 533 aa  259  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  35.5 
 
 		 527 aa  258  2e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0155  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 		 627 aa  257  3e-67  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  35.78 
 
 		 537 aa  256  6e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  35 
 
 		 531 aa  254  3e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  35.15 
 
 		 519 aa  254  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1399  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 559 aa  251  2e-65  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.561071  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0520  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 559 aa  250  4e-65  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 537 aa  249  9e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  35.07 
 
 		 526 aa  249  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  34.07 
 
 		 551 aa  249  1e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  33.65 
 
 		 524 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  33.86 
 
 		 503 aa  248  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  34.34 
 
 		 532 aa  248  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 		 571 aa  246  9e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  34.34 
 
 		 531 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  34.17 
 
 		 513 aa  244  1.9999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  32.7 
 
 		 586 aa  244  3e-63  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  33.13 
 
 		 532 aa  243  5e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  33.46 
 
 		 524 aa  243  6e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  34.42 
 
 		 518 aa  241  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  33.54 
 
 		 492 aa  240  4e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0317  AMP-dependent synthetase and ligase  32.6 
 
 		 559 aa  241  4e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  34.71 
 
 		 530 aa  240  4e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0669  benzoate-CoA ligase family  33.66 
 
 		 503 aa  239  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2172  AMP-binding protein  32.65 
 
 		 559 aa  238  2e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.69843 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  32.95 
 
 		 524 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  34.02 
 
 		 530 aa  238  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  31.65 
 
 		 555 aa  237  5.0000000000000005e-61  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  32.65 
 
 		 541 aa  235  1.0000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2317  AMP-binding protein  33.46 
 
 		 549 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0975464  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  32.06 
 
 		 552 aa  232  1e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0818  AMP-dependent synthetase and ligase  31.76 
 
 		 549 aa  232  2e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0494  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 		 552 aa  230  4e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  30.95 
 
 		 520 aa  231  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 552 aa  229  8e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  32.46 
 
 		 566 aa  229  8e-59  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 530 aa  228  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 506 aa  227  5.0000000000000005e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 		 548 aa  226  7e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 		 490 aa  226  1e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  32.11 
 
 		 501 aa  225  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1788  acetyl-CoA synthetase  31.26 
 
 		 568 aa  225  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.373968  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 609 aa  225  2e-57  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1823  acetyl-CoA synthetase  31.26 
 
 		 568 aa  225  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000207861  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0608  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 		 534 aa  224  3e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00970947  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 		 567 aa  224  3e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  33.82 
 
 		 552 aa  223  8e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  31.21 
 
 		 528 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 530 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0551  AMP-dependent synthetase and ligase  30.89 
 
 		 554 aa  222  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0114354  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  31.33 
 
 		 528 aa  220  5e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>