More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0172 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  100 
 
 		 554 aa  1124    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  65.3 
 
 		 537 aa  719    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  44.75 
 
 		 527 aa  430  1e-119  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  43.66 
 
 		 523 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  42.55 
 
 		 519 aa  404  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  43.57 
 
 		 528 aa  392  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  39.49 
 
 		 525 aa  380  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  41.57 
 
 		 521 aa  372  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  41.28 
 
 		 531 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  41.63 
 
 		 528 aa  368  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  41.94 
 
 		 530 aa  365  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  39.92 
 
 		 532 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0736  benzoate-CoA ligase family  40.62 
 
 		 539 aa  362  1e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  41.17 
 
 		 531 aa  357  3.9999999999999996e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  42.94 
 
 		 550 aa  355  7.999999999999999e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  40.12 
 
 		 549 aa  355  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  41.45 
 
 		 530 aa  355  1e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  40.27 
 
 		 533 aa  354  2.9999999999999997e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  39.41 
 
 		 535 aa  353  5e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  41.21 
 
 		 519 aa  353  7e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  39.38 
 
 		 524 aa  352  8e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  41.49 
 
 		 553 aa  352  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  41.99 
 
 		 515 aa  352  1e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  40.43 
 
 		 506 aa  351  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  39.77 
 
 		 524 aa  350  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  41.49 
 
 		 518 aa  349  7e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  41.22 
 
 		 518 aa  345  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  40.7 
 
 		 517 aa  343  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  39.76 
 
 		 532 aa  342  1e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  38.95 
 
 		 524 aa  340  4e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  40.08 
 
 		 526 aa  339  8e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  37.64 
 
 		 521 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  39.96 
 
 		 527 aa  338  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  38.88 
 
 		 520 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  39.22 
 
 		 513 aa  332  8e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  35.9 
 
 		 541 aa  331  3e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0669  benzoate-CoA ligase family  38.4 
 
 		 503 aa  315  9.999999999999999e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  38.79 
 
 		 501 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  37.13 
 
 		 503 aa  293  4e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 		 538 aa  286  5.999999999999999e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  36.71 
 
 		 546 aa  273  5.000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 546 aa  266  8e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  32.4 
 
 		 542 aa  263  8.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1328  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 539 aa  261  3e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.555965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 557 aa  259  6e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  32.18 
 
 		 567 aa  256  8e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  33.03 
 
 		 546 aa  253  7e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3360  benzoate-CoA ligase family  34.72 
 
 		 505 aa  252  1e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 		 543 aa  252  1e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  34.12 
 
 		 546 aa  251  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  32.75 
 
 		 529 aa  248  2e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  31.05 
 
 		 539 aa  248  3e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  31.54 
 
 		 542 aa  243  6e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 553 aa  243  7.999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 		 542 aa  240  4e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 		 514 aa  237  3e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  31.93 
 
 		 545 aa  237  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  31.38 
 
 		 539 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 530 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 		 548 aa  234  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  32.07 
 
 		 546 aa  232  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 549 aa  232  2e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7161  AMP-dependent synthetase and ligase  31.68 
 
 		 546 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 539 aa  231  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  32.61 
 
 		 547 aa  230  4e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  31.85 
 
 		 521 aa  230  5e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3763  benzoate-coenzyme A ligase  35.5 
 
 		 522 aa  230  6e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0336097  normal  0.403317 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  31.37 
 
 		 578 aa  230  6e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  31.51 
 
 		 565 aa  229  1e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  30.2 
 
 		 559 aa  229  1e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0200  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 566 aa  228  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.366303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 577 aa  226  6e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  30.52 
 
 		 538 aa  225  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  30.52 
 
 		 538 aa  225  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1935  acetyl-CoA synthetase, putative  33.59 
 
 		 541 aa  226  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  32.38 
 
 		 551 aa  225  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22810  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.47 
 
 		 500 aa  224  2e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  31.35 
 
 		 584 aa  224  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128568  normal  0.0101093 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.76 
 
 		 514 aa  224  4e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0275  putative acid-coenzyme A ligase  31.32 
 
 		 546 aa  224  4e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51430  coenzyme A ligase  33.91 
 
 		 517 aa  224  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000261985 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  30.95 
 
 		 512 aa  223  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  29.83 
 
 		 571 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 551 aa  223  7e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 553 aa  221  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  30.67 
 
 		 539 aa  221  3e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  31.17 
 
 		 583 aa  221  3e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5833  AMP-dependent synthetase and ligase  31.77 
 
 		 569 aa  221  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  29.29 
 
 		 569 aa  221  3e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4402  coenzyme A ligase  33.76 
 
 		 517 aa  220  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.24 
 
 		 512 aa  219  7.999999999999999e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3995  AMP-dependent synthetase and ligase  31.69 
 
 		 537 aa  218  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000737641  normal  0.189989 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  30.15 
 
 		 528 aa  218  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  30.72 
 
 		 530 aa  217  4e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2631  AMP-dependent synthetase and ligase  30.25 
 
 		 539 aa  217  5e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2685  AMP-dependent synthetase and ligase  30.25 
 
 		 539 aa  217  5e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  30.41 
 
 		 528 aa  216  7e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  30.41 
 
 		 522 aa  216  8e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  30.41 
 
 		 528 aa  216  9e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  30.41 
 
 		 528 aa  216  9e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>