More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1526 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0736  benzoate-CoA ligase family  82.17 
 
 		 539 aa  881    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  87.48 
 
 		 521 aa  945    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  100 
 
 		 520 aa  1063    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  54.65 
 
 		 517 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  54.85 
 
 		 518 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  52.51 
 
 		 506 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  50.2 
 
 		 528 aa  494  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0669  benzoate-CoA ligase family  50.49 
 
 		 503 aa  489  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  48.15 
 
 		 521 aa  476  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  48.65 
 
 		 549 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  49.12 
 
 		 528 aa  474  1e-132  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  48.84 
 
 		 553 aa  462  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  45.61 
 
 		 523 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  45.63 
 
 		 519 aa  456  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  46.05 
 
 		 527 aa  449  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  46.76 
 
 		 533 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  46.86 
 
 		 524 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  47.72 
 
 		 524 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  46.69 
 
 		 519 aa  439  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  46.17 
 
 		 526 aa  433  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  44.96 
 
 		 531 aa  435  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  47.58 
 
 		 518 aa  433  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  46.01 
 
 		 531 aa  434  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  45.98 
 
 		 532 aa  430  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  46.2 
 
 		 524 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  46.6 
 
 		 530 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  47.09 
 
 		 515 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  44.93 
 
 		 532 aa  422  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  46.4 
 
 		 530 aa  424  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  40.39 
 
 		 525 aa  410  1e-113  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  42.38 
 
 		 527 aa  405  1e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  42.55 
 
 		 550 aa  382  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  38.76 
 
 		 554 aa  336  5e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  39.92 
 
 		 513 aa  333  6e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  38.16 
 
 		 501 aa  332  9e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  40.16 
 
 		 537 aa  329  9e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  36.11 
 
 		 541 aa  327  2.0000000000000001e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  37.4 
 
 		 535 aa  328  2.0000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  35.36 
 
 		 503 aa  313  4.999999999999999e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3360  benzoate-CoA ligase family  36.09 
 
 		 505 aa  293  4e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3763  benzoate-coenzyme A ligase  35.29 
 
 		 522 aa  263  6e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0336097  normal  0.403317 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  32.54 
 
 		 567 aa  252  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4402  coenzyme A ligase  33.4 
 
 		 517 aa  250  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 514 aa  250  6e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  30.69 
 
 		 539 aa  246  9.999999999999999e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  32.15 
 
 		 539 aa  244  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51430  coenzyme A ligase  32.99 
 
 		 517 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000261985 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  32.21 
 
 		 546 aa  244  3.9999999999999997e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  32.73 
 
 		 547 aa  243  5e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  31.4 
 
 		 542 aa  241  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  30.83 
 
 		 542 aa  237  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 		 546 aa  236  7e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 		 543 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 		 542 aa  235  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  30.95 
 
 		 546 aa  235  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  30.92 
 
 		 546 aa  233  5e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  31.1 
 
 		 539 aa  231  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  30.94 
 
 		 557 aa  230  4e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 538 aa  229  9e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4971  AMP-dependent synthetase and ligase  29.2 
 
 		 556 aa  229  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.212959 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 		 538 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 		 538 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 		 530 aa  223  6e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 		 512 aa  222  9.999999999999999e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  30.71 
 
 		 529 aa  220  3.9999999999999997e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  29.81 
 
 		 530 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  30.38 
 
 		 553 aa  215  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  29.46 
 
 		 521 aa  214  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  28.89 
 
 		 528 aa  214  3.9999999999999995e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  28.69 
 
 		 528 aa  213  7e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 500 aa  213  7.999999999999999e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  29.62 
 
 		 548 aa  212  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.16 
 
 		 510 aa  212  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  28.69 
 
 		 528 aa  213  1e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  32.42 
 
 		 551 aa  212  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 		 510 aa  211  2e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 		 510 aa  211  2e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  28.69 
 
 		 528 aa  212  2e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  28.69 
 
 		 528 aa  211  2e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  32.12 
 
 		 546 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 548 aa  211  2e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.77 
 
 		 510 aa  212  2e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 		 510 aa  211  3e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  28.69 
 
 		 528 aa  211  3e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 		 510 aa  211  3e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  28.69 
 
 		 522 aa  211  3e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  28.48 
 
 		 522 aa  210  4e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 		 510 aa  210  4e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.76 
 
 		 510 aa  210  5e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.62 
 
 		 510 aa  210  5e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  29.96 
 
 		 545 aa  210  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  28.48 
 
 		 528 aa  210  6e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  29.46 
 
 		 552 aa  209  1e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 		 505 aa  209  1e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 		 551 aa  209  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  29.1 
 
 		 528 aa  209  1e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  28.28 
 
 		 528 aa  208  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  30.34 
 
 		 552 aa  207  3e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.56 
 
 		 510 aa  206  6e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2077  AMP-dependent synthetase and ligase  30.4 
 
 		 549 aa  206  6e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>