More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1224 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  62.81 
 
 		 519 aa  644    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  81.07 
 
 		 553 aa  883    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  65.83 
 
 		 515 aa  653    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  63.1 
 
 		 526 aa  651    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  100 
 
 		 549 aa  1122    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  62.79 
 
 		 527 aa  650    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  60.75 
 
 		 532 aa  631  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  60.65 
 
 		 532 aa  621  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  64.72 
 
 		 530 aa  622  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  61.14 
 
 		 524 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  62.24 
 
 		 530 aa  619  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  60.08 
 
 		 531 aa  619  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  60.46 
 
 		 524 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  59.31 
 
 		 533 aa  611  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  60.61 
 
 		 531 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  62.89 
 
 		 518 aa  613  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  61.36 
 
 		 528 aa  605  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  58.49 
 
 		 528 aa  607  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  59.08 
 
 		 524 aa  598  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  55.58 
 
 		 521 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  54.51 
 
 		 517 aa  547  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  55.34 
 
 		 518 aa  548  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  54.64 
 
 		 506 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0669  benzoate-CoA ligase family  49.8 
 
 		 503 aa  485  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  48.65 
 
 		 523 aa  481  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  48.73 
 
 		 519 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  47.98 
 
 		 521 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  48.65 
 
 		 520 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  45.79 
 
 		 525 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0736  benzoate-CoA ligase family  46.99 
 
 		 539 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  47.42 
 
 		 527 aa  461  9.999999999999999e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  47.49 
 
 		 550 aa  433  1e-120  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  39.07 
 
 		 541 aa  372  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  41.51 
 
 		 535 aa  361  2e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  41.06 
 
 		 501 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  40.67 
 
 		 503 aa  352  7e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  40.55 
 
 		 554 aa  352  1e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  39.96 
 
 		 537 aa  351  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  40.7 
 
 		 513 aa  335  9e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  36.49 
 
 		 567 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 		 546 aa  301  3e-80  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  38.39 
 
 		 557 aa  298  2e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 		 542 aa  295  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3360  benzoate-CoA ligase family  37.57 
 
 		 505 aa  295  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  36.1 
 
 		 543 aa  290  7e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  34.63 
 
 		 547 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  36.52 
 
 		 553 aa  286  5e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 		 542 aa  286  8e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 539 aa  285  2.0000000000000002e-75  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  35.85 
 
 		 539 aa  282  9e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 548 aa  282  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 		 546 aa  281  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 		 538 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  34.17 
 
 		 542 aa  279  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 		 538 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 546 aa  278  2e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  36.84 
 
 		 538 aa  276  9e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 		 545 aa  273  6e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  32.7 
 
 		 530 aa  270  4e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 		 529 aa  269  8e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  35.22 
 
 		 546 aa  267  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 539 aa  268  2.9999999999999995e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0275  putative acid-coenzyme A ligase  34.36 
 
 		 546 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  34.08 
 
 		 530 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1935  acetyl-CoA synthetase, putative  35.58 
 
 		 541 aa  265  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7161  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 546 aa  264  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4971  AMP-dependent synthetase and ligase  32.67 
 
 		 556 aa  258  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.212959 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.46 
 
 		 512 aa  258  2e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 		 521 aa  257  3e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2033  2-aminobenzoate-CoA ligase  35.06 
 
 		 541 aa  257  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.951217  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0653  2-aminobenzoate-CoA ligase  35.37 
 
 		 541 aa  256  6e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 537 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 546 aa  254  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0744  2-aminobenzoate-CoA ligase  35.88 
 
 		 541 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  30.73 
 
 		 528 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  30.38 
 
 		 528 aa  250  5e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  30.65 
 
 		 528 aa  248  2e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  30.65 
 
 		 522 aa  248  2e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1328  AMP-dependent synthetase and ligase  35.73 
 
 		 539 aa  247  3e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.555965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  30.65 
 
 		 528 aa  247  3e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  30.65 
 
 		 528 aa  247  4e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  35.25 
 
 		 514 aa  246  6e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  30.46 
 
 		 522 aa  246  9e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  30 
 
 		 528 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  30.46 
 
 		 528 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  32.19 
 
 		 552 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  30.84 
 
 		 528 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 		 510 aa  244  3e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2077  AMP-dependent synthetase and ligase  31.8 
 
 		 549 aa  244  3e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  29.81 
 
 		 528 aa  243  6e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.73 
 
 		 514 aa  242  1e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 551 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 551 aa  240  4e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  35.25 
 
 		 499 aa  239  8e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3763  benzoate-coenzyme A ligase  35.86 
 
 		 522 aa  239  9e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0336097  normal  0.403317 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 		 559 aa  238  2e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  32.84 
 
 		 548 aa  238  3e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 490 aa  236  7e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4402  coenzyme A ligase  33.05 
 
 		 517 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  30.43 
 
 		 552 aa  234  3e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>